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株式会社薬研社

ID: J00664
ID: J00664
DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所

遺伝子発現解析

アジレント社のマイクロアレイを使用した網羅的遺伝子発現解析を行います。


カテゴリ
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > 遺伝子発現解析・網羅遺伝子解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > small RNA・miRNA発現解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > SNPタイピング解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > メチル化解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > 変異解析(CGH / CNV Array解析)

サービスについて

特長

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析です。

Agilent Technologies社マイクロアレイは基板上に遺伝子配列特異性の高い60merのプローブを搭載し、検出感度が高く幅広いダイナミックレンジ(5桁)で検出可能であるため、低発現量の遺伝子の検出が可能かつ、検出可能な遺伝子数が多くなります。

また通常のプロトコールに加え微量サンプル(RNA量0.5ngから実験可能)やFFPEサンプルのような分解が進んだサンプルにも適した実験プロトコールのご提案も行っております。

アレイは1枚のスライドに最大8サンプルを処理できる仕様です。

ヒト・マウス・ラットをはじめ、シロイヌナズナ、線虫、イヌなど様々な生物種に対応しています。
https://www.chem-agilent.com/contents.php?id=1006162

標準カタログアレイにない生物種(原核生物など)や、ご自身で決定された生物種のインハウス配列から解析をご希望の場合にはカスタムマイクロアレイでご対応することも可能です。
https://www.dna-chip.co.jp/service/microarray/other/index.php

概要

1サンプルのクオリティチェック
2cRNA(cDNA)の増幅ラベル化
3マイクロアレイ実験
4データ解析
  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. 2total RNAからターゲットであるmRNAを選択的にとらえ増幅およびラベル化(蛍光標識)を行い調整したサンプル性状(labeled cRNA Quality check )を確認いたします。微量サンプルや分解の進んだサンプルの場合は結果をメールにてご連絡いたします。(fig.1

    * FFPE由来など分解の進んだサンプルや、total RNA量が微量サンプルの場合は、 サンプル調整はNuGEN Technologies社のRibo-SPIA® 増幅技術を採用します。
    ランダムプライマーを用いて、逆転写反応によりcDNAを合成します。 合成したcDNAを基にdscDNAを合成後ラベル化を行いハイブリダイゼーションリを行います。 ラベル化は、アジレント社のGenomic DNA Enzymatic Labeling Kitを採用しております。
  3. ハイブリダイゼーションを行い洗浄後、スキャナーにより蛍光検出をおこない蛍光強度を数値化して遺伝子解析を行います。

データ解析

  • 正規化
    マイクロアレイ実験で得られた生データを、サンプル間の各遺伝子同士での比較が可能な発現値に変換します。
  • データQC
    データの傾向をつかむために階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(2解析以上の場合)。
  • 有効プローブ抽出
    実験データのうち、解析ソフトで有効判定されたものを採用し、ノイズ等と判定されたものを削除します。 また、全ての解析において実験データが得られている遺伝子を採用するなど、基準を設けて発現値が欠損している遺伝子を除去します。
  • 発現変動遺伝子抽出
    ご指定の比較に沿って、倍数変動や統計的な有意な発現変動遺伝子を抽出します。
  • GO解析
    変動遺伝子に対して特徴的なGO Termを抽出します。
  • Pathway解析
    変動遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。統計的に有意なPathwayを絞り込むことができます。

納品物

  • サンプルQC結果(品質検査結果)
    total RNA images / cRNA images(ゲル電気泳動波形画像)
    Sample Data(サンプル濃度情報)
  • FeatureExtraction(アレイ実験生データ)
    RawData(数値データ)
    Image(アレイ画像)
    QCreport(アレイ実験終了品質 検査結果)
  • 解析結果
    正規化(fig.2)、変動遺伝子抽出、GO解析(fig.3)、Pathway解析(fig.4
  • 解説書(アレイ実験・解析の説明書)
    * クラウド経由での納品または記録媒体(CD/USB/HDD)

サンプルについて

RNA量 濃度 OD260/280 性状
total RNA(真核・原核) 500ng以上 50ng/ μL以上 1.5以上 28s/18s:1.8以上
推奨RIN値:7以上
total RNA(微量サンプル) 500pg以上
total RNA(FFPE 由来) 100ng以上 10ng/ μL以上 -

・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・組織、細胞等は、DNA / RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
遺伝子発現解析 通常サービス
(スライド1枚占有)
お問い合わせ サンプルQC通過後、1か月程度
遺伝子発現解析 相乗りサービス
(スライド1枚をほかのお客様のサンプルとシェアして実験)
お問い合わせ サンプルQC通過後、約2ヶ月
(あくまでも目安です。
相乗りするサンプルが見つかり次第作業を行いますため、
受託元都合となります)

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。