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フィルジェン / フィルジェン ID: J00622

GeneChipTM Arrays 受託解析サービス ID: J00622

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World StandardなDNAマイクロアレイである、GeneChipTM Arraysを用いたサービス

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サービスについて

ClariomTM D Assay

  • non-coding RNAや選択的スプライシングによるスプライシングバリアント検出など、様々なアプリケーションに対応
  • 500Mリード以上のRNA-Seqに相当するハイパフォーマンスなマイクロアレイ
    • ［次世代型マイクロアレイClariom DTM の卓越した性能］

    Clariom DTM は、600万を超えるプローブが搭載されたアフィメトリクスによる次世代型超高密度マイクロアレイです。プローブは、コード転写産物だけでなく、非コード転写産物やエクソン間のスプライス接合部にもデザインされており、全転写産物アイソフォームのプロファイリングのほか、non-coding RNA（lncRNA）の解析などに用いることができます。
    Clariom Dは、遺伝子発現解析を超えたバイオマーカー探索のための最適なツールです。（fig.1）
    ＊ 全エクソン領域およびスプライシング接合部に設計されたプローブにより、スプライシングバリアントを正確かつ再現性よく解析できます。

    fig.1 ClariomTM Dのプローブデザイン
    ［マイクロアレイ解析か、RNA-Seqか？］
    次世代シークエンサー（NGS）を用いた発現解析（RNA-Seq）が様々な場面で活用される様になってきました。配列情報が得られるなどの利点がある一方で、RNA-Seqではリード数によって解析できる遺伝子数が大きく変わるため、注意が必要です。fig.2は、RNA-Seqとマイクロアレイによる発現解析を比較したものです。RNA-Seqは原理上、発現量の低い遺伝子では測定値が大きくばらつく傾向にあります。ばらつきを小さくするためには、リード数を増やす必要がありますが、解析コストは上昇してしまいます。マイクロアレイは、低発現から高発現まで精度よく解析することができます。多数の遺伝子発現解析を低コストかつ高速に行うには、マイクロアレイの方がはるかに適しているのです。（fig.2）
    ＊ RNA-Seqとマイクロアレイの測定精度の比較。RNA-Seq（青点）では、リード数が少なくなるにつれて低発現遺伝子のCV値が
    　 大きくなる傾向にあります。一方でマイクロアレイ（赤点）は、発現量の低い遺伝子も精度よく解析できることが示されています。

    fig.2 RNA-Seqとマイクロアレイの比較
    ［Long non-coding RNA(lncRNA)やスプライスバリアント解析に威力を発揮］

    一般的にLong non-coding RNA（lncRNA）の発現量は、非常に少ないため、RNA-Seqを用いて発現変動解析をするためには、数億以上のリード数が必要といわれています。（＊1）
    Clariom Dは、低発現の転写産物でも精度よく解析できるため、lncRNA研究を大幅に加速します。Clariom Dに搭載された超高密度プローブはスプライスバリアントの解析にも威力を発揮します。エクソン領域とスプライシング接合部位両方に設計されたプローブにより、選択的スプライシングによって生じるバリアント間の発現差を再現性良く解析できます。
    lncRNAやスプライスバリアントは、次世代のバイオマーカー候補として急速に注目を集めています。Clariom Dを効果的に用いてバイオマーカー探索を加速させましょう。
    ＊1 Hou, R., et al. Impact of the next-generation sequencing data depth on various biological result inferences. Science China Life Sciences 56(2):104-109(2013).

    ［納品物］

    • 解析ありの場合
      ・Microarray Data Analysis Tool（遺伝子レベルのみ対応）
      ・CELファイル（Rawデータ）
      ・CHPファイル（EC Softwareの解析データで、遺伝子レベルとエクソンレベルの2種類）
      ・Fold Changeデータ（2倍以上）
      ・RNAのQCチェックデータ（BioAnalyzerデータ）
    • 解析なしの場合
      ・CELファイル（Rawデータ）
      ・RNAのQCチェックデータ（BioAnalyzerデータ）
    ［詳細な解析］

    サーモフィッシャーサイエンティフィック（Affymetrix）から無償提供されている「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software」をお客様のPCにダウンロードして頂き、お客様ご自身で解析していただくことができます。

    ClariomTM S Assay

    • アノテーションされた代表的な約2万遺伝子の迅速な発現解析が可能
    • 発現解析だけに的を絞ったプローブ設計により、リーズナブルなアッセイが可能
    ClariomTM S Assayは、遺伝子レベルでのトランスクリプトームビューを提供する、ヒト・マウスおよびラット試験用の次世代全トランスクリプトーム遺伝子レベル発現プロファイリングツールです。ClariomTM S Assayは、アクショナブルな結果への最も簡便かつ最もスケーラブルな最速パスを提供します。新規のClariomTM S Assayデザインは、業界をリードするAffymetrixのマイクロアレイ技術を基に、アノテーションが十分な既知遺伝子を広範にカバーし、各種臨床検体やスケーラブルなフォーマットおよびフレキシブルなデータ解析用ソフトウェアを用いた研究を可能にしました。ClariomTM S Assayは、機能が明らかな発現バイオマーカーをできるだけ迅速に簡単に低コストで見つけるための最適なツールです。

    ［答えをみつけて次に進みましょう］

    既知の転写遺伝子の数は、近年急速に増加していますが、各遺伝子の機能に関する知識はいまだに進化し続けています。データベース内の多くの遺伝子および転写産物は、アノテーションが不十分又は全くないため、データ解析及び解釈が複雑になり、時間がかかります。Clariom S Assayは、アノテーションが十分な遺伝子に注目し、遺伝子レベルでの発現プロファイリング研究及び主要遺伝子・経路の変化の迅速な評価を可能にします。データ解析に要する時間を短縮するClariom S Assayで、研究の結論がより迅速に得られます。

    ［簡便で迅速なバイオマーカーの探索］

    アノテーションが十分な遺伝子20,000個以上から遺伝子レベルでの発現を正確に測定することにより、迅速に答えが得られます。

    ［納品物］
    • 解析ありの場合
      ・Microarray Data Analysis Tool
      ・CELファイル（Rawデータ）
      ・CHPファイル（EC Softwareの解析データ）
      ・Fold Changeデータ（2倍以上）
      ・RNAのQCチェックデータ（BioAnalyzerデータ）
    • 解析なしの場合
      ・CELファイル（Rawデータ）
      ・RNAのQCチェックデータ（BioAnalyzerデータ）

    Exon ST Array

    転写産物全領域において、各Exonごとに特異的なプローブを4つデザイン（平均40プローブ）。1遺伝子あたり約40個のプローブを備えており、遺伝子発現と選択的スプライシングという2つの相補的なレベルの解析が可能です。1つのエクソンに複数のプローブが対応しているため、「エクソンレベル」の解析が可能であり、1つの遺伝子の異なるアイソフォームを区別できます。この様な全ゲノム規模のエクソンレベル解析は、疾患のメカニズムや病因に中心的な役割を果たしている可能性のある、エクソンの特異的な変化の検出を可能とします。もう1つの「遺伝子レベル」での解析では、異なるエクソンにある複数のプローブのデータを、同一の遺伝子に由来するすべての転写産物の発現値にまとめます。エクソンアレイは、実験的な証拠のある転写配列や予測される転写配列など、ゲノムを最も包括的にカバーしたアレイで、これまで同定されていない新規転写産物の発見を可能にします。

    Gene ST Array

    転写産物全領域に渡って特異的なプローブを複数デザイン（平均21～27プローブ）。デザインは全て最新のゲノムコンテンツに基づいており、タンパク質をコードするRNAと遺伝子間の長い非コードRNA（lincRNA）の両方の転写産物を測定するためのプローブを含んでいます。mRNAの完全な発現プロファイルだけでなく、mRNA発現プロファイルに影響を与える中間lincRNAの完全な発現プロファイルも提供します。市販されている他の従来の3’バイアスのマイクロアレイソリューションよりも、高い解像度と精度を実現しています。全転写産物発現解析の場合、複数の転写産物のアイソフォームの検出が可能となります。こうしたアイソフォームには、スプライスバリアント、ポリアデニル化されない転写産物、選択的ポリアデニル化部位を有する転写産物、切断された転写産物など、3’バイアスマイクロアレイでは見落とされるかもしれないものも含まれます。Exon ST Arrayのプローブの一部を利用しており、十分なアノテーションを持ったコンテンツのみをカバーしています。

    3’IVT Array

    3’末端側より600ntの範囲で特異的なプローブを複数デザイン（9～16プローブ）。過去から幅広く使用されているため、論文数や公共データベース情報等が豊富です。

    ご注文に関して

    お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

    参考価格・納期

    ClariomTM D Assay
    アレイの種類
    (リンク先：サーモフィッシャー該当ページ）    		 サンプル数 価格（税抜）
    ＊ アレイ・試薬を含む    		 Cat.#
    ClariomTM D Assay, Human 2サンプル以上 ￥95,000 F-902922-サンプル数
    ClariomTM D Assay, Human＊解析なし ￥90,000 F-902922-N--サンプル数
    ClariomTM D Assay, Mouse ￥95,000 F-902511-サンプル数
    ClariomTM D Assay, Mouse＊解析なし ￥90,000 F-902511-N--サンプル数
    ClariomTM D Assay, Rat ￥95,000 F-902631-サンプル数
    ClariomTM D Assay, Rat＊解析なし ￥90,000 F-902631-N--サンプル数


    ClariomTM S Assay
    アレイの種類
    (リンク先：サーモフィッシャー該当ページ）    		 サンプル数 価格（税抜）
    ＊ アレイ・試薬を含む    		 Cat.#
    ClariomTM S Assay, Human 2サンプル以上 ￥60,000 F-902926-サンプル数
    ClariomTM S Assay, Human＊解析なし ￥58,000 F-902926-N--サンプル数
    ClariomTM S Assay, Mouse ￥60,000 F-902930-サンプル数
    ClariomTM S Assay, Mouse＊解析なし ￥58,000 F-902930-N--サンプル数
    ClariomTM S Assay, Rat ￥60,000 F-902934-サンプル数
    ClariomTM S Assay, Rat＊解析なし ￥58,000 F-902934-N--サンプル数


    Exon ST Array
    アレイの種類
    (リンク先：サーモフィッシャー該当ページ）    		 Cat.# 価格（税抜）
    ＊ アレイ・試薬を含む
    2サンプル以上 4サンプル以上 8サンプル以上 30サンプル以上
    GeneChipTM Human Exon 1.0 ST Array F-900649-サンプル数 ￥230,000 ￥210,000 ￥190,000 ￥170,000
    GeneChipTM Mouse Exon 1.0 ST Array F-900817-サンプル数 ￥230,000 ￥210,000 ￥190,000 ￥170,000
    GeneChipTM Rat Exon 1.0 ST Array F-900820-サンプル数 ￥220,000 ￥200,000 ￥180,000 ￥160,000


    Gene ST Array 　　　　　　　 　　　　　　　
    アレイの種類
    (リンク先：Affymetrix社該当ページ）    		 Cat.# 価格（税抜）
    ＊ アレイ・試薬を含む
    2サンプル以上 4サンプル以上 8サンプル以上 30サンプル以上
    GeneChipTM Human Gene 2.0 ST Array
    ヒト    		 F-902112-サンプル数 ￥86,000 ￥86,000 ￥86,000 ￥86,000
    GeneChipTM Mouse Gene 2.0 ST Array
    マウス    		 F-902118-サンプル数 ￥86,000 ￥86,000 ￥86,000 ￥86,000
    GeneChipTM Rat Gene 2.0 ST Array
    ラット    		 F-902124-サンプル数￥120,000 ￥110,000 ￥100,000 ￥90,000
    GeneChipTM CHO Gene 2.0 ST Array
    チャイニーズハムスター    		 F-902130-サンプル数- ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Arabidopsis Gene 1.0 ST Array
    シロイヌナズナ    		 F-901916-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Bovine Gene 1.0 ST Array
    ウシ    		 F-901921-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Canine Gene 1.0 ST Array
    イヌ    		 F-901926-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM C.elegans Gene 1.0 ST Array
    線虫    		 F-902160-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Chicken Gene 1.0 ST Array
    ニワトリ    		 F-901931-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Cynomolgus Gene 1.0 ST Array
    カニクイザル    		 F-901937-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Cynomolgus+Rhesus Gene 1.0 ST Array
    カニクイザル＋アカゲザル    		 F-901942-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Drosophila Gene 1.0 ST Array
    ショウジョウバエ    		 F-902155-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Equine Gene 1.0 ST Array
    ウマ    		 F-901947-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Feline Gene 1.0 ST Array
    ネコ科    		 F-901952-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Guinea Pig Gene 1.0 ST Array
    モルモット    		 F-902243-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Marmoset Gene 1.0 ST Array
    マーモセット    		 F-901962-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Medicago Gene 1.0 ST Array
    タルウマゴヤシ / ムラサキウマゴヤシ    		 F-901967-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Ovine Gene 1.0 ST Array
    ヒツジ    		 F-901972-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Porcine Gene 1.0 ST Array
    ブタ    		 F-901977-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Rabbit Gene 1.0 ST Array
    ウサギ    		 F-902238 -サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Rhesus Gene 1.0 ST Array
    アカゲザル    		 F-901987-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Rice(US) Gene 1.0 ST Array
    イネ（US）    		 F-901992-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Rice(JP) Gene 1.0 ST Array
    イネ（JP）    		 F-901997-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Rice(Cn) Gene 1.0 ST Array
    イネ（Cn）    		 F-901982-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Soybean Gene 1.0 ST Array
    ダイズ    		 F-902002-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Zebra Finch Gene 1.0 ST Array
    キンカチョウ    		 F-901957-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000
    GeneChipTM Zebrafish Gene 1.0 ST Array
    ゼブラフィッシュ    		 F-902007-サンプル数 - ￥160,000 ￥140,000 ￥100,000


    3’IVT Array
    アレイの種類
    (リンク先：Affymetrix社該当ページ）    		 Cat.# 受注受付 価格（税抜） / サンプル
    ＊アレイ・試薬含む
    GeneChipTM Human Genome U133 Plus 2.0 Array
    ヒト    		 F-900470
    -サンプル数    		 6サンプル以上 ￥150,000
    GeneChipTM PrimeViewTM Human
    Gene Expression Array
    ヒト    		 F-901837
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Mouse Genome 430 2.0 Array
    マウス    		 F-900495
    -サンプル数    		 6サンプル以上 ￥150,000
    GeneChipTM Rat Genome 230 2.0 Array
    ラット    		 F-900505
    -サンプル数    		 6サンプル以上 ￥150,000
    GeneChipTM Arabidopsis ATH1 Genome Array
    シロイヌナズナ    		 F-900385
    -サンプル数    		 5サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Canine Genome 2.0 Array
    イヌ    		 F-900725
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM C.elegans Genome Array
    線虫    		 F-900383
    -サンプル数    		 5サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Chicken Genome Array
    ニワトリ    		 F-900590
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Citrus Genome Array
    シトラス    		 F-900731
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Cotton Genome Array
    コットン    		 F-901000
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Drosophila Genome 2.0 Array
    ショウジョウバエ    		 F-900531
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM E.coli Genome 2.0 Array
    大腸菌    		 F-900550
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Maize Genome Array
    トウモロコシ    		 F-900614
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM P.aeruginosa Genome Array
    緑膿菌    		 F-900339
    -サンプル数    		 5サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Plasmodium/Anopheles
    Genome Array
    マラリア原虫    		 F-900511
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Porcine Genome Array
    ブタ    		 F-900623
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Rhesus Macaque Genome Array
    アカゲザル    		 F-900655
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Rice Genome Array
    イネ    		 F-900599
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Soybean Genome Array
    ダイズ    		 F-900525
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Tomato Genome Array
    トマト    		 F-900737
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Vitis vinfera (Grape) Genome Array
    ブドウ    		 F-900509
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Wheat Genome Array
    コムギ    		 F-900558
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Xenopus laevis 2.0 Genome Array
    アフリカツメガエル    		 F-901214
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Yeast Genome 2.0 Array
    酵母    		 F-900553
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM Zebrafish Genome Array
    ゼブラフィッシュ    		 F-900487
    -サンプル数    		 5サンプル以上 お問い合わせ
    GeneChipTM S.aureus Genome Array
    黄色ブドウ球菌    		 F-900514
    -サンプル数    		 6サンプル以上 お問い合わせ
    オプション サンプル数 価格（税抜） Cat.#
    真核生物由来の微量RNAからの増幅作業
    （Total RNAの場合）
    （GeneChipTM WT Pico Reagent Kitを使用）    		 2～3サンプル ￥50,000 F-ASTWTP-サンプル数
    4～7サンプル ￥40,000
    8サンプル以上 ￥30,000
    真核生物由来の微量RNAからの増幅作業
    （FFPE由来 Total RNAの場合）
    （GeneChipTM WT Pico Reagent Kitを使用）    		 2～3サンプル ￥50,000 F-ASTWTPF-サンプル数
    4～7サンプル ￥40,000
    8サンプル以上 ￥30,000
    total RNA抽出作業 「DNA・RNA抽出受託サービス」のページをご参照ください。

    ＊ 上記価格は、「サンプル数-1」分の比較データ作成が含まれております。
    　 追加比較データ作成は、「マイクロアレイ比較データ作成サービス：￥15,000/1比較（Cat.#F-DR）（税抜）」の追加申し込みが必要となります。

    関連サイト

    • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
    • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
    • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
    • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
    • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
    • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
    • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
    • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
    • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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