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株式会社薬研社

ID: J00739
ID: J00739
ファーマフーズ アプロサイエンスグループ / マクロジェン・ジャパン

メタゲノム解析(16S rRNA 領域の細菌叢解析)

サンプル中の細菌叢解析を行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > メタゲノム解析・メタトランスクリプトーム解析

サービスについて

概要(fig.1

メタゲノム解析(16S rRNA 領域の細菌叢解析)は、バクテリアの 16S rRNA 領域(V3-V4) を増幅・シーケンスを行い、OTU 解析を行っております。
細菌叢解析では、微生物の分離・培養を経ずに、微生物の集団の状態でシーケンスを行いますので、多検体の処理も可能であり、また、従来の方法では困難であった難培養性の微生物の情報も取得することが可能です。ヒト腸内細菌叢、土壌中の微生物集団の解析などに利用をされています。

* 真菌の 18s rRNA 配列(ITS領域)を利用した菌叢解析の実施も可能です。
* アンプリコンシーケンスとしてサービスを応用して利用をすることも可能です。

実施可能なアプリケーション例

抽出したDNAのご提供を受け、バクテリアの 16S rRNA 領域(V3-V4) をPCRにより増幅してライブラリを調製し、MiSeq, 300bp, Paired endで1サンプル当たり10万リード程度のシーケンスを行います。

<代表的な仕様>
 ライブラリ調製:16S rRNA(V3-V4) 1stPCRから
 シーケンス条件:MiSeq, 300bp, Paired end, 10万 Reads/sample
 データ解析  :OTU解析

* OTU解析: Operational Taxonomic Unit解析。細菌叢から得られた16S rRNA遺伝子由来のリード配列について、設定した類似度(通常97%以上)を基準としてクラスターに分類し、各クラスターから代表配列をBLAST検索し、属種名を同定します。

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