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株式会社薬研社

ID: J01476
ID: J01476
生物技研 / 生物技研

RNA-seq(遺伝子発現解析)

DNBSEQを用いた低価格で高品質のシーケンシング


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析

サービスについて

サービス概要

データ量 2,000万リード/2Gb
(サンプルがバクテリア等の場合は、1,000万リード/1Gb)
作業内容 ・送付サンプル(トータルRNA)の品質確認(*1)
・オリゴdTでmRNAを精製、ランダムプライマーでcDNA合成
※原核生物やSaccharomyces cerevisiaeの場合は、オリゴdTでmRNAを精製できないため、rRNA除去キットを用いて、rRNA除去を行います。
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析(DNBSEQ-G400 100bpペアエンド解析)
・データ解析(*2)
hisat2ソフトウェアを用いて参照配列にマッピングいたします。その後、featureCountを用いてカウントを行った後、RPKM/TPM正規化を行います。
* cufflinksを用いた解析も対応可能です。
納品物 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・マッピングとカウント結果(エクセルファイル)
・参照配列(fasta形式)と遺伝子アノテーション(gff形式)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
* データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途¥10,000(税抜)がかかります。
  お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。
【HDD納品となる目安】生データ納品の場合は200Gb、データ解析ありの場合は100Gb
ご提供サンプル トータルRNA1μg以上(>50ng/μL、>20μL)
* 滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。
* 1μg以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。
ご提供情報 1. サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2. オーダーシート
3. データ解析依頼書
レファレンス配列(fasta形式)/遺伝子アノテーション情報(gff形式, gtf形式)はCD-RやUSBに入れて送付頂くか、ダウンロードできるURLをご連絡下さい。
De novo transcriptome assemblyの解析をご希望のお客様は、お送り頂かなくても結構です。

*1 rRNAの分解が進んでおり、シーケンシング解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます(この場合のご請求は行いません)。
*2 De novo transcriptome assembly 解析の場合、解析方法が通常の解析とは異なります。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
RNA-seq(遺伝子発現解析) ¥40,000/サンプル
* サンプルが原核生物やSaccharomyces cerevisiaeの場合、
rRNA除去が必須です(¥15,000/サンプル)
* 24サンプル以上で数量割引があります。
25営業日
* データ解析不要(生データ納品)の場合は
20営業日
■オプション
項目 備考 価格(税抜) 追加
納期
RNA抽出 QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。
【ご提供サンプル量の目安】
細菌:細胞数 1×10^9程度、湿重量 20mg程度
酵母:細胞数 5×10^7程度、湿重量 25mg程度
植物(葉):湿重量 50mg程度、直径1.5cm
動物細胞:細胞数 1×10^7程度、湿重量 20mg程度
動物組織:湿重量 20mg程度
¥20,000/サンプル 5営業日
rRNA除去 siTOOLs Biotech社のriboPOOLを使用して、rRNAを除去します。 ¥15,000/サンプル なし
微量RNA対応 微量RNA(>1ng/μL、>20μL)に対して、ライブラリー調製を行います。真核生物のみ対応可能です。劣化したRNAではライブラリー調製ができません。 ¥20,000/サンプル 5営業日
データ解析 発現比較解析 <参照ゲノム配列あり>
iDEGES正規化(Sun et al., BMC Bioinformatics, 2013)後、edgeR/DESeqを用いて発現変動遺伝子を検出致します。
1パターン¥50,000
* 追加1パターンごと+¥10,000
なし
<参照ゲノム配列なし>
De novo transcriptome assemblyで得られたcontigに対しRSEMを用いてマッピングを行います。その後、edgeR/DESeqを用いて発現変動遺伝子を検出致します。
Volcano プロット 発現比較解析結果の発現比とp値で作図します。 1パターン¥10,000
* 追加1パターンごと+¥2,000
なし
ベン図 発現比較解析の結果、発現上昇または低下した遺伝子の集合関係をベン図で示します。 ¥20,000 なし
主成分分析(PCA) 遺伝子発現プロファイルの類似性を座標分布で示します。 ¥10,000 なし
クラスタリング解析 遺伝子発現プロファイルの類似性を階層クラスタリングで示します。 ¥10,000 なし
相関図作成 遺伝子発現プロファイルの類似性を相関図で示します。 ¥10,000 なし
ヒートマップ解析 遺伝子発現プロファイルを色で表現した可視化グラフを作成できます ¥20,000 なし
パスウェイ解析 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)を利用したパスウェイ解析です。発現変動解析の結果から同定された遺伝子が、どのような代謝系に関わっているのかを可視化させます。 1パターン¥50,000
* 追加1パターンごと+¥10,000
なし
Gene Ontology (GO) 解析 全遺伝子のGO termと発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子のGO termについて、出現頻度の比較とFisher検定による有意差検定を行います。発現変動遺伝子の特徴的なGO termを推定することができます。 1パターン¥70,000
* 追加1パターンごと+¥10,000
なし
→パスウェイ解析&GO解析 セット割引 -¥40,000
De novo transcriptome assembly 参照配列がない非モデル生物の遺伝子カタログ作成を、Trinityを用いて行います。 ¥100,000 なし

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。