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DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所 ID: J00665

miRNA解析 ID: J00665

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Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたMatureなmiRNAの発現解析です。

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サービスについて

特長

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたMatureなmiRNAの発現解析です。

Agilent Technologies社のmiRNAマイクロアレイはプローブのヘアピンキャップ構造によりpre/pri-miRNAなどの擬陽性のハイブリダイズを抑えmatureなmiRNAを特異的かつ高感度に検出が可能です。（fig.1）
組織細胞由来のTotalRNAはもちろんのこと血清や血漿の培養上清中のmiRNAやexosome由来のmiRNAについても解析が可能です。各miRNAにつき1～4種類のプローブデザインされており、10～20プローブ繰り返しスポットされているデータ信頼度の高いアレイ設計になっております。

fig.1 プローブ
アレイは1枚のスライドに最大8サンプルを処理できる仕様になっています。

対応生物種はヒト・マウス・ラットとなっております。

エクソソーム由来 miRNA解析

概要

1サンプルのクオリティチェック
2miRNAの3’末端のラベル化
3マイクロアレイ実験
4データ解析
  1. サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
  2. total RNAからターゲットであるmiRNAの3’末端に直接ラベル化（蛍光標識）を行います。
  3. ハイブリダイゼーションを行い洗浄後、スキャナーにより蛍光検出をおこない蛍光強度を数値化してmiRNA発現解析をおこないます。

データ解析 (fig.2)

Feature Extractionで得られたマイクロアレイのデータを解析ソフトウェアGeneSpring GXで解析いたします。
発現変動のみられるmiRNAをFold Change比較やT検定、クラスター解析などにより抽出します。
さらに、miRNAが標的とする遺伝子をTargetScanにより予測します。

fig.2 データ解析

ターゲットスキャン
miRNAの標的遺伝子の予測プログラムです。
GeneSpring GXのターゲットスキャンツールで、既知のmiRNA-mRNA結合モデルを元に、他のmiRNAがターゲットとする遺伝子の予測を行います。
また、miRNA解析と遺伝子発現解析を同時にご依頼いただいている場合、 ターゲットスキャンによりmiRNAデータと遺伝子発現データを連結して、納品いたします。

納品物

  • サンプルQC結果（品質検査結果）
    total RNA images / cRNA images（ゲル電気泳動波形画像）
    Sample Data（サンプル濃度情報）
  • FeatureExtraction（アレイ実験生データ）
    Raw Data（数値データ）
    Image（アレイ画像）
    QCreport（アレイ実験終了品質 検査結果）
  • 解析結果
    正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析
  • 解説書（アレイ実験・解析の説明書）
＊ クラウド経由での納品または記録媒体（CD/USB/HDD）

fig.3 miRNAの標的遺伝子リスト（エクセル）

サンプルについて

RNA量 濃度 OD260/280 性状
total RNA（真核・原核） 500ng以上 50ng/ μL以上 1.5 以上 28s/18s：1.8以上 推奨
RIN 値：7 以上
total RNA（微量サンプル） 500pg以上 －
total RNA（FFPE由来） 100ng以上 10ng/ μL以上 -
エクソソーム分画
血漿または培養上清由来（＊1）		 20ng以上 - -

＊1 miRNA 発現解析のみ
・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
miRNA解析 お問い合わせ サンプルQC通過後、2ヶ月程度（データ解析を含む場合は2.5ヶ月程度）

＊ 相乗りサービスはございません。
＊ スライド1枚を占有して行います。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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