受託オンライン
Commissioned Research Online

受託オンライン
株式会社薬研社

ID: J00604
ID: J00604
フィルジェン / Novogene

RNA-Seq 受託解析サービス

安価な価格と充実したバイオインフォマティクス解析が特徴


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

概要

RNA-Seqは、細胞内に含まれるmRNA分子を網羅的かつ定量的に解析します。転写産物のリード数から遺伝子発現量を定量化し、同時にその配列情報から、新規転写産物や、選択的スプライシングや融合遺伝子の検出を行う技術です。Novogene社のRNA-Seq受託解析サービスは、安価な価格と充実したバイオインフォマティクス解析が特徴です。解析対象となる生物種からご希望のデータ量を選択することができます。

特長

  • 次世代シークエンステクノロジーによる網羅的なmRNAのシークエンス
  • 真核生物用と原核生物用をご用意しています。
  • 様々なバイオインフォマティクス解析もご用意しています。(有償オプション)

サービス内容

ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、フィルジェン提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又はフィルジェンの提供するデータマイニングサービスからお選び頂けます。

[シークエンスプラットフォーム]
illumina HiSeq6000、PE150

[シークエンス量]
・真核生物:3Gb、6Gb、9Gb、12Gb raw data/sample
・原核生物:1.2Gb、2.4Gb、raw data/sample
* QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
* 保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98%となります。
* シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。

[作業内容]
1. サンプルQCチェック
2. mRNA濃縮
3. ライブラリー作製
4. シークエンス作製
5. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)
* 真核生物用ではOligo(dT)beads、原核生物用では、rRNA除去によりmRNAを濃縮いたします。
* 真核生物用のライブラリータイプは、non-directionalとなりますが、starand-specificタイプにも対応いたします(別途有償)。

[バイオインフォマティクス解析]

<解析パッケージ>
真核生物では、定量化パッケージとトランスクリプトームパッケージの2種類をご用意しております。また、リファレンスデータが利用できない真核生物にも対応いたします(De Novo)。原核生物用のバイオインフォマティクス解析については、お問合せください。

定量化パッケージでは、(fig.1)(fig.2)の青色の項目の解析が実施され、トランスクリプトームパッケージでは、さらに緑色の項目の解析も実施されます。真核生物(with Reference)について、生物種がヒト又はマウスの場合は、Fusion Gene Analysisが、それ以外の生物種の場合は、Novel Gene Predictionが実施されます。
* 解析によっては、2グループ以上や生物学的リプリケートが必要となります。
* 各パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

サンプル条件

RNA-Seqタイプ サンプルタイプ Amont 液量 濃度 RIN(Agilent2100) 純度
(NanoDropTM
真核生物用(non-directional library) TotalRNA
(Animal)
≧1μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.8
smooth base line
O.D.260/280:≧2.0
O.D.260/230:≧2.0
no degradation
no contamination
TotalRNA
(Plant and Fungus)
≧1μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.3
smooth base line
真核生物用(strand-specific library) TotalRNA
(Animal)
≧2μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.8
smooth base line
TotalRNA
(Plant and Fungus)
≧2μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.3
smooth base line
原核生物用 Total RNA ≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.0
smooth base line
  1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
    * 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 0.5% TBE solution; 180V for 16 min.
  2. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
  4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。

納品物

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
  • プロジェクトレポート
* USB等の記録メディアにて納品いたします。
* プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス内容 数量 価格(税抜) Cat.
真核生物
RNA-Seq 受託解析サービス 3Gb raw data/sample
(20 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE3-(サンプル数) 
RNA-Seq 受託解析サービス 6Gb raw data/sample
(40 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE6-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 9Gb raw data/sample
(60 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE9-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 12Gb raw data/sample
(80 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE12-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 3Gb raw data/sample
(20 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE3D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 6Gb raw data/sample
(40 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE6D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 9Gb raw data/sample
(60 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE9D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 12Gb raw data/sample
(80 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付 
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE12D-(サンプル数)
原核生物
RNA-Seq 受託解析サービス 1.2Gb raw data/sample
(8 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP1-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 2.4Gb raw data/sample
(16 million raw reads)
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP2-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 1.2Gb raw data/sample
(8 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP1D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 2.4Gb raw data/sample
(16 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP2D-(サンプル数)

*海外へのサンプル輸送費用およびHDD/USB費用が別途必要です。
*上記の真核生物用RNA-SeqのCat.#は、ライブラリータイプがnon-directionalの場合となります。


【納期】
・約1.5ヶ月(バイオインフォマティクス解析付:約2~2.5ヶ月)

*納期は、QCチェック合格後となります。
*年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。