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Novogene / フィルジェン ID: J00602

ChIP-Seq 受託解析サービス ID: J00602

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ヒストン修飾、転写因子およびその他のDNA結合タンパク質の標的DNAについて、ゲノムワイドなプロファイリングが可能

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サービスについて

概要

ChIP-Seqは、ヒストン修飾、転写因子及びその他のDNA関連タンパク質のゲノムワイドなプロファイリングを行います。
ChIP-Seqは、特定のタンパク質‐DNA複合体を回収するクロマチン免疫沈降（ChIP）の選択制と、それにより回収されたDNAの次世代シークエンス技術によるハイスループットなシークエンシング能力を兼ね備えています。ChIP-Seqにおいて、エンリッチされたDNA領域（タンパク質結合部位）は、バックグラウンドリードよりも高いピークとして検出されます。これらの領域のバイオインフォマティクス解析により、結合モチーフを明らかにします。

特長

  • クロマチン免疫沈降法と次世代シークエンス技術を組み合わせたタンパク質結合部位のゲノムワイドなプロファイリング
  • バイオインフォマティクス解析も対応（有償オプション）

サービス内容

ご送付いただいたChIPサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析も対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ又はフィルジェン社の提供するデータマイニングサービスからお選びいただけます。

【シークエンスプラットフォーム】（fig.1）
illumina HiSeq6000, PE150

【シークエンス量】
6Gb,12Gb raw data/sample
PE150の場合は、1Gb raw data/サンプル でご指定頂けます。
＊QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
＊保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98％となります。
＊シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。

【作業内容】
  1. サンプルQCチェック
  2. ライブラリー作製
  3. シークエンス作業
  4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション）

【バイオインフォマティクス解析】
＜解析パッケージ＞（fig.2）
マッピング、ピーク検出、アノテーション等の解析をまとめたパッケージをご用意しております。

fig.1 illumina HiSeq6000

fig.2 解析パッケージ
データ解析例

・MEME detection Motif calculation（fig.3）
・MEME Motif annotation（fig.4）
・Distribution of peaks in functional region（fig.5）

fig.3 データ解析例：MEME detection Motif calculation

fig.4 データ解析例：MEME Motif annotation

fig.5 データ解析例：Distribution of peaks in functional region
＜データマイニングサービス（次世代シークエンシングデータ解析サービス）＞
「次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。

納品物

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合）
  • プロジェクトレポート
＊ USB等の記録メディアにて納品いたします。
＊ プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。

必要サンプル量

サンプルタイプ Amount（Qubit®） 液量 濃度 純度（NanoDropTM）
推奨量 最小量
ChIP-Seq DNA ≧100ng ≧50ng ≧10μL ≧5ng/μL O.D.260/280： 1.8～2.0
Main peak of 100bp～500bp
no degradation or RNA contamination
  1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
    ＊ 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  2. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。）
  3. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferにて保存してください。
    ＊ 長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
  4. キャリアを入れて、エタノール沈殿する場合、Salmon sperm DNAなどDNAベースのキャリアを使うことは避けてください。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    ＊ UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス名 数量 価格（税抜） Cat.# 納期
ChIP-Seq 受託解析サービス（6Gb raw reads/sample） 1サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP6-（サンプル数） 約1.5ヶ月
（バイオインフォマティクス解析付き：約2～2.5ヶ月間）
ChIP-Seq 受託解析サービス（12Gb raw reads/sample） F-Novo-ChIP12-（サンプル数）
ChIP-Seq 受託解析サービス（6Gb raw reads/sample）
バイオインフォマティクス解析付		 F-Novo-ChIP6D-（サンプル数）
ChIP-Seq 受託解析サービス（12Gb raw reads/sample）
バイオインフォマティクス解析付		 F-Novo-ChIP12D-（サンプル数）

海外へのサンプル輸送費用およびHDD/USB費用が別途必要です。
＊ Input DNAもサンプル数にカウントされます。
（例： IP DNA及びInput DNAが各1サンプルある場合、合計2サンプルとなります。）
＊バイオインフォマティクス解析をご依頼の場合、IP DNAとInput DNAをペアでご提出いただく必要があります。
＊ 納期は、QCチェック合格後の日数です。
＊ 年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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