アメリエフ / アメリエフ ID: J01953

シングルセルRNAseq解析 ID: J01953

サービスについて

サービス内容

【シングルセルRNAシーケンス】
  • 10x Genomics社 Chromiumによるライブラリ調製
  • Illumina社 NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング
  • Cell Rangerによる発現定量

【バイオインフォマティクス解析】fig.1)
  • 解析レポート、中間報告および最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • 発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot))
  • サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、GO(Gene Ontology)解析、Reactomeパスウェイ解析)
  • 擬似系譜解析(Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化)

アメリエフが選ばれる理由

    実験と解析をワンパッケージでご提供します
    研究目的にあった解析手法を選択し解析プランを組み立てます
    解析内容と解析結果を丁寧にご説明し仮説検証に貢献します


シングルセルRNAシーケンス サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ:細胞
・凍結状態であること
・細胞数は106細胞以上であること。
・融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
・細胞は分散もしくは単離してください。
・EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
・細胞サイズが直径30μm以下であること。
・40μmのフィルターにかけてください。
・凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。
* ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
* 納品にかかる費用 (クラウドまたはHDD) を別途頂戴します。
* シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
 その際には出張費をご請求いたします。また、ノボジーン株式会社ラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

バイオインフォマティクス解析 供与物

  • FASTQデータ
  • サンプル情報
  • 生物種
  • 着目する細胞のマーカー遺伝子名および割合
  • 発現に着目している遺伝子

納品物

下記に加え、目的に応じて実施した高次解析の結果を納品いたします。
  • 報告書
  • Cell Ranger解析結果一式
  • Loupe Browser用閲覧ファイル
  • クラスタリング結果のPCA/t-SNEプロット(PDF)
  • 各クラスタの発現マトリクスファイル(CSV)
  • Feature plot(PDF)
  • 発現変動遺伝子リストファイル(XLSX)

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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