概要
リファレンス配列が利用可能な生物を対象に、RNA-Seqデータを使用した遺伝子発現解析を行います。
RNA-seq解析では、mRNAを効率良く解析するため、Total RNAの中で多くの割合を占めるrRNAの除去が重要です。
北海道システム・サイエンス社では、ご提供いただくTotal RNAから、Oligo-dTビーズ または Illumina社 Ribo-Zero Plus キットによるrRNA除去を行って、mRNAの網羅的なシーケンスを行います。
＊ リファレンス配列の無い生物の解析については
De novoトランスクリプトーム解析のページをご覧ください。
解析の流れ
- シーケンスデータ取得
- 遺伝子発現解析
- 有意差検定
- GO解析 or パスウェイ解析
推奨データ取得量
| シーケンス仕様 |
Illumina 150PE |
| データ量 |
2,000万リードペア / 検体 |
＊ データ取得量は、最低1Gb/検体（330万リードペア/検体）から、1Gb単位の任意のデータ量でご利用可能です。
解析メニュー
【遺伝子発現解析】（標準解析）
RNA-Seqデータを使用して、遺伝子発現量（TPM値）を算出します。
標準解析では、検体間・群間のFold Change算出まで実施します。有意差検定は別途オプションとなります。
- 特徴
・遺伝子発現量の算出に特化した解析系
・発現量はTPM値で算出
＊ 本解析では、リファレンス配列に対するアライメント情報（BAMファイル）は出力されません。
＊ アライメント情報（BAMファイル）をご希望の場合は、別途オプションでの添付も可能です。
- 納品データ例
・遺伝子発現テーブル（fig.1）
＊ TPM値算出後、検体間・群間のFold Change算出まで実施いたします。有意差検定は別途オプションとなります。
・各種Figure（検体間の発現プロファイル比較）（fig.2）
【有意差検定】（オプション解析）
群間における遺伝子発現変動の有意差検定を行います。（n≧3 推奨）
【GO解析】（オプション解析）
発現変動遺伝子群と関連性の高いGO（Gene Ontology）を探索します。
- 納品データ例（fig.5）
＊ ヒト・マウス以外の生物種の場合は事前にお問い合わせください。
【パスウェイ解析】（オプション解析）
発現変動遺伝子群と関連性の高い パスウェイ を探索します。
- 納品データ例（fig.6）
＊ ヒト・マウス以外の生物種の場合は事前にお問い合わせください。
