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株式会社薬研社

ID: J01080
ID: J01080
富士フイルム和光純薬 / アメリエフ

次世代シークエンスデータ解析受託

ご希望に沿った最良の解析をご提案できるよう、新しい解析手法の確立や解析精度の向上に取り組んでいます。


カテゴリ
遺伝子工学 > バイオインフォマティクス > バイオインフォマティクス
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

特長

  • オープンソースを用いた解析
    論文掲載実績のあるツールで構成された解析パイプラインを使用します。
  • スピード報告
    2~4週間で解析結果の報告書を提出いたします。
  • オーダーメイド
    研究目的とご予算に沿った解析プランをご提案します。データ解析環境の構築サービスもございます。

サービス内容

  • 次世代シーケンス(NGS; Next-Generation Sequencing)データ
    ・NGS変異検出
    ・がん体細胞変異検出
    ・NGS RNA-seq
    ・NGS ChIP-seq
    ・NGS Methyl-seq
    ・NGS miRNA-seq
    ・GBS(Genotyping by sequencing)
    ・融合遺伝子検出
    ・シングルセルRNA-seq
  • SNP アレイ、CNVアレイ、DNAメチル化アレイ
  • マイクロアレイ
のデータ解析受託も行います。

データ解析受託形態

  • 受託解析
    データをお預かりしアメリエフ株式会社にて解析を行い、解析結果をご報告いたします。
  • オンサイト解析
    ご訪問によるお客様先での解析作業を行います。

解析例

  • シングルセルRNA-seq
    シングルセルRNAシーケンスは、個々の細胞のトランスクリプトームを調べ、高解像度で細胞間の差異を把握できる手法です。

    ご要望 薬剤耐性にかかわる遺伝子を探索したい。
    化学療法後に再発した患者様の、再発前後のがん組織について、scRNA-seq解析を行い、
    再発後に再増殖した細胞集団に特異的な発現プロファイルを明らかにしたい。
    解析内容 1. 算出したUMIカウントデータに対し、検出限界を下回った遺伝子および細胞のクオリティコントロールを行う。
    2. フィルタ後のUMIカウントを用いて正規化・クラスタリングを行い、全細胞をいくつかのクラスタに分類する。
    3. 再発前と後のデータを比較し、再発後のデータに特徴的なクラスタを探索する。
    4. 各クラスタにおいて、他のクラスタよりも高発現しており、
      そのクラスタを特徴づける遺伝子(マーカ遺伝子)の探索を行う。
    5. 再発前と後のデータを比較し、再発後のデータに特徴的に発現している遺伝子を探索する。
    納品物 1. 解析報告書
    2. クラスタリング結果
    3. マーカー遺伝子の発現状況を可視した図
    4. 解析中間データ
  • circular RNA解析
    RNA-seqのデータからcircular RNAを検出し、疾患関連情報を付与します。(fig.1

    ・DCC(*1)というcircular RNA検出用のソフトウェアを用いてcircular RNAを検出します。
    ・既知circular RNAのデータベースCircBaseと疾患関連データベースcirc2Traitsの情報をアノテーションいたします。
    ・CircTestを用いて、既知および未知のcircular RNAの発現比較解析を行います。
    *1 Specific identification and quantification of circular RNAs from sequencing data., Bioinformatics. 2015

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。