特長

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたMatureなmiRNAの発現解析です。

Agilent Technologies社のmiRNAマイクロアレイはプローブのヘアピンキャップ構造によりpre/pri-miRNAなどの擬陽性のハイブリダイズを抑えmatureなmiRNAを特異的かつ高感度に検出が可能です。（fig.1）
組織細胞由来のTotalRNAはもちろんのこと血清や血漿の培養上清中のmiRNAやexosome由来のmiRNAについても解析が可能です。各miRNAにつき1～4種類のプローブデザインされており、10～20プローブ繰り返しスポットされているデータ信頼度の高いアレイ設計になっております。
アレイは1枚のスライドに最大8サンプルを処理できる仕様になっています。

対応生物種はヒト・マウス・ラットとなっております。

エクソソーム由来 miRNA解析

• 血清・血漿や細胞培養上清中のエクソソーム由来のmiRNA解析が可能です。キットを用いてエクソソームを単離し、マイクロアレイや次世代シークエンサーを用いてデータを取得します。体液中のエクソソーム由来のバイオマーカー探索に限らず、培養上清を用いた細胞の品質チェックや、in vitro での検証実験などにもご利用いただいています。
• 実施例としてマイクロアレイやPCRを使ったアプリケーションノートをご用意しています。
  アプリケーションノート1（miRNAマイクロアレイ）　血清Exosome由来のmicroRNA発現解析
  アプリケーションノート2（miRNAマイクロアレイ）　血漿Exosome由来のmicroRNA発現解析
  アプリケーションノート3（リアルタイムPCR）　血漿Exosome由来のmicroRNA発現解析
• Agilent Technologies社で発行しているアプリケーションノートは下記からご参照いただけます。
  DNAチップ研究所は作成協力をしています。
  https://www.chem-agilent.com/pdf/low_5994-1777JAJP_AN_exosomal_miRNA.pdf
  https://www.chem-agilent.com/pdf/5991-7468JAJP.pdf

概要

1	サンプルのクオリティチェック
2	miRNAの3’末端のラベル化
3	マイクロアレイ実験
4	データ解析

1. サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
2. total RNAからターゲットであるmiRNAの3’末端に直接ラベル化（蛍光標識）を行います。
3. ハイブリダイゼーションを行い洗浄後、スキャナーにより蛍光検出をおこない蛍光強度を数値化してmiRNA発現解析をおこないます。

データ解析

Feature Extractionで得られたマイクロアレイのデータを解析ソフトウェアGeneSpring GXで解析いたします。
発現変動のみられるmiRNAをFold Change比較やT検定、クラスター解析などにより抽出します。
さらに、miRNAが標的とする遺伝子をTargetScanにより予測します。

ターゲットスキャン
miRNAの標的遺伝子の予測プログラムです。
GeneSpring GXのターゲットスキャンツールで、既知のmiRNA-mRNA結合モデルを元に、他のmiRNAがターゲットとする遺伝子の予測を行います。
また、miRNA解析と遺伝子発現解析を同時にご依頼いただいている場合、 ターゲットスキャンによりmiRNAデータと遺伝子発現データを連結して、納品いたします。

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納品物

• サンプルQC結果（品質検査結果）
  total RNA images / cRNA images（ゲル電気泳動波形画像）
  Sample Data（サンプル濃度情報）
• FeatureExtraction（アレイ実験生データ）
  Raw Data（数値データ）
  Image（アレイ画像）
  QCreport（アレイ実験終了品質 検査結果）
• FeatureExtraction（アレイ実験生データ）
  正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析
• 解説書（アレイ実験・解析の説明書）

＊ クラウド経由での納品または記録媒体（CD/USB/HDD）

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サンプルについて

	RNA量	濃度	OD260/280	性状
total RNA（真核・原核）	500ng以上	50ng/ μL以上	1.5 以上	28s/18s：1.8以上 推奨 RIN 値：7 以上
total RNA（微量サンプル）	500pg以上	－
total RNA（FFPE由来）	100ng以上	10ng/ μL以上		-
エクソソーム分画 血漿または培養上清由来（＊1）	20ng以上	-		-

＊1 miRNA 発現解析のみ
・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。