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株式会社薬研社

ID: J01479
ID: J01479
生物技研 / 生物技研

GRAS-Di®技術による解析・MIG-seq解析・RAD-seq解析

塩基多型を検出し、得られたSNPマーカーを用いて、系統発生解析や連鎖地図作成、QTLマッピングを行います


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > RAD-Seq解析(Restriction Associated DNA tag sequencing)

サービスについて

GRAS-Di® とは?

グラスディーアイと読み、トヨタ自動車株式会社が開発した技術です。
ランダムプライマーを用いてPCRすることにより、ゲノムの複数個所を増幅します。ゲノムワイドに増幅されたアンプリコンを次世代シーケンサーで解析した後、同社が独自開発したソフトウエアでジェノタイピング解析を行います。得られる解析結果は、アンプリコン増幅の再現性が高く、ジェノタイプデータの欠損が少ないのが特徴です。

* GRAS-Di® はトヨタ自動車株式会社の登録商標です。

解析の流れ

RAD-seq解析 GRAS-Di® 解析 MIG-seq解析
(お客様)
サンプルと情報のご提供
ゲノムDNA(*1)
>10ng/µL, >20µL
ゲノムDNA(*1)
>15ng/µL, >20µL
ゲノムDNA(*1)
>1ng/µL, >20µL
・冷蔵便または冷凍便で(株)生物技研社 へ送付ください。
・8連チューブまたはプレートでお願いします。
・GRAS-Di解析の場合は、DNA濃度測定の際のブランク用に溶出バッファーを100 ul程度サンプルと一緒にご送付ください(難しければ、バッファーの情報の提供をお願いします)。
・サンプル送付時に、「サンプル情報提供用紙」「オーダーシート」「データ解析依頼書」の3点をご提出ください。
ライブラリー作製 ddRAD法を用いてライブラリーを作製します。使用する制限酵素はMspIと EcoRIの組み合わせですが、別の制限酵素からお選び頂くことも可能です。 トヨタ自動車株式会社のプロトコールに従い、ライブラリーを作製します。 Suyama and Matsuki, 2021. と同様の方法を用いて、ライブラリーを作製します。東北大学・陶山佳久先生のご指導のもと、方法を一部改変しています。
シーケンス解析 MGI社 DNBSEQ-G400 100bpのペアエンド
1サンプルあたり100万リード程度
①Illumina社 NextSeq 500 75bpまたは150bpのペアエンドリード(*2)
②MGI社 DNBSEQ-G400 100bpのペアエンド(*2)
①②いずれの場合も、1サンプルあたり100万リード程度
MGI社 DNBSEQ-G400 100bpのペアエンド
1サンプルあたり100万リード程度
データ解析

目的に合わせいずれかの解析を行います

GRAS-Di®解析ソフトウェアによる解析(¥100,000(税抜))
系統発生解析(¥100,000(税抜))
structure解析(¥20,000(税抜))
連鎖地図作成(¥200,000(税抜))
QTLマッピング(¥200,000(税抜))

*1 試料を送付いただき、生物技研社でDNA抽出を行うことも可能です(DNA抽出費用¥32,000/8サンプル(税抜))。
*2 継続的な解析の場合、シーケンサーは以前の解析と同じメーカーをご指定いただくのがよいです。

データ解析の内容

GRAS-Di®解析ソフトウェアによる解析 GRAS-Di®解析ソフトウェアを用いて、アンプリコンごとのリード数やその配列、増幅断片のサイズ、遺伝子型などをExcelファイルで納品します。
系統発生解析 Stacksを用いてde novoアセンブルを行います。その後、RAxMLを使用してGTR+gammaモデルを用いた最尤法により系統樹を作成します。
structure解析 structureを使用して集団の遺伝的構成の違いを可視化します。
連鎖地図作成 Bowtieを用いてレファレンスにリードをマップした後、samtoolsとbcftoolsを用いて、SNPを検出致します。その後、vcftoolsを用いてSNPのフィルタリングを行います。さらに、欠測した遺伝子型のデータをBeagleにより補完致します。補完された遺伝子型データをもとにJoinmapを使用して、連鎖地図を作成致します。
QTLマッピング 連鎖地図作成と同様の方法で遺伝子型を決定した後、R/qtlを用いてQTL領域を推定致します。

RAD-seq解析・GRAS-Di®解析・MIG-seq解析の比較

RAD-seq解析 GRAS-Di®解析 MIG-seq解析
ライブラリー作製様式 制限酵素 PCR
塩基解読する領域 制限酵素部位の間 ランダム 単純反復配列(SSR)の間
得られる多型の数 多い(-100,000SNPs) 少ない(-1,000SNPs)
適した解析名 遺伝子地図作成やqtl解析、集団解析 集団解析
必要DNA量 多い(100ng以上) 少ない(15ng) 少ない(2~100ng)
DNAの品質 高品質のDNA量が必要 低品質のDNAでも可
費用 高い 安い


ご注文に関して

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製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

RAD-seq解析 GRAS-Di®解析(illumina社 NextSeq使用) GRAS-Di®解析(MGI社 DNBSEQ使用)・MIG-seq解析
価格(税抜) ライブラリー調製 ¥50,000/8サンプル(*2)
シーケンス解析 ¥12,000/8サンプル
* 48サンプルまでは一律¥72,000
データ解析 上記参照
ライブラリー調製 ¥25,000/8サンプル(*2)
シーケンス解析 ¥25,000/8サンプル
* 48サンプルまでは一律¥150,000
データ解析 上記参照
ライブラリー調製 ¥25,000/8サンプル(*2)
シーケンス解析 ¥12,000/8サンプル
* 48サンプルまでは一律¥72,000
データ解析 上記参照
価格例(税抜) 48サンプル ライブラリー調製 ¥300,000
シーケンス解析 ¥72,000
系統発生解析 ¥100,000
--------------------------
計 ¥472,000
(1サンプルあたり¥9,833)
ライブラリー調製 ¥150,000
シーケンス解析 ¥150,000
GRAS-Diまたは系統発生解析 ¥100,000
--------------------------
計 ¥400,000
(1サンプルあたり¥8,333)
ライブラリー調製 ¥150,000
シーケンス解析 ¥72,000
GRAS-Diまたは系統発生解析 ¥100,000
--------------------------
計 ¥322,000
(1サンプルあたり¥6,708)
96サンプル ライブラリー調製 ¥600,000
シーケンス解析 ¥144,000
系統発生解析 ¥100,000
--------------------------
計 ¥844,000
(1サンプルあたり¥8,791)
ライブラリー調製 ¥300,000
シーケンス解析 ¥300,000
GRAS-Diまたは系統発生解析 ¥100,000
--------------------------
計 ¥700,000
(1サンプルあたり¥7,292)
ライブラリー調製 ¥300,000
シーケンス解析 ¥144,000
GRAS-Diまたは系統発生解析 ¥100,000
--------------------------
計 ¥544,000
(1サンプルあたり¥5,666)
納期 30営業日 40営業日 30営業日
納品物 以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
・データ解析結果(データ解析をご依頼いただいた場合のみ)

*2 ライブラリー調製のみのご依頼は承っておりません。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。