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タカラバイオ / タカラバイオ ID: J00117

de novo RNA-Seq解析（cDNA配列解析） ID: J00117

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非モデル生物の網羅的な遺伝子配列取得と発現定量解析

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サービスについて

特長

  • ロングリードシーケンサーによる網羅的なcDNA配列の取得と発現定量解析
  • ゲノム配列情報のない生物種でも発現定量解析が可能
  • cDNA配列はトランスクリプトバリアントごとに区別して検出

概要

次世代シーケンサーを用いて、一度の解析で網羅的なcDNA配列の取得と発現定量解析を行います。ゲノム配列が未知である非モデル生物の発現定量解析が可能になります。

サービス内容

total RNAをご提供いただき、ライブラリー作製後、PPacBio ロングリードシーケンサー（パシフィックバイオサイエンス社）を用いてシーケンス解析を行います。得られたシーケンスデータをクラスタリングすることでトランスクリプトごとの配列情報を取得し、相同検索によるアノテーション情報を付与します。また同時にサンプルごとの遺伝子発現量を求めます。
なお、原核ゲノム、ゲノムサイズが小さい生物種については、ゲノム配列解析によるドラフトゲノム配列決定・遺伝子予測がお勧めです。

  • 作業の流れ（fig.1）
  • 納品データ例
    取得したシーケンスデータをクラスタリングした結果の配列情報と、その配列情報に対しての各種アノテーション情報とサンプル毎の発現量情報をまとめたリストを納品いたします。（fig.2）

fig.1 作業の流れ

fig.2 納品データ例
［オプションサービス］

細胞・組織からのRNA調製

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 解析データ一式（配列情報ファイル、アノテーション情報ファイルなど）

受入サンプル

  • total RNAなど

    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    サンプル量 濃度 液量（目安） 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA（＊1） 1μg以上 100ng/μL以上 10μL以上 1.6以上
    組織・細胞（オプション） 別途ご相談（＊2）

    ＊1 polyA+ RNAが無い原核生物の解析は別途ご相談ください。
    ＊2 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。

    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    ・DNase処理を実施してください
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    ・ご希望の作業に応じて、以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
de novo RNA-Seq解析（cDNA配列解析） お問い合わせ お問い合わせ

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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