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株式会社薬研社

ID: J01377
ID: J01377
理研ジェネシス / 理研ジェネシス

Fusion Gene Analysis

2種類のソフトウェアでRNA-Seqのペアエンドリード配列から効率的な融合遺伝子の検出を行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > FusionGene解析

サービスについて

概要

融合遺伝子は、あるタイプのがんでは顕著な特徴となっており、分子標的医薬のターゲットとして着目されています。がん細胞などに由来する転写産物の配列を網羅的に決定した後、それらの配列情報から融合遺伝子を探索します。

特長

  • RNA-Seqにより取得されたペアエンドリード配列を用いて、融合遺伝子を検出。
  • 発現している融合遺伝子を効率良く探索。
  • 融合遺伝子の検出力を向上させるため、2種類のソフトウェアを併用。
  • Transcriptome Sequencingと組み合わせた解析も可能。

サービス内容

  • 解析結果(fig.1

    シーケンス解析により取得したペアエンドリード配列を用いて、融合遺伝子を検出します。
    2種類のソフトウェア(deFuse、FusionHunter)を使用して検出された融合遺伝子候補のリストと個々の融合遺伝子の情報(breakpoint前後の配列、ゲノム位置などの詳細情報)をHTML形式のファイルでご提出します。
  • 解析例

    ライブラリ作製キット TruSeq Stranded mRNA Library Prep
    機種 NovaSeq 6000
    平均リード数 / サンプル 約100Mリード以上
    シーケンス方法 Paired End / Multiplex
    バイオインフォマティクス解析 融合遺伝子の探索
    納期 品質評価通過後、約3ヶ月(*)

    * 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。


納品物

  • 解析報告書
  • データHDD:リード情報(FASTQ)、融合遺伝子候補検出結果(HTML)

サンプル条件

ライブラリ作製キット TruSeq Stranded mRNA Library Prep TruSeq RNA Exome
サンプルの種類 精製Total RNA 精製Total RNA
RNA量 3μg 0.5μg
濃度(*1) 65ng/μL以上 20ng/μL以上
RIN値(*2) 7以上 -(*3)

*1 サンプルの定量はAgilent 2100バイオアナライザまたはAgilent 2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
*2 サンプルの(バイオアナライザによる)電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
*3 200nt以上のRNA断片が50%以上(DV200?50%)の品質を推奨しています。


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