RNA-Seq解析 ID: J00114

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次世代シーケンサーを用いたWhole Transcriptome解析

カテゴリ

サービスについて

特長

SMART-Seq mRNA使用で微量検体の遺伝子発現解析も可能
SMART-Seq Stranded Kitで、FFPE由来など分解が進んだRNAの解析に対応
スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出にも対応

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等のサンプルを提供いただき、RNAの品質や納期のご要望に応じて最適な方法でライブラリー作製を行います。作製したライブラリーはNovaSeq（イルミナ社）を用いてシーケンスし、シーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で発現解析を行います。

［オプションサービス］

サンプル調製
・細胞・組織からのRNA調製

・rRNA除去作業
　polyAの付与されていないRNAを解析する際に、total RNAよりrRNAを予め除去します。Human / mouse / rat / bacteriaに対応しています。

・グロビン除去作業
　ヒト全血由来のRNAより、グロビンmRNAの除去を行います。
情報解析（バイオインフォマティクス）
・マッピング（fig.1）
　マッピング結果はBAM形式ファイルで納品します。BAM形式ファイルはIGV等でご確認いただけます。
　＊情報解析の内容によっては、ビューワの種類が異なる場合があります。

fig.1 マッピング

・クラウドデータマイニング解析（Expression Miner 2.0）
　クラウド上にアップロードしたRNA-Seqの発現解析結果から、比較解析、統計検定を自身で簡単に行えるクラウド解析サービスです。
　比較解析結果から変動遺伝子を抽出、エンリッチメント解析を行うことも可能で、バイオインフォマティクスの知識がなくても簡単に解析できます。

・融合遺伝子解析
　癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、mRNA-Seqの配列データから行います。

・Virome（ウイルス叢）の網羅的解析
　ヒトRNA-Seqデータより、シーケンスデータに含まれるRNAウイルスを検出します。検出されるウイルス種は、ライブラリー作製手法に依存します。

納品物

作業報告書
シーケンスデータ一式
発現情報、マッピング結果ファイル等

受入サンプル

total RNAなど

以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。
	アプリケーション種類	RNA量	濃度（目安）	液量（目安）	純度
	アプリケーション種類	RNA量	濃度（目安）	液量（目安）	OD₂₆₀/OD₂₈₀	OD₂₆₀/OD₂₃₀
total RNA	ｍRNA対象 SMART-Seq mRNA＋Nextera XT DNA Library Prep Kit	50ng以上	1.7ng/μL以上 100ng/μL以下（＊1）	30μL以上（＊1）	1.6以上
total RNA	total RNA対象 SMART-Seq Stranded Kit	50ng以上	3ng/μL以上	17μL以上	1.6以上
組織・細胞		組織：～5mg または 5～30mg（目安）（＊2）細胞：～10⁵ cells または 10⁵～5×10⁶ cells（目安）（＊2）

＊1 短納期プランでは、自動分注機を使用し、プレート単位で作業を実施します。液量調整のため加水処理を実施し作業を行います。RNA量・濃度が基準に満たない場合は事前にご相談ください。
＊2 組織重量または細胞数によって使用する試薬が変わる場合がございますので、別途お問い合わせください。

・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
・DNase処理を実施してください。
・検体調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことを予めご確認ください。
・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

検体送付容器について
・RNA検体は1.5mlチューブでご送付ください。
　0.5mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでの提供はご遠慮ください。
　9検体以上の場合は、96 wellプレートでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
　＊プレートはタカラバイオ社より提供可能（無償）です。ご希望の方はお問い合わせください。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）

ご注文に関して

お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

サービスチラシ

参考価格・納期

【シーケンス解析】　＊作製済みライブラリー提供シーケンスのみのご依頼を希望の場合はこちら
ライブラリー	データ量	価格（税抜）	納期
◎mRNA対象（polyA RNA対象） SMART-Seq mRNA＋ Nextera XT DNA Library Prep Kit	4,000万リード / 検体	1～4検体まで：￥235,000 / 一式 5～48検体：￥47,000 / 検体	約2週間～ ★短納期
◎total RNA対象（non polyA RNAも含む） SMART-Seq Stranded Kit ＊ FFPE由来の分解が進んだRNAにも対応	6.6億リード	2検体：￥332,000 4検体：￥404,000 8検体：￥548,000	約6～8週間

＊シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
＊データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
＊上記試薬以外でのライブラリ―作製をご希望の場合は、別途お問い合わせください。

【既知遺伝子発現解析】
参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。
検体数 / データ量	価格（税抜）	参考納期	備考
4,000万リード / 検体	1～48検体　無償（シーケンス解析に付属しています。）	追加納期は発生しません。	対象生物種：ヒト、マウス＊ 49検体以上はお問い合わせください。
16検体 / 6.6億リード	￥140,000	＋10営業日	対象生物種：ヒト、マウス以外

＊既知遺伝子発現解析の価格は、解析に使用する参照配列により変動いたします。

●短納期プランについて
　詳細はメーカーサイトにてご確認ください。

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