概要
東北化学薬品株式会社開発Viewerに、補正シグナル値と対応生物種の最新遺伝子情報をセットアップしてご提供します。
アレイデータの発現解析をご自身で行いたい方、実験後速やかに解析結果を知りたい方に、大変お勧めの商品です。
特長
- Viewerによるアレイデータの閲覧・解析（fig.1）
「マイクロアレイのデータから遺伝子発現解析を行いたいけれど、どのようにデータを見たらよいのか困っています」 「発現差のある遺伝子群は抽出できたけれど、特徴が判らないです」… そんなお客様の声にお応えするため、東北化学薬品株式会社にてアレイデータの閲覧が可能なViewerを開発いたしました。
解析に必要な数値補正を実施したシグナル値をViewerにセットアップして、すぐにデータの閲覧・解析が可能な状態で出荷いたします。
複雑な読み込み作業をスキップして解析図表や遺伝子リストの作成が出来、Gene Ontology Browser等からスピーディーに解析結果を考察いただけます。
- 広範囲のデータに対応
各社マイクロアレイチップに対応しており、アレイメーカーや実験生物種に制限はございません。
＊ ただし、カスタムアレイのデータをご希望の場合は、事前にご相談ください。
- 最新アノテーション情報の提供（fig.2）
公共遺伝子データベースNCBI（National Center for Biotechnology Information）より取得した遺伝子の最新アノテーション情報をご提供いたします。 過去に実験されたアレイデータを現在のアノテーション情報に更新して再解析したい場合にも、是非ご活用ください。
＊ NCBI以外のデータベースの情報の利用や、BLAST検索によるホモログ遺伝子からの情報補足にも対応しております。
Viewer搭載機能
- 解析データのカスタマイズ
・コンディション決定
反復実験やコントロールサンプルなど、各アレイ情報を入力できます。 反復実験サンプルは、各群のシグナル値の平均値を算出し、以降の解析に用いることが可能です。
・数値補正（Normalize）
必要に応じ、シグナル値の数値補正が実施できます。
- 遺伝子の抽出
・パラメータによるprobeの抽出
フラグ情報やシグナル強度から、実験結果の信頼性が高いプローブ（遺伝子）を抽出することが可能です。
・変動遺伝子の抽出
比較する2群間で発現量に変動が見られた遺伝子を抽出し、一覧を作成します。
- 生物学的解釈の補助
・Gene Ontology情報の表示
抽出した任意の遺伝子群について、GO BrowserからGO解析（フィッシャーの正確確立検定）の結果を表示し、 遺伝子産物の生物学的プロセス、分子機能、細胞内局在に関する特徴を確認することができます。
・遺伝子セット解析結果の表示
パスウェイレベルで同調した発現傾向を示す遺伝子群を抽出することを目的とした、PAGE解析の結果を表示します。 大きな発現変動を示す個々の遺伝子についてだけでなく、特定のパスウェイや遺伝子機能に関連する複数遺伝子の発現変動が及ぼす影響について検討が可能です。
- 解析図表の描画
・Scatter PlotおよびLine Graphの描画
選択した遺伝子リストを、Scatter Plot（散布図）やLine Graphに表示します。描画した解析図は、様々な形式にて保存が可能です。
・遺伝子リストの表示
選択した遺伝子リストについて、アノテーション情報の一覧を表示します。作成した遺伝子リストは、様々な形式にて保存が可能です。
- 推奨動作環境
| CPU |
1GHz、32bit（x86）または64bit（x64）プロセッサ （デュアルコア以上推奨） |
| メモリ |
1GB以上 |
| Java |
JavaTM Runtime Environment Version 6 update 10以上 |
| HDD |
解析データにより使用領域が異なります |
| OS |
Windows® XP、Windows® Vista、Windows® 7 |
サービスの流れ
- お申込み
担当者までお申込み下さい。
- アレイデータの送付
解析を希望されるアレイデータのコピーを、CD-ROMまたはDVD-ROMにてご送付ください。
- データのセットアップ
東北化学薬品株式会社にてデータのセットアップを行います。
Viewerにセットアップするのは、以下のデータです。
(1) マイクロアレイデータ
お預かりしたマイクロアレイデータを必要に応じて正規化し、セットアップいたします。 シグナル値の正規化には、Agilent Technologies社製遺伝子発現解析ソフトGene Spring GXを用いております。
(2) アノテーション情報
お客様のアレイデータの対応生物種について、遺伝子の最新アノテーション情報を取得し、ご提供いたします。 公共遺伝子データベースNCBIより取得を行っておりますが、その他のデータベースのご利用やBLAST検索からの遺伝子情報取得のご要望にも対応しております。
- 納品
解析データおよびアノテーション情報をセットしたViewer、および取扱説明書をCD-ROMに格納し、お手元にお届けいたします。
注意事項
- 本サービスでは、ディスカッションおよびコンサルティングによる解析サポートは行っておりません。
- アレイ実験データは最大25枚までお預かり可能です。26枚以上のアレイデータをお持ちの方は、ご相談ください。
- カスタムアレイの解析をご希望の方は、ご相談ください。
- 納品物の閲覧には、Javaの実行環境（Java Runtime Environment）およびウェブブラウザ（Internet Explorer、Mozilla FireFox、Google Chrome等）が必要です。
- ViewerはWindows®、Macintosh®に対応しております。Linux®をご利用の方は、ご相談ください。
ソフトウェアの不具合については保証期間を2週間とさせていただきます。
