RNA-Seq解析 ID: J00114

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次世代シーケンサーを用いたWhole Transcriptome解析

カテゴリ

サービスについて

特長

SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit使用で微量検体の遺伝子発現解析も可能
SMART-Seq Stranded Kitで、FFPE由来など分解が進んだRNAの解析に対応
スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出にも対応

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等のサンプルを提供いただき、RNAの品質や納期のご要望に応じて最適な方法でライブラリー作製を行います。作製したライブラリーはNovaSeq（イルミナ社）を用いてシーケンスし、シーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で発現解析を行います。

［オプションサービス］

サンプル調製
・細胞・組織からのRNA調製

・rRNA除去作業
　polyAの付与されていないRNAを解析する際に、total RNAよりrRNAを予め除去します。Human / mouse / rat / bacteriaに対応しています。

・グロビン除去作業
　ヒト全血由来のRNAより、グロビンmRNAの除去を行います。
情報解析（バイオインフォマティクス）
・マッピング（fig.1）
　マッピング結果はBAM形式ファイルで納品します。BAM形式ファイルはIGV等でご確認いただけます。
　＊情報解析の内容によっては、ビューワの種類が異なる場合があります。

fig.1 マッピング

・クラウドデータマイニング解析（Expression Miner 2.0）
　クラウド上にアップロードしたRNA-Seqの発現解析結果から、比較解析、統計検定を自身で簡単に行えるクラウド解析サービスです。
　比較解析結果から変動遺伝子を抽出、エンリッチメント解析を行うことも可能で、バイオインフォマティクスの知識がなくても簡単に解析できます。

・Fusion Gene解析
　癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、mRNA-Seqの配列データから行います。

・Virome（ウイルス叢）の網羅的解析
　ヒトRNA-Seqデータより、シーケンスデータに含まれるRNAウイルスを検出します。検出されるウイルス種は、ライブラリー作製手法に依存します。

納品物

作業報告書
シーケンスデータ一式
発現情報、マッピング結果ファイル等

受入サンプル

total RNAなど

以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

	サンプル量	濃度（目安）	液量（目安）	純度
	サンプル量	濃度（目安）	液量（目安）	OD₂₆₀/OD₂₈₀	OD₂₆₀/OD₂₃₀
total RNA	50ng以上	1.7ng/μL以上 100ng/μL以下＊	30μL以上＊	1.6以上
cDNA	5ng以上	－	10μL以上	1.6以上
組織・細胞	別途ご相談ください

＊短納期プランでは、自動分注機を使用し、プレート単位で作業を実施します。液量調整のため加水処理を実施し作業を行います。
　サンプル量・濃度が基準に満たない場合は事前にご相談ください。
・TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit （イルミナ社）での解析を希望の場合は、哺乳類の場合4μg以上、
　それ以外の生物種の場合8μg以上のtotal RNAをご提供ください。
・cDNAはSMART-Seq mRNA Kit / SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit / SMART-Seq HT Kit / SMART-Seq Single Cell Kitで増幅した産物を送付ください。
　分解の進んだサンプルの場合はSMART-Seq Stranded Kitにて調製したライブラリーをご送付ください。
・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
・DNase処理を実施してください。
・サンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことを予めご確認ください。
・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

サンプル送付容器について
・RNAサンプルは1.5mlチューブでご送付ください。
　0.5mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでの提供はご遠慮ください。
　24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
　＊プレートはタカラバイオ社より提供可能（無償）です。ご希望の方はお問い合わせください。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）

ご注文に関して

お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

サービスチラシ

参考価格・納期

【シーケンス解析】　＊作製済みライブラリー提供シーケンスのみのご依頼を希望の場合はこちら
ライブラリー	データ量	価格（税抜）	納期
◎mRNA対象（polyA RNA対象） SMART-Seq mRNA＋ Nextera XT DNA Library Prep Kit	4,000万リード / 検体	1～5検体まで：￥225,000 / 一式 6～48検体：￥45,000 / 検体	約2週間～ ★短納期
◎total RNA対象（non polyA RNAも含む） SMART-Seq Stranded Kit ＊ FFPE由来の分解が進んだRNAにも対応	6.6億リード	2検体：￥332,000 4検体：￥404,000 8検体：￥548,000	約6～8週間

＊シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
＊データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
＊上記試薬以外でのライブラリ―作製をご希望の場合は、別途お問い合わせください。

【既知遺伝子発現解析】
参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。
検体数 / データ量	価格（税抜）	参考納期	備考
4,000万リード / 検体	1～48検体　無償（シーケンス解析に付属しています。）	追加納期は発生しません。	対象生物種：ヒト、マウス＊ 49検体以上はお問い合わせください。
16検体 / 6.6億リード	￥140,000	＋10営業日	対象生物種：ヒト、マウス以外

＊既知遺伝子発現解析の価格は、解析に使用する参照配列により変動いたします。

●短納期プランについて
　詳細はメーカーサイトにてご確認ください。

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