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Novogene / フィルジェン ID: J00594

全ゲノムバイサルファイトシークエンス受託解析サービス ID: J00594

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網羅的かつ詳細にメチル化を把握可能

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サービスについて

概要

DNAのメチル化は、細胞の増殖および分化において、遺伝子発現の制御に重要な役割を果たし、癌、神経変性疾患および神経疾患など、多くの疾患の発症に関与しています。
ヒト全ゲノムメチル化受託解析サービスでは、バイサルファイト処理したゲノムDNA全体を次世代シークエンシングすることで、網羅的かつ詳細にメチル化を把握することができます。

サービス内容

  • サービス仕様
    ご送付頂いたgDNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）からシークエンシングまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析（提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ）もご用意しています。
    シークエンスプラットフォーム illumina NovaSeq6000 / Hiseq X ten, PE150
    シークエンス量
    • ヒト： 90Gb raw data/sample
      ＊*シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。
    • ヒト以外の動植物： 1サンプルあたり1Gb単位でご指定頂けます。
      ＊QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
      ＊保証量は、お申込み頂いたシークエンス量の98％となります。
    作業内容
    1. サンプルQCチェック
    2. mRNA濃縮
    3. ライブラリー作製
    4. バイサルファイト処理
    5. シークエンス作製
    6. バイオインフォマティクス解析（有償オプション）
  • ライブラリー作製（fig.1）

    • fig.1 ライブラリー作製
  • データ解析パイプライン（fig.2）

    • fig.2 データ解析パイプライン
  • 標準データ解析例（fig.3）

    fig.3 標準データ解析例
    標準データ解析レポート（HTML形式のレポート）には、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、アライメント結果、メチル化シトシンの同定、メチル化レベル、DMR解析などの結果がまとめられています。

必要サンプル量

サンプルタイプ Amount（Qubit） 液量 濃度 純度
（NanoDropTM ゲノムDNA / Agarose Gel）
ゲノムDNA ≧3μg ≧20μL ≧20ng/μL 0＜O.D.260/230＜3, no degradation, no contamination
  • 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
    ＊ 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  • RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
  • DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。）
  • ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
    ＊ 長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
  • UVスペクトルベースの濃度測定法では、DNA濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    ＊ UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
  • サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  • サンプルの最終的な品質は、フィルジェン社業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。

    • 納品データ

    ・サンプルQCレポート
    ・FASTQ形式のシークエンスデータ
    ・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
    ・プロジェクトレポート

    ＊USB等の記録メディアにて納品いたします。
    ＊プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。

    ご注文に関して

    お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

    参考価格・納期

    サービス項目 数量 価格（税抜） 納期
    ヒト全ゲノムバイサルファイトシークエンス
    受託解析サービス（90Gb)     		1サンプル以上 お問い合わせ 約1.5ヶ月
    ヒト全ゲノムバイサルファイトシークエンス
    受託解析サービス（90Gb)
    バイオインフォマティクス解析付     		約2～2.5ヶ月
    動植物全ゲノムバイサルファイトシークエンス
    受託解析サービス    		 約1.5ヶ月
    動植物全ゲノムバイサルファイトシークエンス
    受託解析サービス
    バイオインフォマティクス解析付    		 約2～2.5ヶ月

    ＊海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。
    ＊納期は、QCチェック合格後となります。
    ＊年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。

    関連サイト

    • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
    • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
    • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
    • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
    • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
    • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
    • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
    • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
    • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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