受託オンライン
Commissioned Research Online

受託オンライン
株式会社薬研社

ID: J01480
ID: J01480
生物技研 / 生物技研

野生生物の食性解析

糞便や胃内容物から餌生物由来のDNAを解析することで餌生物を推定


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)

サービスについて

概要

野生生物の食性調査は糞や胃内容物から、形態観察によって餌生物を推定していました。これには、高度な専門知識と経験が必要であり、また餌が消化されてしまうと形態観察が不可能になるという問題点がありました。
近年注目されているのは、糞や胃内容物から「餌生物由来のDNA」を解析することで、餌生物を推定する方法です。
しかしながら、糞便に含まれているDNAは圧倒的にホスト由来のDNAが多いです。餌生物由来のDNAは、ホスト由来のDNAと比較すると存在量が少なく、また消化によって断片化されているため、DNAを増幅するのが困難です。そのため何も処理しないと、配列データの約70%以上はホスト由来の配列になります。
生物技研では、ホスト由来のDNAの増幅を抑制するブロッキングプライマーを生物種ごとにご用意します。これを用いると餌生物由来のデータの割合が飛躍的に向上し、より信頼性の高いデータが得られます。

解析の流れ

                             
(お客様)サンプルの送付・情報
生物技研から専用チューブを送付致します。糞便や胃内容物(*1)を入れて頂き、冷凍便で送付下さい。また、ブロッキングプライマーの設計を行うため、ホスト生物の学名をご連絡下さい。
ブロッキングプライマーの設計(*2) ホストの生物用のブロッキングプライマーを設計致します。
DNA抽出
凍結乾燥後、ビーズショッカーを用いて凍結破砕を行います。その後、DNAを抽出します。
ライブラリー作製
12S rRNA(MiFish)やCOI領域などをターゲットとして、シーケンスライブラリーを作製します。作製されたライブラリーの濃度と品質を確認致します。
シーケンス解析
Illumina MiSeqを使用してシーケンシング解析を行います。試薬はMiSeq Reagent Kit V3(600cycles)を使用し、2x300bpのpaired-endリードを取得します。
データ解析
DADA2法を用いて、得られたリードをamplicon sequence variant (ASV)にまとめます。ASVとリード数をまとめた表をご提供します。また、データベースの配列と97%以上の相同性があるASVは、種名を併記します。

*1 サンプルの形状等により生物技研で追加の作業が必要と判断した場合は別途料金をいただきます。
  また、サンプルの内容(例えば感染症の有無)によりお断りする場合がございます。
*2 【ホスト(対象の野生生物)由来のデータについて】
  糞便や胃内容物に含まれているDNAは圧倒的にホスト由来のDNAが多いです。
  餌生物由来のDNAはホスト由来のDNAと比較すると存在量が少なく、
  また消化によって断片化されているため、DNAを増幅するのが困難です。
  そのため何も処理しないと、配列データの約70%以上はホスト由来の配列になります。
  生物技研では、ホスト由来のDNAの増幅を抑制するブロッキングプライマーを生物種ごとにご用意します。
  これを用いると餌生物由来のデータの割合が飛躍的に向上し、より信頼性の高いデータが得られます。

解析の具体例

スーパーで購入した魚類の内臓を用いて、食性解析を行いました。
以下に、検出された生物由来のリード数を棒グラフで示します。(fig.1)

納品物

以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・データ解析結果(エクセルファイル)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

ご注文に関して

製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

サービス名 価格(税抜) 納期
野生生物の食性解析 解析:¥20,000/サンプル
ブロッキングプライマーの設計・合成:¥20,000/生物種
20営業日

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。