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株式会社薬研社

ID: J01200
ID: J01200
タカラバイオ / タカラバイオ

ICELL8シングルセル解析

シングルセルレベルでの遺伝子発現解析


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > Single cell-Seq解析
細胞解析・作製・培養 > 機能評価・細胞培養・細胞解析 > 細胞アッセイ・細胞培養・細胞評価活性測定

サービスについて

特長

  • 5,184個のナノウェルを搭載したICELL8 Chipに細胞を分注し、シングルセルを取得
  • 単一の生細胞のみを選択してmRNA解析(1,200~1,500個程度のプロファイルを一度に取得)
  • 多様な細胞サイズ(5~100μm)に対応し、1Chipあたり8サンプルまでの同時解析が可能
  • 高感度なSMART-Seq技術により、シングルセルの全長トランスクリプトームの解析が可能(ICELL8 FLA解析)
  • 3’末端配列から解析するICELL8 3’DE解析も選択可能

概要

シングルセル解析は、1細胞レベルでmRNA解析を行うことで、細胞集団の平均的な解析ではなく、個々の細胞の変化を動的に追い、システマチックな理解へ繋げることが可能になる技術です。
タカラバイオでは、調製した目的細胞をICELL8 cxシステムにてICELL8 Chipに分注し、シングルセルを取得、遺伝子発現差解析に利用します。
シングルセル化装置SMARTer ICELL8 cx Single-Cell Systemの詳細はこちら

サービス内容

調製したシングルセルに対して、SMART-Seq Pro Application Kit - 2 Chipを用いてChip上で完全長のcDNA合成を実施します。ICELL8 chipから回収したライブラリーから次世代シーケンサーにて遺伝子の全長配列を取得し、Cogent NGSソフトウェアツールにて全長トランスクリプトームの発現プロファイリングを行います。全長配列を解析することにより、遺伝子単位の発現差解析だけでなく、トランスクリプトーム単位の発現差解析や選択的スプライシングの解析を行います。
* 3’RNA-Seq法(ICELL8 3’DE解析)での遺伝子発現差解析(Seuratソフトウェアでの解析)のメニューにつきましては、別途お問い合わせください。

  • バルク細胞からのシングルセル単離(fig.1
    バルク細胞(*1)(細胞懸濁液)を懸濁調整後、ICELL8システムにより細胞をICELL8 Chipに分注します(*2)。
    *1 ご提供いただく細胞、細胞の解離・剥離方法については事前にご相談ください。
    *2 事前にBlank Chipでのテストランを行います。
  • 生細胞の選択、cDNA調製
    専用ソフトウェアを用いて、シングルセルおよび生細胞のウェルを選択します。
    選択した細胞について、Chip上で、細胞を溶解後、逆転写反応およびPCR反応を行い、2本鎖cDNAを取得します。この際に細胞識別のバーコードWBC(Nano-well barcode or cell specific barcode)を付与します。
  • ライブラリー作製
    2本鎖cDNAを鋳型にし、PCR増幅を行いシーケンスに供するライブラリーの調製を行います。
  • 次世代シーケンス解析
    調製したライブラリーを、次世代シーケンサーを用いて、WBC配列の取得および100塩基の遺伝子配列の取得を行います。得られたデータは、WBCに基づき細胞ごとの配列データに分類します。
    * 次世代シーケンス(NGS)解析 単独の受託も承っております。詳細はこちら
  • 情報解析(ICELL8 FLA解析)
    取得した配列データを参照ゲノム配列へマッピングし、Cogent NGSソフトウェアツールを用いて遺伝子発現定量解析を行います。得られた発現プロファイルにアノテーション情報を付与し、各種統計解析を行います。解析結果については、シーケンスデータ一式および遺伝子発現量をまとめたファイルを納品いたします。UMAP解析などについては、解析結果の可視化ソフトウェアCogentDS ver1.5を用いて確認 / 閲覧できます。
    ヒト末梢血単核球(PBMC)および固定化Anti-CD3mAbとRetroNectin(RN)の共刺激下のPBMCについて、CogentソフトウェアによりUMAP解析し、遺伝子の発現の類似度からグループ分けを行った。共刺激により高純度のT細胞が得られることが確認できた(fig.2 右図)。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 発現情報データ
* 解析結果については、解析結果の可視化ソフトウェアCogentDS ver1.5をTakara Bio USAのウェブサイトよりダウンロードいただき、ご確認いただけます。

受入れサンプル

  • 細胞
  • 参照配列情報など

ご注文に関して

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参考価格・納期

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