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株式会社薬研社

ID: J00302
ID: J00302
フナコシ / DNAチップ研究所

エクソーム解析受託サービス

エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異(SNV(SNP)/InDel) を検出するエクソーム受託解析を行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
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遺伝子工学 > バイオインフォマティクス > バイオインフォマティクス

サービスについて

概要

エクソン領域のみを濃縮して解析することにより、効率的にエクソン上の変異 (SNV(SNP)/InDel)を検出するエクソーム受託解析を行います。既知の変異だけではなく、未知の変異についても同定することができ、希少疾患の原因遺伝子同定に威力を発揮します。

特長

  • 品質を問わず10 ng以上のDNAからライブラリーの調製が可能です。
  • FFPE試料にも対応しています。

解析の流れ

  1. 試料のクオリティチェック(QC)を行います。
  2. 試料ゲノムDNAを超音波によりランダムに断片化し、アダプタ・インデックスを使用してライブラリーを調製します。試料とオリゴRNAをハイブリダイズさせ、キャプチャされたDNAだけを濃縮、増幅してライブラリーを調製します。

  3. 前処理試薬 ライブラリー調製試薬
    SureSelect Human All Exon V6(Agilent社) SureSelect XT HS 試薬キット(Agilent社)
    SureSelect Human All Exon V7(Agilent社)
  4. illumina社の次世代シークエンサー(NovaSeq/NextSeq等)によるシークエンス解析を行います。
  5. リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。

データ解析(fig.1)

  • 2種類の解析ソフトウェア(FreeBayes および GATK-lite)によるダブルパイプライン解析
  • HapMap(dbSNP)の日本人アレル頻度情報と1,000人ゲノムプロジェクトの東アジア人(日本人+中国人)アレル頻度情報等の付加
  • 京都大学HGVDの日本人1,208名分のアレル頻度情報の付与
  • タンパク質にインパクトを与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込み
  • アミノ酸置換変異とフレームシフト変異のタンパク質への影響予測
  • ClinVar,ExAC などの充実したアノテーション情報の付加
(株)DNAチップ研究所取得の日本人高齢健常者を加えたエクソームデータ解析(高齢健常コントロールデータ)を加えた解析、
腫瘍試料の解析の場合、Strelka somatic variant callerによる腫瘍-正常ペアサンプルによる体細胞変異検出解析を行います。

高齢健常コントロールデータ

株式会社DNAチップ研究所にて取得の高齢健常コントロール8検体(*1)をエクソームデータに混ぜて解析を行います。
高齢健常コントロールを加えて変異検出することで、日本人に特有の変異やシーケンシングエラーの可能性の高い変異を効果的に取り除くことが可能です。(fig.2

*1 採血時点において、過去1年の入院歴なし、大病の既往歴なしの70代日本人男性8名 (現在の健康状態を保証するものではありません)

高齢健常コントロール2検体以上に見られるが、京都大学HGVD (1,208名の日本人のエクソームデータを収録) に見られないレア変異。日本人特有の変異の可能性もあるが、シーケンシングエラーの可能性も高いと考えられる。

[実用例](fig.3

納品物例

  • 試料QC
  • bam(アライメントデータ)
  • dataQC(FastQC,MultiQC)
  • mapping_quality(マッピングのクオリティ)
  • original_fastq(FASTQ生データ)
  • trimmed_fastq(トリミング済みFASTQファイル)
  • 変異解析結果(Excelファイル・VCFファイル)
  • 報告書・解説書(PDFファイル)

試料送付について

        
ゲノムDNA量/th> 濃度 OD260/280 OD260/230 性状液量
100ng以上 10ng/μl以上 1.5以上 1.0以上 分解やRNAのコンタミがないこと10μL以上
[注意]
  • FFPE由来DNAや微量DNAも解析可能です。お問合せ下さい。
  • 試料量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが、必ずあらかじめご相談下さい。
  • 組織、細胞、FFPEスライドなどは、DNA/RNA抽出をご参照いただくか別途お問い合わせ下さい。

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