概要

RNA-Seqは、細胞内に含まれるmRNA分子を網羅的かつ定量的に解析します。転写産物のリード数から遺伝子発現量を定量化し、同時にその配列情報から、新規転写産物や、選択的スプライシングや融合遺伝子の検出を行う技術です。Novogene社のRNA-Seq受託解析サービスは、安価な価格と充実したバイオインフォマティクス解析が特徴です。解析対象となる生物種からご希望のデータ量を選択することができます。

特長

• 次世代シークエンステクノロジーによる網羅的なmRNAのシークエンス
• 真核生物用と原核生物用をご用意しています。
• 様々なバイオインフォマティクス解析もご用意しています。（有償オプション）

サービス内容

ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、フィルジェン提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又はフィルジェンの提供するデータマイニングサービスからお選び頂けます。

［シークエンスプラットフォーム］
illumina HiSeq6000、PE150

［シークエンス量］
・真核生物：3Gb、6Gb、9Gb、12Gb raw data/sample
・原核生物：1.2Gb、2.4Gb、raw data/sample
＊ QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
＊ 保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98％となります。
＊ シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。

［作業内容］
1.　サンプルQCチェック
2.　mRNA濃縮
3.　ライブラリー作製
4.　シークエンス作製
5.　バイオインフォマティクス解析（有償オプション）
＊ 真核生物用ではOligo（dT）beads、原核生物用では、rRNA除去によりmRNAを濃縮いたします。
＊ 真核生物用のライブラリータイプは、non-directionalとなりますが、starand-specificタイプにも対応いたします（別途有償）。

［バイオインフォマティクス解析］

<解析パッケージ>
真核生物では、定量化パッケージとトランスクリプトームパッケージの2種類をご用意しております。また、リファレンスデータが利用できない真核生物にも対応いたします（De Novo）。原核生物用のバイオインフォマティクス解析については、お問合せください。

定量化パッケージでは、（fig.1）（fig.2）の青色の項目の解析が実施され、トランスクリプトームパッケージでは、さらに緑色の項目の解析も実施されます。真核生物（with Reference）について、生物種がヒト又はマウスの場合は、Fusion Gene Analysisが、それ以外の生物種の場合は、Novel Gene Predictionが実施されます。
＊ 解析によっては、2グループ以上や生物学的リプリケートが必要となります。
＊ 各パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

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サンプル条件

RNA-Seqタイプ	サンプルタイプ	Amont	液量	濃度	RIN（Agilent2100）	純度 （NanoDropTM）
真核生物用（non-directional library）	TotalRNA （Animal）	≧1μg	≧20μL	≧50ng/μL	≧6.8 smooth base line	O.D.260/280：≧2.0 O.D.260/230：≧2.0 no degradation no contamination
	TotalRNA （Plant and Fungus）	≧1μg	≧20μL	≧50ng/μL	≧6.3 smooth base line
真核生物用（strand-specific library）	TotalRNA （Animal）	≧2μg	≧20μL	≧50ng/μL	≧6.8 smooth base line
	TotalRNA （Plant and Fungus）	≧2μg	≧20μL	≧50ng/μL	≧6.3 smooth base line
原核生物用	Total RNA	≧3μg	≧20μL	≧50ng/μL	≧6.0 smooth base line

1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
   ＊ 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 0.5% TBE solution; 180V for 16 min.
2. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。）
3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
   ＊ UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。

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納品物

• サンプルQCレポート
• FASTQ形式のシークエンスデータ
• バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合）
• プロジェクトレポート

＊ USB等の記録メディアにて納品いたします。
＊ プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。