概要
お客様が蛍光プライマーを用いて増幅したPCR産物を送付していただき、シーケンサーによるキャピラリー電気泳動でフラグメント長を判定します。
解析条件
- 使用キャピラリーシーケンサー：3730xl DNA Analyzer
- 使用キャピラリー長 / ポリマー：50cm / POP7
データの確認はフラグメント解析専用のソフトウェア「Peak Scanner2」をご利用ください。
＊ Thermofisher SCIENTIFIC社のHPより、下記のURLにてフリーでダウンロードできます。
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http://resource.thermofisher.com/page/WE28396_2/
Dye set フィルター
ファスマックでは、以下のフィルターセットをご用意しており、1オーダーにつき適した1フィルターを選択し、解析を行います。 以下の対応する蛍光標識をご確認いただき、使用する蛍光標識、サンプルをプールする場合の標識の組み合わせにご注意ください。 なお、以下の蛍光標識、Dyesetフィルター以外にも対応可能な場合がございますので、お気軽にご相談ください。
- G5
FAM、VIC、NED、PET対応 / サイズスタンダード：500LIZ、600LIZ、1,200LIZ（＊）
- J6
FAM、VIC、NED、SID、TAZ対応/サイズスタンダード：500LIZ、600LIZ、1,200LIZ（＊）
- D
FAM、HEX、NED対応 / サイズスタンダード：400ROX、500ROX
- F
FAM、JOE、NED対応 / サイズスタンダード：400ROX、500ROX
- E5（SNaPshotサンプル泳動用）
dR110、dR6G、dTAMRA、dROX対応 / サイズスタンダード：120LIZ
- プロメガ社キット泳動用（PowerPlexシリーズ/MSI anlysisなど）
4C（Fluorescein、JOE、TMR）対応/サイズスタンダード：ILS600
5C（Fluorescein、JOE、TMR-ET、CXR-ET）対応/サイズスタンダード：ILS500
＊ 使用をご希望の際はご相談ください。
＊ （1,200LIZ）追加料金がかかりますので、予めご了承ください。
スタンダードプランの場合：＋￥200/サンプル（税抜）
プレートプランの場合：＋￥5,000/枚（税抜）
解析の流れ
- お客様よりサンプル送付
- サンプル到着後、お客様へサンプル受領のご連絡を行います。
- サンプル濃度に基づき、サンプルの希釈を実施いたします。
- サイズスタンダード、ホルムアミドを添加し、シーケンサーによる泳動を行います。
- 得られたデータを解析ソフトにインポートし、データチェックならびにサイジングデータを作成します。
- お客様へデータを納品いたします。
＊ サンプルをプールした場合は1サンプルとして対応させていただきます。
（例）2サンプルをプール⇒1サンプル
カスタムサービス
ファスマックではDNA抽出、PCR作業などウェットな作業や、マイクロサテライト解析のジェノタイピング（多型判定）の実績もございます。上記サービス以外のご要望がございましたら、ご相談いただければ幸いです。
ご提供いただくもの
- PCR増幅産物（10μL以上）＊ 予め蛍光標識されたものからの受け入れとなります。
- 電気泳動写真 ＊ 併せて電気泳動へのサンプル及びマーカーの供与量をお知らせください。
またマーカーから算出される各PCR産物濃度も概算で構いませんのでご記入ください。
＊ スタンダード8連プランの際は8連チューブに、プレートプランの場合はプレートにてサンプルをご送付ください。
（空きウェルは切ったりせずに、何も入れない空の状態でお送りください）
＊ サンプルは、冷凍便、冷蔵便、保冷剤同封の普通便、いずれかでお送りください。
なお、サンプルの発送は着払いにて承ります。
納品物
クロマトデータ（.fsaファイル）、サイジングデータ（.xlsファイル、オプションによる）
