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株式会社薬研社

ID: J00606
ID: J00606
フィルジェン / Novogene

微生物ゲノムアンプリコン 受託解析サービス

細菌の16S、真菌の18SおよびITS(internal transcribed spacer)を指標とした解析を行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析

サービスについて

概要

細菌の16S、真菌の18SおよびITS(internal transcribed spacer)を指標とした解析を行います。複数設計されたプライマーセットよりご希望のプライマーセットを選択して頂けます。また、ご自身で設計したプライマーセットでの解析にも対応しています。

サービス内容

  • ワークフロー(fig.1
  • プライマーデザイン(fig.2
  • データ解析パイプライン(fig.3
  • Library Construction(fig.4
  • 標準データ解析例(fig.5
    微生物ゲノムアンプリコンデータ解析サービスは、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、菌種組成、系統図、α多様性、およびβ多様性などについてまとめています。

  • 必要サンプル量

    • ゲノムDNA:150ng以上(300ng以上を強く推奨)
    • 容量:20μL以上
    • 濃度:5ng/μL以上
    • O.D.260/280:1.8~2.0
    • Buffer:TE BufferまたはddH2O
    1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
      * 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
    2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
    3. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
    4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
      * 長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
    5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA、dsDNA、ssDNA、フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
      * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
    6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。

    ご注文に関して

    お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


    参考価格・納期

    サービス項目 価格(税抜) 納期
    微生物ゲノムアンプリコン 受託解析サービス お問い合わせ 約2.5ヶ月

    * 海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。


    関連サイト



    ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
    ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
    ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
    ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
    ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
    ※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
    ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
     ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
    ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
    ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。