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株式会社薬研社

ID: J00603
ID: J00603
フィルジェン / Novogene

全エクソームシークエンス 受託解析サービス

効率的なエクソン領域のエンリッチメントおよび高品質な次世代シークエンスデータを取得します。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > エクソーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

概要

全エクソームエンリッチメント解析(全エクソームシークエンス解析)では、ゲノム上のタンパク質コード領域をシークエンスします。このため、全ゲノムシークエンスの代替となる、費用対効果の高い解析法となっています。例えば、ヒト疾患と関連する遺伝子変異の多くが、タンパク質コード領域に見出されています。本サービスでは、Agilent社のSureSelectキットとillumina社のシークエンスプラットフォームを組み合わせることにより、全エクソームをシークエンスします。

特長

  • Agilent社のSureSelectキットとillumina社シークエンサーによる全エクソームの次世代シークエンス
  • ヒト、マウスにも対応
  • 有償オプションとしてバイオインフォマティクス解析も用意

サービス内容

ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先が用意する解析パッケージ、又はフィルジェンの提供するデータマイニングサービスからお選びいただけます。

  • シークエンスプラットフォーム
     illumina NovaSeq 6000、PE150(ヒト・マウス)
  • エクソームエンリッチメント
     ・SureSelect Human All Exon V6
     ・SureSelect Human All Exon V6+UTR
     ・SureSelect Mouse All Exon
  • シークエンス量
     ・6Gb、12Gb raw data/sample
     * QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
     * 保証量は、お申込みいただいたシークエンス量の98%となります。
     *上記データ量の他にも、シークエンス量は1Gb単位で調整可能です。
  • 作業内容
     1.サンプルQCチェック
     2.エクソームキャプチャ&ライブラリー作製
     3.シークエンス作業
     4.バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

必要サンプル量

サンプルタイプ Amount(Qubit) 液量 濃度 純度(NanoDrop)
推奨量 最少量
ゲノムDNA ≧2μg ≧1μ ≧20μ ≧20ng/μL O.D.260/280:1.8~2.0
no degradation or RNA contamination
FFPE DNA ≧0.8μg Fragments should be longer than 1500bp
  1. 電気泳動写真を添付してください。
    * 泳動条件は、次を推奨します。:1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40min.
  2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
  3. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブをご使用ください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  4. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
    * 長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA、dsDNA、ssDNA、フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定がDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。
  8. FFPE由来DNAの場合は、条件が異なりますので、お問合せください。

納品データ

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
  • プロジェクトレポート
* USB等の記録メディアにて納品いたします。
* プロジェクトによっては、納品物が変更される場合もあります。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 保証データ量/サンプル 数量 価格(税抜) 納期
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6
6Gb raw data 1サンプル以上 お問い合わせ 約1.5ヶ月間
12Gb raw data
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6+UTR
6Gb raw data
12Gb raw data
マウス全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Mouse All Exon
6Gb raw data
12Gb raw data
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data 約2~2.5ヶ月間
12Gb raw data
ヒト全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Human All Exon V6+UTR
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data
12Gb raw data
マウス全エクソーム受託解析サービス
SureSelect Mouse All Exon
バイオインフォマティクス解析付
6Gb raw data
12Gb raw data

*FFPE由来DNAサンプルの場合は、お問合せください。
*納期は、QCチェック合格後の日数です。
*年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。