SeqNova™ LS（Large memory Server）
ゲノムサイズの大きな生物種のゲノム解析、自然環境のメタゲノム解析やメタトランスクリプトーム解析などでお困りではないですか？HSSでは次世代シーケンス解析のために大容量メモリを搭載した高機能サーバーを導入し、解析をお手伝いいたします。
次世代シーケンサーは、遺伝子発現解析、SNPなどの変異解析を行う上で非常に有効な解析ツールです。
しかし、ゲノム情報のない生物種のゲノム解析を行う場合、次世代シーケンサーから出力された短いリード配列を用いてゲノム配列の再構築をする必要があります（de novoアセンブル）。
de novoアセンブルはマッピングに比べて計算量が大きく、計算時間が長い上に大量のメモリを必要とします。
それは、de novoアセンブルを行うには全てのリード同士の組み合わせを網羅的に比較する必要があるためです。そのため、アセンブルの計算量は断片数と断片長に依存して増大していくため、ゲノムサイズの大きな生物種や多種生物ゲノムが混じった環境サンプルなどでは凄まじい計算量を要することになります。
北海道システム・サイエンス社ではヒトサイズゲノム生物のde novoアセンブルを行うことが可能な国内最大級の解析サーバーをご用意して皆様のご利用をお待ちしております。
サービス内容
下記「○」を提供しております。
| アプリケーション |
ゲノム
シーケンス |
ChIP
シーケンス |
mRNA
シーケンス |
small RNA
シーケンス |
| マッピング |
○ |
○ |
○ |
○ |
| SNP候補検索 |
○ |
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| 変異解析 |
○ |
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| 頻度解析 |
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○ |
○ |
○ |
| de novoアセンブル |
○ |
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○ |
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| アノテーション付加 |
○ |
○ |
○ |
○ |
| 検体間比較 |
○ |
○ |
○ |
○ |
| 二次構造予測 |
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○ |
| 専用ビューアー向けデータ加工 |
○ |
○ |
○ |
○ |
