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株式会社薬研社

ID: J00304
ID: J00304
フナコシ / DNAチップ研究所

miRNA-Seq / Small RNA-Seq解析受託サービス(ヒト/マウス)

遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA、および生殖細胞におけるトランスポゾン抑制に関わるpiRNA、およびmiRNAを含むSmall RNAの発現量比較や標的遺伝子予測などを行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > miRNA-Seq(miRNAシーケンス解析・small RNA発現解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング
遺伝子工学 > バイオインフォマティクス > バイオインフォマティクス

サービスについて

概要

遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA、および生殖細胞におけるトランスポゾン抑制に関わるpiRNA、およびmiRNAを含むSmall RNAの発現量比較や標的遺伝子予測などを行う受託サービスです。
Small RNAは、non-coding RNA(ncRNA)の一種です。遺伝子発現に大きく影響を与えることが知られているmiRNA やスプライシングに関わるとされるsmall nuclear RNA (snRNA) などのSmall RNAを網羅的に解析します。

特長

各種試料に対応しています。微量試料の解析に力を入れており、特にエクソソーム由来Small RNAを用いた解析の実績が豊富です。
  • 細胞・組織由来のtotal RNA
  • 血清・血漿 由来total RNA
  • 血中エクソソームRNA
  • 血中cfRNA

解析対象に応じて下記のキットをご利用いただけます。
  • miRNA-seq (miRNA、piRNA) QIAseq miRNA Library Kit(Qiagen社)
    *分子バーコードUnique Molecular Indices(UMI)対応
  • Small RNA-seq(miRNA、siRNA、piRNA、scRNA、snoRNA)SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina(Clontech社)

解析の流れ

  1. 試料のクオリティチェック(QC)を行います。
  2. miRNAまたはSmall RNAを対象としたシークエンスライブラリーを調製します。
  3.  *ライブラリー調製試薬
      QIAseq miRNA Library Kit(Qiagen社)
      SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina(Clontech社)
  4. 調製したシークエンスライブラリーはQC後、illumina社の次世代シークエンサー(NextSeq 500、NovaSeq 6000、Hiseq Xなど)でシークエンスします。
  5. シークエンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント(マッピング)後、発現量を定量化(正規化)し、アノテーション情報を含むExcel形式のファイルを作成します。デフォルトでは、TMMで定量化します。ご要望に応じて、Small RNAの分類、発現変動遺伝子抽出、時系列解析、ターゲット遺伝子予測などの解析を実施します。

データ解析

miRNAの解析( ライブラリー調整キット:QIAseq miRNA Library Kit )

  1. リードの品質の評価を行います。
  2. QIAGEN社クラウドサーバー(GeneGlobe Data Analysis Center)により、シークエンスで得られたリードをリファレンスゲノムにアライメント(マッピング)後、分子バーコード(UMIs)によるPCR重複の除去を行い、リードカウントをします。
  3. small RNA組成の分類を行います。
  4. 試料間のリードカウントを補正するために正規化(TMM等)を行います。
  5. 階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(6試料以上の場合)。
  6. ご指定の比較に沿って,変動するmiRNA等を抽出します。
  7. miRNAが標的とする遺伝子予測を行います。
  8. 予測された遺伝子リストについてGO解析で特徴的なGO Termを抽出します。
  9. 予測された結果をもとに得られた全遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。さらに予測された遺伝子を有意に多く含むPathwayを絞り込むことができます。
* 解析内容は統計解析(データ解析)のページをご参照下さい。

Small RNAの解析( ライブラリー調整キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina)

  1. リードの品質の評価を行います。
  2. シークエンスで得られたリードをリファレンスゲノムにアライメント(マッピング)します。
  3. small RNA組成の分類を行います。
  4. 試料間のリードカウントを補正するために正規化(TMM等)を行います。
  5. 階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(6試料以上の場合)。
  6. ご指定の比較に沿って、変動するmiRNAおよびSmall RNA等を抽出します。
  7. miRNAが標的とする遺伝子予測を行います。
  8. 予測された遺伝子リストについてGO解析で特徴的なGO Termを抽出します。
  9. 予測された結果をもとに得られた全遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。さらに予測された遺伝子を有意に多く含むPathwayを絞り込むことが出来ます。
* 解析内容は統計解析(データ解析)のページをご参照下さい。

納品物例

fig.1)(fig.2)(fig.3
miRNAの解析( ライブラリー調整キット:QIAseq miRNA Library Kit )
  • original_fastq(FASTQ生データ)
  • 試料QC結果(品質検査結果)
  • データQC結果(FastQC,MultiQC)
  • データ解析結果(正規化,変動miRNA抽出,標的遺伝子予測,GO解析,Pathway解析)

Small RNAの解析( ライブラリー調整キット:SMARTer smRNA-Seq Kit for illumina)
  • original_fastq(FASTQ生データ)
  • Trimmed_fastq(トリミング済みFASTQ)
  • Bam(アライメントデータ)
  • サンプルQC結果(品質検査結果)
  • データQC結果(FastQC,MultiQC)
  • データ解析結果(正規化、変動miRNA抽出、変動Small RNA抽出、標的遺伝子予測、GO解析、Pathway解析)
* USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。

必要試料量について

RNA量 濃度 OD260/280 RIN値 送付液量
total RNA
(microRNA含む)
1μg以上 100ng/μL以上 1.5以上 8以上 10μL以上
濃縮Small RNA 500ng以上 50ng/μL以上 1.5以上 10μL以上
エクソソーム分画由来
total RNA(miRNA含む)
1ng程度 (*1) 10μL以上
RNA抽出する血清または血漿 400μL以上
エクソソーム分画 (*2) (*2)
エクソソーム分離後にRNA抽出をし
miRNA-seqをする
血清・血漿・培養上清
細胞培養上清:15mL以上
血清・血漿:2mL以上

*1 エクソソーム分画由来total RNAは1ngからシークエンスライブラリー調製が可能ですが、全量で10ngを下回る試料はクオリティチェックが実施できません。
  ご注意下さい。
*2 超遠心等で分画したエクソソーム分画の送付量については、あらかじめご相談下さい。

* RNA抽出の際はカラムを使用し、有機溶媒が混入しないようにして下さい。
* 試料量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが、必ずあらかじめご相談下さい
* 採血の際に使用する抗凝固剤はEDTAをお使い下さい。ヘパリン使用の場合には、ヘパリナーゼ処理が必要になります。
* 培養上清からエクソソームを分離して解析を行う場合、FBSにはウシ由来エクソソームが含まれているのでFBSフリーで培養することをおすすめします。
  FBSフリーでの培養が困難な場合、ウシ胎児血清中のエクソソームを除去するキットのご利用をおすすめします。
*送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。


ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
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※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。