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株式会社薬研社

ID: J00655
ID: J00655
DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所

DNAメチル化解析-メチル化パネル解析
(QIAGEN QIAseq Targeted Methyl Panels)

DNAメチル化部位をゲノムワイドに決定する上で強力なツールです。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【エピゲノムシーケンス】 > DNAメチル化解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

DNAメチル化解析

DNAメチル化解析は次世代シーケンスにおける主要なアプリケーションのひとつです。DNAのメチル化(シトシン5位のメチル化)は、哺乳類などにおいて遺伝子発現調節に深く関わる機構であり、ヒストン修飾と並んでエピジェネティクスという大きな研究分野となっています。

特長

  • Breast Cancer(89遺伝子)、Colorectal Cancer(63遺伝子)、Immuno Oncology(68遺伝子)のパネルをご用意。カスタムパネル作製も可能
  • FFPEサンプルや循環セルフリー DNA(ccfDNA) にも対応
  • 微量サンプル(10ng~)でも測定可能
  • 分子バーコードによる正確なメチル化解析
  • illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq)によるシーケンス
  • QIAGEN Gene Globe Data Analysis Center(データ解析クラウド)が無償で利用できます(ユーザー登録が必要)
QIAseq Targeted Methyl Human Breast Cancer Panel
ヒト肺がんに関連した89遺伝子におけるメチル化を解析
QIAseq Targeted Methyl Human Colorectal Cancer Panel
ヒト大腸がんに関連した63遺伝子におけるメチル化を解析
QIAseq Targeted Methyl Immuno-Oncology Panel
がん免疫に関連した68遺伝子におけるメチル化を解析

サービス概要

1サンプルのクオリティチェック(QC)
2DNAバイサルファイト変換
3ターゲット領域増幅&ライブラリー調製
4シーケンス
5データ解析(オプション)
  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. DNAのバイサルファイト変換を行います。バイサルファイト変換により、非メチル化シトシンはウラシル (PCR後チミン) に変換されますが、メチル化シトシンは変換されないため、メチル化を配列上の違いとして検出可能になります。

    バイサルファイト変換試薬
    EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits(QIAGEN)
  3. ターゲット領域の増幅とシーケンスライブラリーの調製を行います。
    結果・考察
    QIAseq Targeted Methyl Panel(QIAGEN社)
  4. illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq) によるシーケンス解析を行います。
  5. リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)と分子バーコード処理、メチル化率の算出を行います。

データ解析(fig.1


納品物

  • original_fastq(FASTQ生データ)
  • サンプルQC結果
  • データ解析結果
* USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。
* アライメントデータ(bamファイル)はクラウドでの解析上付属しません。

サンプルについて

DNAの種類 ゲノムDNA量 濃度 OD260/280 OD260/230 性状 液量
組織・細胞由来DNA 2ng 0.2ng/μL以上 1.5以上 1.0以上 分解やRNAのコンタミがないこと 10μL以上
FFPE由来DNA・ccfDNA 20ng 2ng/μL以上 1.5以上 1.0以上 RNAのコンタミがないこと 10μL以上

・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付ください。
・抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付ください。
・DNAはRNase処理を行い、RNAコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
・組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA / RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
DNAメチル化解析-メチル化パネル解析
(QIAGEN QIAseq Targeted Methyl Panels)
お問い合わせ サンプルQC通過後、約1.5ヶ月
(データ解析を含む場合は約2ヶ月)

別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます。
(正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します)


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。