DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所 ID: J00665

miRNA解析 ID: J00665

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたMatureなmiRNAの発現解析です。

サービスについて

特長

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたMatureなmiRNAの発現解析です。

Agilent Technologies社のmiRNAマイクロアレイはプローブのヘアピンキャップ構造によりpre/pri-miRNAなどの擬陽性のハイブリダイズを抑えmatureなmiRNAを特異的かつ高感度に検出が可能です。(fig.1
組織細胞由来のTotalRNAはもちろんのこと血清や血漿の培養上清中のmiRNAやexosome由来のmiRNAについても解析が可能です。各miRNAにつき1~4種類のプローブデザインされており、10~20プローブ繰り返しスポットされているデータ信頼度の高いアレイ設計になっております。
アレイは1枚のスライドに最大8サンプルを処理できる仕様になっています。

対応生物種はヒト・マウス・ラットとなっております。

エクソソーム由来 miRNA解析

概要

1サンプルのクオリティチェック
2miRNAの3’末端のラベル化
3マイクロアレイ実験
4データ解析
  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. total RNAからターゲットであるmiRNAの3’末端に直接ラベル化(蛍光標識)を行います。
  3. ハイブリダイゼーションを行い洗浄後、スキャナーにより蛍光検出をおこない蛍光強度を数値化してmiRNA発現解析をおこないます。

データ解析 (fig.3)

Feature Extractionで得られたマイクロアレイのデータを解析ソフトウェアGeneSpring GXで解析いたします。
発現変動のみられるmiRNAをFold Change比較やT検定、クラスター解析などにより抽出します。
さらに、miRNAが標的とする遺伝子をTargetScanにより予測します。

ターゲットスキャン
miRNAの標的遺伝子の予測プログラムです。
GeneSpring GXのターゲットスキャンツールで、既知のmiRNA-mRNA結合モデルを元に、他のmiRNAがターゲットとする遺伝子の予測を行います。
また、miRNA解析と遺伝子発現解析を同時にご依頼いただいている場合、 ターゲットスキャンによりmiRNAデータと遺伝子発現データを連結して、納品いたします。

納品物

  • サンプルQC結果(品質検査結果)
    total RNA images / cRNA images(ゲル電気泳動波形画像)
    Sample Data(サンプル濃度情報)
  • FeatureExtraction(アレイ実験生データ)
    Raw Data(数値データ)
    Image(アレイ画像)
    QCreport(アレイ実験終了品質 検査結果)
  • FeatureExtraction(アレイ実験生データ)
    正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析
  • 解説書(アレイ実験・解析の説明書)
* クラウド経由での納品または記録媒体(CD/USB/HDD)

サンプルについて

RNA量 濃度 OD260/280 性状
total RNA(真核・原核) 500ng以上 50ng/ μL以上 1.5 以上 28s/18s:1.8以上 推奨
RIN 値:7 以上
total RNA(微量サンプル) 500pg以上
total RNA(FFPE由来) 100ng以上 10ng/ μL以上 -
エクソソーム分画
血漿または培養上清由来(*1)
20ng以上 - -

*1 miRNA 発現解析のみ
・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
miRNA解析 お問い合わせ サンプルQC通過後、1ヶ月程度

* 相乗りサービスはございません。
* スライド1枚を占有して行います。

関連サイト