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株式会社薬研社

ID: J01380
ID: J01380
理研ジェネシス / 理研ジェネシス

Target RNA Sequencing

NGSを用いたターゲット遺伝子発現解析。免疫制御およびシグナル伝達経路に関する遺伝子の発現解析を行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析

サービスについて

概要

Total RNAを用いて、ターゲット遺伝子の配列をPCR増幅し、次世代シーケンサー(NGS)を用いて塩基配列を決定します。その後、得られたリード配列を参照配列にマッピングし、発現レベルの算出を行います。複数サンプルの場合には、サンプル間での発現レベル比較も実施します。

  • 解析フロー

    1. Total RNAの品質評価
    2. 逆転写反応によるcDNA合成
    3. 対象領域の増幅 / ライブラリー作製
    4. NGSを用いたシーケンシング
    5. バイオインフォマティクス解析(発現レベルの算出など)

特長

  • 低発現遺伝子の優れた検出能力。
  • FFPEに由来する少量のRNAからでも解析可能。
  • 免疫応答バイオマーカー研究に重要な遺伝子を解析可能なパネルをご用意。

サービス内容

  • 解析内容

    [OncomineTM Immune Response Research Assay]
    ・免疫チェックポイント阻害ターゲットを含む免疫制御経路およびシグナル伝達経路に関連した遺伝子
     (Housekeepingを含む395遺伝子)の発現を解析できるパネルです。
  • 解析例

    検体数 16
    パネル OncomineTM Immune Response Research Assay
    機種 / チップ Ion S5TM / Ion 530TM
    バイオインフォマティクス解析 発現レベル(RPM)算出、発現変動遺伝子の抽出など
    納期 品質評価通過後、約2ヶ月

納品物

  • 解析報告書
  • データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、RPMデータ(テキストファイル、CHPファイル)、比較解析結果(テキストファイル)

サンプル条件

サンプルの種類 RNA量 濃度 溶媒
精製Total RNA 100ng 10ng/μL以上 Nuclease-free水

* サンプルの定量はQuibitを用いた方法を推奨しております。
* サンプルの(バイオアナライザによる)電気泳動像図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
* 著しく分解が見られる検体の場合は、ライブラリー作製や解析結果に悪影響を及ぼす場合があります。


ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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関連サイト



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※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。