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DNA Link / フィルジェン ID: J00613

Affymetrix® Axiom® Array 受託解析サービス ID: J00613

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ゲノムワイド関連解析（GWAS）など、多検体のSNPタイピングに適しています

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サービスについて

概要

本サービスで使用するAxiom® Genotyping Solutionは、検証済みのSNPで構成されるAxiom® Genomic Databaseからコンテンツを選択した、レディーメイド又はカスタムメイドのアレイプレート、専用の試薬キット、データ解析ツール及びGeneTitan® Multi-Channel（MC）Instrumentを利用して完全に自動化されたワークフローで構成されています。

特長

  • Affymetrix® 社のAxiom® Arrayを多数用意し、ヒト以外にも複数の動植物に対応
  • 大規模受託解析プロバイダーであるDNA Link 社による、ハイコストパフォーマンス解析サービス
  • 高品質かつ正確なデータを短納期で提供
  • アレイのラインナップ

    Axiom® Genome-Wide Human Array
    Axiom® Genome-Wide Exsome 319 Array Plate 非同義SNPと同義SNP、ならびにスプライシングと停止コドンのバリアントを含めた30万を超えるコーディングSNPを搭載。1,000ゲノムプロジェクトPhaseⅠのドラフトエクソームコールから得られた約3万のSNPとインデルを搭載。疾患関連の機能性バリアントをスクリーニングするための最適なアレイ。
    Axiom® Genome-Wide Human Origins 1 Array Plate 11種の現代のヒト集団および初期のヒト科生物の62.9万個のSNPを搭載。ヒトや人種分布の起源・進化研究用にHarvard Medical School Dept of GeneticsのDr. David Reichと共同で開発されたアレイ。
    Axiom® Genome-Wide CEU 1 Array Plate ヨーロッパ人集団にみられる頻度の低い変異（MAF＞1％）のカバー率を最大化したGWAS用アレイプレート。
    Axiom® Genome-Wide ASI 1 Array Plate 東アジア人（JPTおよびCHB）のゲノムの共通配列にみられる頻度の低いアレル（MAF＞1%）のゲノムカバー率を最大化したGWAS用アレイプレート。
    Axiom® Genome-Wide CHB 1 Array Plate 漢民族系中国人のゲノムに見られる頻度の高い変異（MAF＞5%）の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート。
    Axiom® Genome-Wide CHB 2 Array Plate 漢民族系中国人のゲノムに見られる頻度の高い変異（MAF 2～5%）の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート。
    Axiom® Genome-Wide EUR 1 Array Plate（World Array1） 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。北ヨーロッパ人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
    Axiom® Genome-Wide EAS 1 Array Plate(World Array2) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。ヨーロッパ人種と東アジア人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
    Axiom® Genome-Wide AFR 1 Array Plate（World Array3） 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。アフリカ系アメリカ人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
    Axiom® Genome-Wide LAT 1 Array Plate（World Array4） 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。西アフリカ、ヨーロッパ、アメリカ先住民人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
    Axiom® Genome-Wide PanAFR Array Plate ヨルバ族（西アフリカ人）のゲノムに見られる共通および頻度の低い変異（MAF＞2％）の遺伝的カバレージが≥90％、ルイヤ族とマサイ族（東アフリカ人）のゲノムに見られる共通および頻度の低い変異（MAF＞2％）の遺伝的カバレージが＞85％である、全アフリカ人のゲノムカバレージを提供する最初のアレイ。
    CarrierScanTM Assay 600の疾患に関する600遺伝子における6,000以上の構造および配列変異を評価。
    PharmacoScanTM 遺伝的変異が薬剤のADMEにどのような影響を与えるかを調べる理想的なプラットフォーム。単一のアッセイで約1,200個の遺伝子内の4,627個のhigh-evidenceからlow-evidenceのマーカーまで、正確かつ再現性よく解析。
    Axiom® Precision Medicine Research Array（PMRA） アフリカ、アメリカ、東アジア、ヨーロッパ、南アジアの先住民での遺伝的カバレージを最大化するようにマーカーを選択。GWAS用マーカーに加え、Loss of function SNP, Pharmacogenomics, eQTLマーカーなどを搭載。
    Axiom® Biobank Genotyping Array
    Axiom® Biobank Genotyping Array バイオバンクサンプルなど、大規模なコホート研究に適するようにデザインされ、低コストな解析を可能にしたアレイプレート。GWAS用マーカー、Exomeマーカーに加え、Loss of function SNP, Pharmacogenomics, eQTLマーカーなどを搭載。
    UK Biobank Axiom® Array UK Biobankで採用されたアレイ。約82万のマーカーを搭載。
    Axiom® Transplant Genotyping Array 移植に関する研究用に、マーカーをセレクト。iGeneTRAiN Array Design Groupによってデザインされ、SNP、コピー数変異、indelマーカーを計782,000搭載。
    Axiom® miRNA Target Site Genotyping Array
    Axiom® miRNA Target Site Genotyping Array miRNAのターゲットサイトのジェノタイピングが可能な唯一の市販アレイ。miRNAプロモーター、miRNAシードサイト、miRNAターゲットバインディングサイトなどにある、既知および予測されるSNPやインデルマーカーを搭載。

サービス内容

ご送付頂いたDNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）からAxiom Arrayのアッセイ・スキャニングまで実施いたします。これらの作業は、フィルジェン社海外提携先 DNA Link 社のラボにて実施されます。

    【作業内容】
  1. サンプルQCチェック
  2. Axiom Arrayのアッセイ
  3. スキャニング
    （サンプルQCチェックについて）
    QC結果が良好な場合、作業は継続されますが、そうでない場合、解析の進め方について、ご連絡させて頂きます。通常、以下の中からご選択いただきます。
  • 追加の精製・濃縮を行う。（本作業で問題の解決が見込まれる場合）：別途作業費用を請求させていただきます。
  • 代替サンプルをお送り頂く：別途海外提携先へのサンプル輸送費が必要となります。
  • お客様の同意のうえ、作業を継続します：結果如何によらず、通常料金を請求させていただきます。

納品物

  • Raw date（CEL file）
    • ＊ CD-R等の記録メディアにて納品いたします。
    ＊ プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。

サンプルについて

サンプル輸送温度ご送付サンプル量
量濃度（*1）液量
ゲノムDNA 冷凍状態で保存されている場合：
-80℃（ドライアイス詰めで冷凍便）		 500ng以上 100ng/μL以上 50μL以上
4℃で保存されている場合：
アイスパックと共に冷蔵便
    *1 Picogreen、Qubitなど、蛍光ベースの装置で測定してください。
  • DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。）
  • DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
    長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
Affymetrix® Axiom® Array 受託解析サービス お問い合わせ サンプル受領およびアレイ・試薬入荷後から、5～6週間程度

＊ 海外提携先に、アレイ在庫がない場合は、アレイの入荷に別途3週間～1ヶ月程度かかる場合があります。
＊ 年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと予めご了承ください。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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