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DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所 ID: J00662

アレイCGH解析 ID: J00662

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Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたDNAのコピー数変化解析です。

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サービスについて

特長

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたDNAのコピー数変化解析です。

CGH（Comparative Genomic Hybridization）は分子細胞遺伝学的手法です。
アジレントのCGH マイクロアレイは、全染色体にわたり網羅的にDNA コピー数の変化をプロファイリングできる高解像度ツールです。
既知の遺伝子、プロモーター、miRNA、偽常染色体領域、およびテロメア領域を中心に、実験的に検証を行ったプローブでゲノム全体を包括的にカバーしています。

ゲノムのコピー数変化も、loss of heterozygosity（LOH）や片親性ダイソミー（UPD）も検出可能なCGH+SNP マイクロアレイもございます。 コピー数多型は表現型に与える影響が大きい知見があり、がんや染色体異常など疾患との関連など注目されています。 再生医療分野で継代による染色体の変化についても使用されており、専用に開発したC3チェックサービスがございます。

概要

1サンプルのクオリティチェック
2ゲノムDNAのラベル化
3aCGH実験
4データ解析
  1. サンプルのクオリティチェックを行います。
  2. サンプルの調整
    ＊ 分解のないDNAサンプルの場合
    制限酵素を用いてゲノムDNAを断片化します。Random PrimerとExo-Klenow Fragmentを用いて断片化したゲノムDNAの相補鎖を合成します。SureTag DNA Labeling Kitを用いてリファレンスサンプルとテストサンプルをそれぞれCy3,Cy5ラベル化します。
    ＊ FFPE由来DNAサンプルの場合
    熱変性によってゲノムDNAを断片化し、Universal Linkage System（ULSTM）を用いてコントロールとテストサンプルをそれぞれCy3,Cy5ラベル化します。
  3. スキャナーにより蛍光の検出を行い蛍光強度を数値化してコピー数変化を生じたゲノム領域の検出を行います。

データ解析

1生データ
2データの整形
3コピー数変化領域の検出
4変化部位のリスト化、作図、アノテーションの付加
競合ハイブリダイゼーションより得られたテスト/リファレンスのそれぞれの蛍光強度（Cyanine 5/Cyanine3 比、Log2 値）と、その染色体位置情報をもとに、解析を行います。（fig.1）
Agilent Genomic Workbench ソフトウェアを使用しデータの可視化、およびADM-2アルゴリズムによるコピー数変化を生じたゲノム領域の検出を行います。

変異領域およびその領域に含まれる遺伝子のリスト化や実験結果を公共のデータベース（UCSCゲノムブラウザ）にリンクできるファイルも作成します。お客様のもとでさらに詳細なデータ表示が可能です。

fig.1 CGHデータ解析

サンプルについて

二本鎖ゲノムDNA量（＊1） OD260/OD280 性状
ゲノムDNAサンプル 2μg以上 1.8～2.0 分解が進んでいないこと
FFPE由来DNAサンプル（＊2） 2μg以上 1.8～2.0

＊1 マイクロアレイフォーマットや比較組み合わせのご要望により必要な二本鎖ゲノムDNA量が異なります。
＊2 リファレンスサンプルをご用意ください。

・DNA はRNase 処理を行い、RNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
・生物種によりマイクロアレイフォーマットが異なります。 アジレント・テクノロジーホームページをご参照ください。
・その他サンプルに関する注意事項はサンプルの送付方法をご参照ください。

納品物

  • サンプルQC結果（品質検査結果）
    Genome DNA images（ゲル電気泳動波形画像）
    Sample Data（サンプル濃度情報）
  • アレイ実験生データ
    Raw Data（数値データ）
    QCreport（アレイ実験終了品質検査結果）
  • 解析結果
    正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析
    AberrationList（遺伝子数異常のリスト）
    GenomeView（染色体全体の画像図）（fig.3）
  • 解析書（アレイ実験・解析の説明書）
＊ クラウド経由での納品または記録媒体（CD/USB/HDD）

fig.2 染色体全体での重複/欠失（Genome Overview）

fig.3 全染色体の Gain/Loss イメージ図

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
アレイCGH解析 お問い合わせ サンプルのクオリティチェック（QC）通過後、2ヶ月程度（データ解析を含む場合は2.5ヶ月程度）

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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