ゲノム変異解析 ID: J00109

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微生物変異株解析、高等生物のSNPやゲノム構造変化の解析

カテゴリ

サービスについて

特長

次世代シーケンサーによる網羅的ゲノム変異解析
参照配列に対する変異箇所（置換、欠失、挿入など）を迅速に検出
検出した変異のアノテーション情報の付加もサポート

サービス内容

NovaSeq/MiSeqによる次世代シーケンス（NGS）解析では、微生物から高等生物レベルのゲノムDNA変異候補領域を効率良く取得できます。
ゲノムDNAを提供いただき、ペアエンド解析を行います。参照配列にマッピングして変異箇所（置換、欠失、挿入など）の解析を行いリスト化します。

ヒト全ゲノムシーケンス解析についてはこちらをご覧ください。

【オプションサンプル調製】
・核酸抽出・精製

【オプション情報解析（バイオインフォマティクス）】
・変異解析（マッピング・変異検出・変異アノテーション）
参照配列に対し、シーケンスにより得られたリード配列をマッピングし、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。遺伝子情報が存在する生物種の場合は、検出した変異と遺伝子の位置関係、変異による影響（アミノ酸置換など）についてアノテーションを付加することも可能です。

納品物

作業報告書
シーケンスデータ一式
変異候補の抽出結果、マッピング結果等

受入サンプル

参照配列情報
ゲノムDNA

以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

	ライブラリー	DNA量	濃度	液量	純度
	ライブラリー	DNA量	濃度	液量	OD₂₆₀/OD₂₈₀	OD₂₆₀/OD₂₃₀
ゲノムDNA	ThruPLEX DNA-Seq Kit	200ng以上	40ng/μL以上	40μL以上	1.6以上
ゲノムDNA	TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit	4μg以上	80ng/μL以上	50μL以上	1.6以上

・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10mM Tris-HCl、0.1mM EDTA pH8.0に溶解してください。
・電気泳動（1％ゲル）にて10～20kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

【サンプル送付容器について】
・ゲノムDNAサンプルは、1.5mLチューブでご提供ください。0.2mL、0.5mL、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
＊ 24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）

ご注文に関して

お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

参考価格・納期

	ライブラリー	データ量	参考価格	納期
全ゲノムシーケンス解析（イルミナ　ショートリードシーケンス）	ThruPLEX DNA-Seq Kit	6Gbase／検体	4検体まで：￥120,000／検体 8検体：￥53,500／検体 16検体：￥37,720／検体	約4～6週間
全ゲノムシーケンス解析（イルミナ　ショートリードシーケンス）	ThruPLEX DNA-Seq Kit	100Gbase／一式	4検体：￥86,000／検体 8検体：￥53,500／検体 16検体：￥37,720／検体	約6～8週間
全ゲノムシーケンス解析	TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit	100Gbase／一式	4検体：￥99,000／検体 8検体：￥66,500／検体 16検体：￥50,250／検体	約4～6週間

＊シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
＊データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
＊ ThruPLEX DNA-Seq Kitを使用したシーケンス解析はオンライン注文可能です。一度に最大16検体をご依頼いただけます。

受託オンラインCommissioned Research Online株式会社薬研社 株式会社薬研社