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理研ジェネシス / 理研ジェネシス ID: J01376

Transcriptome Sequencing ID: J01376

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次世代シーケンサーを用いて遺伝子発現変動を網羅的に解析します。

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サービスについて

概要

次世代シーケンサー（NGS）により全転写物の塩基配列を決定します。
得られたリード配列を参照配列にマッピングし、転写物のアセンブリング、発現レベルの算出、転写物へのアノテーション付与を行います。
複数サンプルの場合にはサンプル間での発現レベルを比較します。また、解析目的やRNAの品質に合わせて、適切な方法をお選びいただけます。

  • 解析フロー

    1. Total RNAの品質評価
    2. 必要に応じてRNA精製後、断片化 / cDNA合成
    3. ライブラリ作製
    4. NGSを用いたシーケンシング
    5. バイオインフォマティクス解析（発現レベルの算出など）

特長

  • 遺伝子発現レベルとスプライシングパターンの両方の解析を実施。
  • 生体内の遺伝子発現変動を網羅的に解析でき、サンプル特異的な遺伝子発現パターンの同定が可能。
  • パスウェイ解析やGO解析を組み合わせることで、さらに実用的な結果をご提供。
  • がんの原因となる融合遺伝子の探索も可能。

サービス内容

  • ライブラリ作製方法

    No ライブラリー作製キット RNA精製
    方法    		 FFPE由来
    RNA対応    		 特徴
    1 TruSeq Stranded mRNA Library Prep（＊1） poly A RNA精製 × ・最もスタンダードな手法。
    ・分解の見られるRNAは適さない。
    2 TruSeq RNA Exome（＊2） － 〇 ・ヒト遺伝子（21,415）のコーディング領域のみを濃縮して解析。
    ・分解の見られるRNAでも解析可能。
    3 TruSeq Stranded Total RNA Library Prep rRNA除去 〇 ・polyAを持たないタイプのnon-coding RNAもシーケンス可能。
    ・分解の見られるRNAでも解析可能。
    4 SureSelect XT RNA direct, SureSelect Mouse All Exon（＊3） － 〇 ・マウス遺伝子のコーディング領域のみを濃縮して解析。
    ・分解の見られるRNAでも解析可能。

    ＊1 グロビンmRNAの除去をご希望の場合は別途お問い合わせください。
    ＊2 ヒトのみ対応可能。
    ＊3 マウスのみ対応可能。

  • オプションバイオインフォマティクス解析

    Fusion Gene Analysis / 融合遺伝子探索（ヒトのみ対応可能）
    ・ペアエンドリード配列を用いて、発現している融合遺伝子を効率良く探索します。
    詳細はFusion Gene Analysisサービスのページをご参照ください。

    階層型クラスタリング＋ヒートマップ作成
    ・ご指定いただいた遺伝子リストを基に、階層型クラスタリングの実施とヒートマップの作図を行います。
    　またヒートマップの並び順に対応したExcelファイルも合わせて出力します。
  • 解析結果

    リード配列を参照配列に対してスプライシングを考慮してマッピング（＊1）し、ジャンクション構造予測（＊1）を行います。
    その後、転写物のアセンブリング（＊1）、発現レベルの比較を行います。発現レベルの比較は、geneレベルやisoformレベルで実施し、各種アノテーション（＊2）をつけてエクセル・マクロファイルとテキストファイル（＊3）でご提出します。

    fig.1 解析結果
    ＊1 マッピング結果、ジャンクション構造予測結果、転写物のアセンブル結果はIntegrative Genomics Viewer（IGV）で
    　　閲覧することが可能です。
    ＊2 発現レベル比較データには次のようなアノテーションがつきます（Humanの場合）。
    　　遺伝子名、ゲノム上の位置、Entrez Gene ID、RefSeq ID、GO ID、KEGG ID、OMIM ID、Pfam IDなど
    ＊3 アノテーションは理研ジェネシスオリジナルのエクセル・マクロ（AnnotationViewer）で観覧でき、
    　　IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。
  • 解析例

    • ライブラリ作製キット TruSeq Stranded mRNA Library Prep
    機種 NovaSeq 6000
    平均データ量 / サンプル 約40Mリード以上
    シーケンス方法 Paired End / Multiplex
    バイオインフォマティクス解析 スプライシングパターン予測、正規化された発現レベルの算出
    発現レベルのサンプル間比較、GO解析
    納期 品質評価通過後、約2.5ヶ月（＊）

    ＊ 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。

    ● ヒト、マウス、ラット以外の生物種の解析をご希望の場合は別途ご相談ください。

納品物

  • 解析報告書
  • データHDD：リード情報（FASTQ）、マッピングデータ（BAM）、ジャンクション構造予測データ（BED）、転写物データ（GTF）、発現レベル比較データ（エクセル・マクロファイルとテキストファイル）、GO解析データ（テキストファイル）

サンプル条件

ライブラリ作製キット TruSeq Stranded mRNA Library Prep、
TruSeq Stranded Total RNA Library Prep		 TruSeq RNA Exome
SureSelect XT RNA direct
+ SureSelect Mouse All Exon
サンプルの種類 精製Total RNA 精製Total RNA
RNA量 3μg 0.5μg
濃度（＊1） 65ng/μL以上 20ng/μL以上
RIN値（＊2） 7以上 -（＊3）

＊1 サンプルの定量はAgilent 2100バイオアナライザまたはAgilent 2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
＊2 サンプルの（バイオアナライザによる）電気泳動図がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
＊3 200nt以上のRNA断片が50%以上（DV200≥50％）の品質を推奨しています。

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参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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