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株式会社薬研社

ID: J00659
ID: J00659
DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所

miRNA-Seq・Small RNA-Seq

Small RNAの発現量比較やターゲット遺伝子予測などを行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > miRNA-Seq(miRNAシーケンス解析・small RNA発現解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

特長

  • Small RNAは、non-coding RNA(ncRNA)の一種です。遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA やスプライシングに関わるとされるsmall nuclear RNA (snRNA) などのSmall RNA を網羅的に解析します。
  • 遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA、および生殖細胞におけるトランスポゾン抑制に関わるpiRNA、およびmiRNAを含むSmall RNA の発現量比較や標的遺伝子予測などを行います。
  • 各種サンプルに対応しています。微量サンプルの解析に力を入れており、とくにエクソソーム由来Small RNAを用いた解析の実績が豊富です。
    ・細胞・組織由来の total RNA
    ・血清・血漿 由来 total RNA
    ・血中エクソソーム RNA
    ・血中 cfRNA
  • 解析対象に応じて下記のキットをご利用いただけます。
    ・miRNA-seq (miRNA、piRNA) QIAseq miRNA Library Kit(Qiagen社)
    * 分子バーコードUnique Molecular Indices(UMI)対応,br> ・Small RNA-seq (miRNA、 siRNA、 piRNA 、scRNA、snoRNA) SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina(Clontech社)

概要

1サンプルのクオリティチェック
2シーケンスライブラリー調製
3シーケンス
4データ解析
  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. miRNAまたはSmall RNAを対象としたシーケンスライブラリーを調製します。
    ライブラリー調製試薬
    QIAseq miRNA Library Kit(Qiagen社)
    SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina(Clontech社)
  3. 調製したシーケンスライブラリーはQC後、illumina社の次世代シーケンサー(NextSeq 500, NovaSeq 6000, Hiseq Xなど)でシーケンスします。
  4. シーケンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント(マッピング)後、発現量を定量化(正規化)し、アノテーション情報を含むExcel形式のファイルを作成します。デフォルトでは、TMMで定量化します。ご要望に応じて、 Small RNAの分類、発現変動遺伝子抽出、時系列解析、ターゲット遺伝子予測などの解析を実施します。

データ解析

miRNAの解析(ライブラリー調整キット:QIAseq miRNA Library Kit)fig.1
  1. リードの品質の評価を行います。
  2. QIAGEN社クラウドサーバー(GeneGlobe Data Analysis Center)により、シーケンスで得られたリードをリファレンスゲノムにアライメント(マッピング)後、分子バーコード(UMIs)によるPCR重複の除去を行い、リードカウントをします。
  3. small RNA組成の分類を行います。
  4. サンプル間のリードカウントを補正するために正規化(TMM等)を行います。
  5. 階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(6サンプル以上の場合)。
  6. ご指定の比較に沿って、変動するmiRNA等を抽出します。
  7. miRNAが標的とする遺伝子予測を行います。
  8. 予測された遺伝子リストについてGO解析で特徴的なGO Termを抽出します。
  9. 予測された結果をもとに得られた全遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。さらに予測された遺伝子を有意に多く含むPathwayを絞り込むことができます。
解析内容は統計解析(データ解析)のページをご参照ください。

Small RNAの解析(ライブラリー調整キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina)fig.2
  1. リードの品質の評価を行います。
  2. シーケンスで得られたリードをリファレンスゲノムにアライメント(マッピング)します。
  3. small RNA組成の分類を行います。
  4. サンプル間のリードカウントを補正するために正規化(TMM等)を行います。
  5. 階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(6サンプル以上の場合)。
  6. ご指定の比較に沿って、変動するmiRNAおよびSmall RNA等を抽出します。
  7. miRNAが標的とする遺伝子予測を行います。
  8. 予測された遺伝子リストについてGO解析で特徴的なGO Termを抽出します。
  9. 予測された結果をもとに得られた全遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。さらに予測された遺伝子を有意に多く含むPathwayを絞り込むことが出来ます。
解析内容は統計解析(データ解析)のページをご参照ください。

納品物

miRNAの解析(ライブラリー調整キット:QIAseq miRNA Library kit)
・original_fastq(FASTQ生データ)
・サンプルQC結果(品質検査結果)
・データQC結果(FastQC、MultiQC)
・データ解析結果(正規化、変動miRNA抽出、標的遺伝子予測、GO解析、Pathway解析)

Small RNAの解析(ライブラリー調整キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina)
・original_fastq(FASTQ生データ)
・Trimmed_fastq(トリミング済みFASTQ)
・Bam(アライメントデータ)
・サンプルQC結果(品質検査結果)
・データQC結果(FastQC、MultiQC)
・データ解析結果(正規化、変動miRNA抽出、変動Small RNA抽出、標的遺伝子予測、GO解析、Pathway解析)

* USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。

サンプルについて

RNA量 濃度 OD260/280 RIN値 送付液量
total RNA(microRNA含む) 1μg以上 100ng/μL以上 1.5以上 8以上 10μL以上
濃縮Small RNA 500ng以上 50ng/μL以上 1.5以上 - 10μL以上
エクソソーム
分画由来
total RNA
(miRNA含む)
1ng程度(*1) - - - 10μL以上
RNA抽出する
血清または血漿
400μL以上
エクソソーム分画 (*2) - - - (*2)
エクソソーム分離後
にRNA抽出をし、
miRNA-seqをする
血清・血漿・培養上清
- - - - 細胞培養上清:15mL以上
血清・血漿:2mL以上

*1 エクソソーム分画由来 total RNA は1ng からシーケンスライブラリー調製が可能ですが、
  全量で10ngを下回るサンプルはクオリティチェックが実施できません。ご注意ください。
*2 超遠心等で分画したエクソソーム分画の送付量については、予めご相談ください。

・RNA抽出の際はカラムを使用し、有機溶媒が混入しないようにしてください。
・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・採血の際に使用する抗凝固剤はEDTAをお使いください。
 ヘパリン使用の場合には、ヘパリナーゼ処理が必要になります。
・培養上清からエクソソームを分離して解析を行う場合、FBSにはウシ由来エクソソームが含まれているので
 FBSフリーで培養することをおすすめします。
 FBSフリーでの培養が困難な場合、ウシ胎児血清中のエクソソームを除去するキットのご利用をおすすめします。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
miRNA-Seq・Small RNA-Seq お問い合わせ サンプルのクオリティチェック(QC)通過後2ヶ月程度
(データ解析を含む場合は2.5ヶ月程度)

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。