塩基多型を検出し、得られたSNPマーカーを用いて、系統解析や連鎖地図作成、QTLマッピングを行います。
| RAD-seq解析 | GRAS-Di®解析 | MIG-seq解析 | ||
|---|---|---|---|---|
| 価格（税抜） | ライブラリー調製（＊1） | ￥50,000/8サンプル | ￥25,000/8サンプル | ￥25,000/8サンプル |
| シーケンス解析 | 48サンプルまでは一律￥72,000 48サンプル以上￥12,000/8サンプル |
48サンプルまでは一律￥72,000 48サンプル以上￥12,000/8サンプル |
48サンプルまでは一律￥72,000 48サンプル以上￥12,000/8サンプル |
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| 納期（＊2） | 25営業日 | 30営業日 | 25営業日 | |
| データ量 | 1サンプルあたり100万リード程度 | |||
| 作業内容 | 送付サンプル（DNA）の濃度測定 ↓ ↓ ↓ |
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| ddRAD法を用いてライブラリーを作製します。使用する制限酵素はMspIと EcoRIの組み合わせですが、別の制限酵素からお選び頂くことも可能です。 | トヨタ自動車株式会社のプロトコールに従い、ライブラリーを作製します。 ①と②の2通りの方法があります。 ①イルミナ社のアダプター配列を付加したプライマーを用います。（＊3・4） ②DNBSEQのアダプター配列を付加したプライマーを用います。（＊3） |
Suyama et al., 2021. と同様の方法を用いて、ライブラリーを作製します。 | ||
| ↓ ↓ ↓ シーケンシング解析（DNBSEQ 150 bpペアエンド解析） |
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＊1 ライブラリー調製のみのご依頼は承っておりません。
＊2 500サンプルまでの納期です。500サンプル超の場合は追加納期がかかります。
＊3 生物技研社の試験では、①と②では異なる部位がシーケンシングされることがわかりました。継続的な解析の場合、以前と同一メーカーのアダプターを付加したプライマーを用いる方法をご選択ください。
＊4 ①は、リン酸化されたプライマーで2ndPCRを行った後、環状化させてDNBSEQでシーケンス解析します。イルミナ社シーケンサーでシーケンス解析した場合と同等の結果が得られることを検証済です。
| 項目 | オプション追加可否 | 価格（税抜） | 追加納期 | RAD-seq | GRAS-Di | MIG-seq |
|---|---|---|---|---|---|
| DNA抽出 | 〇 | 〇 | 〇 | 1～2サンプル ￥10,000/サンプル 3～7サンプル ￥24,000/式 8サンプル～ ￥3,000/サンプル |
5営業日 |
| GRAS-Di®解析ソフトウェアによる解析 | 〇 | ￥100,000 | なし | ||
| 連鎖地図作成 | 〇 | 〇 | ￥200,000 | なし | |
| QTLマッピング | 〇 | 〇 | ￥200,000 | なし | |
| 集団構造解析 ＜パッケージ内容＞ ・系統解析 ・structure解析 ・遺伝的指数の算出 ・Neighbor-net |
〇 | 〇 | 〇 | 1～96サンプル ￥120,000 | なし |
| 97～480サンプル ￥200,000 | 10営業日 | ||||
| 481～960サンプル ￥300,000 | 20営業日 | ||||
| 961サンプル～ 要相談 | 要相談 | ||||
| RAD-seq解析 | GRAS-Di®解析 | MIG-seq解析 | ゲノムDNA >10ng/µL, >20µL | ゲノムDNA >15ng/µL, >20µL | ゲノムDNA >1ng/µL, >20µL |
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| サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|
| GRAS-Di®技術による解析・MIG-seq解析・RAD-seq解析 | 上記「サービス内容」「オプション」の項目をご確認ください | 上記「サービス内容」「オプション」の項目をご確認ください |
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