特長
- 次世代シーケンサーによるヒト全ゲノムおよびヒトエクソームの変異解析
- 変異箇所（置換、欠失、挿入など）に加え染色体構造を迅速に検出！
- ヒトだけでなく、マウスでも利用可能
- FFPE検体の全ゲノムシーケンス、エクソーム解析にも対応
サービス内容
次世代シーケンサーを用いて、ヒトなどの大型ゲノムについて全ゲノムまたはエクソーム配列を迅速に取得いたします。
＊ 微生物変異株解析、その他高等生物のゲノム変異解析は
こちら
- ヒト全ゲノムシーケンス解析（WGS：Whole Genome Sequence）
目的によってNovaSeqシステム（イルミナ社）を用いたショートリードシーケンスとPacBioシークエンシングシステム（パシフィックバイオサイエンス社）を用いたロングリードシーケンスを選択できます。
| 全ゲノムシーケンス解析で得られる変異タイプ |
Short read |
Long read（HiFi Read） |
| 生殖細胞系列 変異（SNV・Short Indel） |
◎ |
◎ |
| 生殖細胞系列 構造変異（SV） |
○ |
◎ |
| 生殖細胞系列 コピー数多型（CNV） |
○ |
○ |
| 体細胞 変異（SNV, Short Indel） |
○ |
× |
| Phasing解析 |
× |
◎ |
- FFPE由来DNA 全ゲノムシーケンス解析（FFPE WGS）
ThruPLEX DNA-Seq HVキットを用いてライブラリーを作製し、NovaSeqシステム（イルミナ社）を用いてシーケンスを行います。
従来のライブラリー作製手法ではシーケンスリードが得られなかった検体についても、実用的なシーケンス結果が得られます。
- ヒトエクソーム解析（WES：Whole Exome Sequence）
ゲノムDNAに対して、プローブを用いてヒトエクソン領域を濃縮し、NovaSeqシステム（イルミナ社）を用いてシーケンスを行います。下記エクソームキット以外での濃縮をご希望の場合はお問い合わせください。
FFPE由来DNAにも対応しています。
・Twist Exome2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in（約37 Mb）
【オプション サンプル調製】
【オプション 情報解析（バイオインフォマティクス）】
- ショートリード変異解析 （マッピング・変異検出・変異アノテーション）
シーケンスにより得られたリード配列を参照配列にマッピングし、SNVやShort Indelを検出します。ヒトやマウスなど遺伝子情報が存在する生物種の場合は、検出した変異と遺伝子の位置関係、変異による影響（アミノ酸置換など）についてアノテーションを付加することも可能です。
- ロングリード変異解析 （マッピング・変異検出）
オプションでpbsv（パシフィックバイオサイエンス社）を用いた変異解析結果（variant_table）を納品します。
- 体細胞変異解析
体細胞変異などの腫瘍組織特異的に存在する変異を高感度に検出します。
- 日本人特異的変異解析
体細胞変異について東北メディカルメガバンク機構で構築された日本人基準ゲノム配列（JG2）との比較解析結果および日本人全ゲノムリファレンスパネル（14KJPN）を付加し、集団差に対応した変異解析結果を納品します。
- ネオアンチゲン予測解析
正常検体および腫瘍検体のエクソームシーケンスまたは全ゲノムシーケンスデータ、および腫瘍検体のRNA-Seqデータから、ネオアンチゲン候補ペプチドの配列と HLAへの結合親和性を予測します。（HLA Class Iに限る）
- ゲノム編集オフターゲット領域解析
エクソーム・全ゲノムシーケンスデータからターゲット領域およびオフターゲット領域の変異を検出します。
- ゲノムワイド関連解析（GWAS）
全ゲノムシーケンスデータより得られたSNPsと疾患（表現型）の相関から、疾患に関連するゲノム領域、遺伝子を解析します。また低頻度のバリアント情報も用いたレアバリアント解析で、これまで見えてこなかった疾患関連遺伝子の探索を行います。
- eQTLアノテーション
GWAS等で得られた変異に対し、公共データベースに登録されたeQTL情報をアノテーションし、変異に関連する遺伝子群を推定します。非コード領域の変異でも遺伝子レベルでの関連を見出すことが可能です。
- 疾患ゲノム変異アノテーション
ヒトエクソームシーケンスデータまたは全ゲノムシーケンスデータよりゲノム変異を検出し、変異検出結果をMH Guide/Mendel（Molecular Health社）へアップロードし、疾患情報の付与、病原性判定を行います。膨大な変異データから効率よく重要な遺伝子変異を絞りこむことが可能です。
納品物
- 作業報告書
- シーケンスデータ一式
- 変異候補の抽出結果、マッピング結果等（オプションご依頼時）
【クラウド納品について】
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。
＊ クラウド納品ご選択時の注意事項
- シーケンスデータはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
推奨回線速度計測サイトはこちらから
- 回線速度が110 Mbpsの場合：500 GByteのダウンロードに10時間、50 Mbpsの場合：23時間が目安です。
- シーケンスデータサイズの目安は以下となります。
エクソームシーケンスやRNA-Seq
（シーケンスデータ量 5～6 Gbase／検体） |
約5 GByte／検体 |
全ゲノムシーケンス
（シーケンスデータ量 90 Gbase／検体） |
約70 GByte／検体 |
- 150 GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive（デスクトップ用アプリ）をインストールしてご利用ください。
- ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品（HDD等）への変更をご案内します。
- 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。
受入サンプル
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
|
サンプル量 |
濃度 |
液量（目安） |
純度 |
| OD260/OD280 |
OD260/OD230 |
全ゲノムシーケンス解析
ショートリード |
4μg以上 |
80ng/μl以上 |
50μL以上 |
1.6以上 |
全ゲノムシーケンス解析
（FFPE WGS）
ショートリード |
400ng以上 |
8ng/μl以上 |
50μL以上 |
| エクソーム解析 |
500μg以上 |
10ng/μl以上 |
50μL以上 |
全ゲノムシーケンス解析
ロングリード（HiFi） |
13μg以上 |
50ng/μl以上 |
260μL以上 |
・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10mM Tris-HCl、0.1mM EDTA pH8.0に溶解してください。
・ロングリードでの解析の場合、DNA抽出は長鎖DNA抽出用キットを使用してください。
抽出後は凍結せず冷蔵（4℃）で、できるだけ早くサンプルをご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
・電気泳動（1％ゲル）にて10～20kb以上に明確なバンドが検出され、低分⼦の混⼊および分解がないことをご確認ください。
ロングリードでの解析の場合は、パルスフィールドゲルまたは0.3％アガロースゲル電気泳動で50kb以上に明確なバンドが検出され、
低分子の混入および分解がないことをご確認ください。
・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
【サンプル送付容器について】
・ゲノムDNAサンプルは、1.5mLチューブでご提供ください。0.2mL、0.5mL、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
＊ 9検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）
ヒト全ゲノムシーケンス解析（WGS）
【ショートリードシーケンス解析】 ＊ 作製済みライブラリー提供シーケンスのみのご依頼を希望の場合は
こちら
| サービス内容 |
ライブラリー |
データ量 |
価格（税抜） |
納期 |
全ゲノムシーケンス解析
＊ヒト、マウスのみ対象 |
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit |
90 Gbase／検体 |
￥150,000／検体 |
約4週間～ |
＊ シーケンス解析ではfastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
＊ データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
＊ 微生物変異株解析、その他高等生物のゲノム変異解析はこちら
【ゲノム変異解析】
マッピング結果（bamファイル）と変異検出結果（vcfファイル）、変異のアノテーション情報を付加したエクセルファイルを納品します。
| サービス内容 |
情報解析 |
検体数／データ量 |
価格（税抜） |
納期 |
| ヒト全ゲノムシーケンス解析 |
ゲノム変異解析 |
1検体／90 Gbase |
2検体：￥180,000
3検体：￥230,000
4検体：￥280,000
|
＋約10営業日 |
FFPE WGS、ロングリードシーケンスやその他オプション解析については別途お問い合わせください。
●ヒトエクソーム解析
【シーケンス解析】
| サービス内容 |
ライブラリー |
データ量 |
価格（税抜） |
納期 |
| ヒトエクソーム解析一定データ量プラン |
Twist Exome2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in |
100 Gbase |
8検体：￥996,000
16検体：￥1,172,000
＊ 8検体単位でのご案内となります。
|
約8～10週間 |
＊ シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
＊ データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
【ヒトエクソーム変異解析】
ヒトエクソーム解析ご依頼の場合のオプション。bamファイル、vcfファイル、変異のアノテーション情報を付加したエクセルファイルを納品します。
| サービス内容 |
情報解析 |
検体数／データ量 |
価格（税抜） |
納期 |
| ヒトエクソーム解析 |
変異解析 |
16検体／100 Gbase |
￥130,000 |
＋約10営業日 |
