受託オンライン
Commissioned Research Online

受託オンライン
株式会社薬研社

ID: J00658
ID: J00658
DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所

RNA-Seq(トランスクリプトーム解析)

mRNA、lincRNA、non-coding RNAなどの配列を網羅的にシーケンスし、発現解析をします。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

特長

マイクロアレイでは解析できない、エクソンレベルでの発現差解析、融合遺伝子の検出、mRNAからの変異解析など豊富な情報が得られます。
ストランド特異的(Strand Specific)なRNA-Seq (トランスクリプトーム解析)を行います。
センス鎖、アンチセンス鎖を区別した解析が可能です。

様々なサンプル、解析の目的に対応しております。

  • mRNA(PolyA mRNA精製):PolyAを持つRNAを対象としたRNA-Seq。
  • total RNA(rRNA除去):rRNA以外のtotal RNAを対象としたRNA-Seq 。rRNAを除去後、RNA-Seqを行います。 rRNA除去により、poly-Aを持つmRNA だけでなくnon-coding RNAの解析も可能になります。
  • FFPE由来サンプル:FFPE由来の分解が進んだサンプルに対応。rRNAを除去後、RNA-Seqを行います。
  • 微量のtotal RNA:微量組織、ソーティング細胞由来のサンプルなど、10pg~1ng程度のピコグラムオーダーの微量サンプルに対応。
  • 微量の細胞(1~500cells):1~500cells程度の微量サンプルに対応。
  • グロビンを多く含むサンプル(全血等):グロビン除去RNA-Seq。グロビンmRNA除去後、RNA-Seqを行います。グロビンmRNAを除去することにより、効率的なRNA-Seq解析が可能になります。血液試料を通常のRNA-Seqで行う場合、シーケンスデータの約1/4程度がグロビン遺伝子ファミリーに割り当てられる傾向があります。

概要

1サンプルのクオリティチェック
サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
2シーケンスライブラリー調製
サンプルの種類、分解度合い、解析の目的に応じたライブラリー調製キットを使用し、total RNAまたはmRNAからcDNA合成後、シーケンスアダプターを付加したシーケンスライブラリーを調製します。

ライブラリー調製キット(Library Kit)は下記のものを取り扱っております。
ご希望のキットがありましたらご相談ください。

【前処理試薬】
・QIAseq FastSelect –rRNA HMR Kit(QIAGEN社)
・QIAseq FastSelect –Globin Kit(QIAGEN社)
・QIAseq FastSelect –rRNA/Globin Kit(QIAGEN社)
・NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module(NEB社)
・NEBNext rRNA Depletion Kit(NEB社)
・TruSeq Stranded total RNA Ribo-Zero H/M/R(illumina社)
・TruSeq Stranded total RNA Ribo-Zero H/M/R Gold(illumina社)
・TruSeq Stranded total RNA Ribo-Zero Globin(illumina社)

【ライブラリー調製試薬】
・NEBNext Ultra II Directional RNA Library prep for Illumina(NEB社)
・NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep kit(NEB社)
・SMART-Seq Stranded Kit(Clontech社)
・Ovation SoLo RNA-Seq Systems(Nugen社)
・TruSeq stranded mRNA(illumina社)
3シーケンス
調製したシーケンスライブラリーはQC後、illumina社の次世代シーケンサー(NextSeq 500, NovaSeq 6000, Hiseq Xなど)でシーケンスします。
4データ解析
シーケンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント(マッピング)し、発現量を定量化(正規化)し、アノテーション情報を含むExcel形式のファイルで納品します。なお、デフォルトでは、TPMで定量化します。その後、 Fold Change(およびt検定)による発現変動遺伝子抽出、階層的クラスタリング 、主成分分析 (PCA)などを行います。
ご希望に応じて、GO解析、パスウェイ(Pathway)解析、融合遺伝子の検出、スプライシングバリアントの検出、転写産物単位での発現差解析などの解析を実施します。

データ解析(fig.1

  1. リードの品質の評価を行います。生のリードデータから、アダプター配列やクオリティの悪い塩基をトリミング (除去)を行います。Ovation SoLo RNA-Seq Systems(Nugen社)をライブラリー調製に使用した場合は、分子バーコード解析ツールNuGEN NuDupによってPCR重複除去を行います。
  2. リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)を行います。全リード数の集計、およびアライメント(マッピング)した全リード数、染色体別リード数を集計します。
  3. サンプル間のリードカウントを補正するために正規化(TMM、TPM等)を行います。
  4. 階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(6解析以上の場合)。
  5. ご指定の比較に沿って、変動する遺伝子を抽出します。
  6. 発現変動遺伝子についてGO解析で特徴的なGO Termを抽出します。
  7. 得られた全遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。発現変動遺伝子を有意に多く含むPathwayを絞り込むことが出来ます。
  8. 融合遺伝子の検出を行います。
  9. 新規スプライス部位の検出を行います。
  10. エクソンレベル、スプライシングレベルの発現差解析などを行います。

納品物

  • original_fastq(FASTQ生データ)
  • trimmed_fastq(トリミング済みFASTQ)
  • bam(アライメントデータ)
  • dedup_bam(PCR重複除去データ。 Ovation SoLo RNA-Seq Systems(Nugen社)をライブラリー調製に使用した場合のみ)
  • サンプルQC結果
  • データQC結果(FastQC、MultiQC)
  • データ解析結果(正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析)(fig.2
* USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。

サンプルについて

RNA量 濃度 OD260/280 RIN値 送付液量
total RNA 1μg以上 100ng/μL
以上
1.5 以上 7 以上 10μL
以上
FFPE 由来
total RNA
500ng以上 100ng/μL
以上
- - 10μL
以上
微量
total RNA
10pg~10ng - - - 10μL
以上
細胞数 備考
微量細胞 1~500cells 事前にサンプリングの方法についてお打ち合わせが必要です。必ず予めご相談ください。

・国内ラボで実施の場合
・海外提携企業先にサンプルを送付する場合はサンプル要件が異なり、より多くのRNA量を必要とします。別途お問い合わせください。
・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
RNA-Seq(トランスクリプトーム解析) お問い合わせ お問い合わせ

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。