DNBSEQを用いた低価格で高品質のシーケンシング
| データ量 | 4,000万リード/6Gb |
|---|---|
| 作業内容 | ・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認（＊1） ・【真核生物（S. cerevisiaeを除く）】オリゴdTでmRNAを精製 【Saccharomyces cerevisiae・原核生物】各対象生物用のキットを用いてrRNA除去 ・ランダムプライマーでcDNA合成後、シーケンスライブラリー作製 ・シーケンシング解析（DNBSEQ 150bpペアエンド解析） ・データ解析（＊2） Bowtie2/STAR（＊3）ソフトウェアを用いて参照配列にマッピングいたします。その後、featureCountを用いてカウントを行った後、TPM正規化を行います。 ＊ cufflinksを用いた解析も対応可能です。 ＊ ヒト・マウス・ラット・イヌ・ニワトリ・アナウサギの場合は、リードカウントと正規化の代わりに、 融合遺伝子の検出を行うことも可能です。リードカウントと正規化も行う場合は、￥10,000（税抜）かかります。 |
| 納品物 | 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。 ・報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・マッピングとカウント結果（エクセルファイル） ・参照配列（fasta形式）と遺伝子アノテーション（gff形式） ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ ＊ データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途￥10,000（税抜）がかかります。 お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。 【HDD納品となる目安】生データ納品の場合は200Gb、データ解析ありの場合は100Gb |
| ご提供サンプル | トータルRNA 1μg以上（＞50ng/μL、＞20μL）
＊ ドライアイスを同梱し、冷凍便を使用して送付ください。 ＊ RNA濃度が基準値未満の場合は、「微量RNA対応」のオプションをご覧ください。 |
＊1 rRNAの分解が進んでおり、シーケンシング解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます（この場合のご請求は行いません）。
＊2 参照配列がない生物種は、De novo transcriptome assembly 解析（オプション/以下参照）を行って発現遺伝子カタログを作成し、参照配列の代わりとしてマッピングに用います。De novo transcriptome assembly 解析を実施しない場合は、生データでの納品となります。
＊3 2024年5月にhisat2からSTARに変更しました。
| サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 | |
|---|---|---|---|
| RNA-seq （遺伝子発現解析） |
真核生物 （S. cerevisiaeを除く） |
￥40,000/サンプル | 25営業日 ＊ データ解析不要（生データ納品） の場合は20営業日 |
| Saccharomyces cerevisiae | ￥60,000/サンプル 内訳）RNA-seq解析￥40,000 +rRNA除去（S. cerevisiae用）￥20,000 |
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| 原核生物 | ￥50,000/サンプル 内訳）RNA-seq解析￥40,000 +rRNA除去（原核生物用）￥10,000 |
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＊ S. cerevisiaeと原核生物はオリゴdTでmRNAを精製ができないため、上記の通りrRNA除去が必要となります。
＊ 8サンプル以上で5%引き、24サンプル以上で10％引き
| 項目 | 備考 | 価格（税抜） | 追加納期 |
|---|---|---|---|
| RNA抽出 | QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。 【ご提供サンプル量の目安】 細菌：細胞数 1×10^9程度、湿重量 20mg程度 酵母：細胞数 5×10^7程度、湿重量 25mg程度 植物（葉）：湿重量 50mg程度、直径1.5cm 動物細胞：細胞数 1×10^7程度、湿重量 20mg程度 動物組織：湿重量 20mg程度 |
￥20,000/サンプル | 5営業日 |
| rRNA除去（原核生物対象） | Vazyme社のRibo-off rRNA Deletion Kit等を使用して、rRNAを除去します。 | ￥10,000/サンプル | なし |
| rRNA除去（S. cerevisiae対象） | siTOOLs Biotech社のriboPOOLを使用して、rRNAを除去します。 | ￥20,000/サンプル | なし |
| 微量RNA対応（真核生物のみ可） | 微量RNA（>1ng/μL、>20μL）に対して、ライブラリー調製を行います。劣化したRNAではライブラリー調製ができません。 また、微量RNA対応は通常のライブラリー調製方法と異なるため、複数サンプルをご依頼いただく際は、どちらかの調製方法で統一することを強く推奨します（統一しないと、サンプル間の結果の比較ができなくなります）。 |
￥20,000/サンプル | 5営業日 |
| 項目 | 備考 | 価格（税抜） | 追加納期 |
|---|---|---|---|
| 発現プロファイルの類似性 | 発現比較解析前に各サンプルの遺伝子プロファイルの類似性をいくつかの手法で可視化し、反復内や反復間で遺伝子発現の差を確認します。 （主成分分析、相関分析、階層的クラスタリング） |
￥30,000 ＊ 3サンプル以上で解析可 |
なし |
| 発現比較解析 | 統計解析によって発現量が有意に異なる遺伝子群を特定した後、それをMA plotやVolocano plot、ヒートマップで描写します。 | 1比較目￥30,000 ＊ 追加1比較ごと+￥10,000 |
なし |
| エンリッチメント解析 | 発現変動した遺伝子群が、どのような機能をもつのか体系的に分類し、有意差検定を行います。また、KEGGの代謝マップ上に可視化するための情報を納品します。 （Gene Ontology(GO)解析、パスウェイ解析） |
1比較目￥50,000 ＊ 追加1比較ごと+￥10,000 |
なし |
| De novo transcriptome assembly | 参照配列がない非モデル生物の遺伝子カタログ配列を、Trinityで構築します。 | ￥100,000/生物種 | なし |
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