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株式会社薬研社

ID: J01478
ID: J01478
生物技研 / 生物技研

環境DNAの解析

生物技研の環境DNA解析は3通り!


カテゴリ
遺伝子発現解析 > リアルタイムPCR関連解析 > 特定微生物解析(16S rRNA遺伝子)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 環境DNA解析

サービスについて

概要

野生生物の生態調査は捕獲や観察といった直接的手法を中心として行われており、多くの労力と費用が必要です。また、高度な専門知識と経験が必要であり、専門家以外では生態調査を行うことは不可能でした。
近年、水に含まれる生物の体液や鱗、糞便由来の「環境DNA」を解析することが可能になり注目を集めています。
生物技研では次世代シーケンサーとリアルタイムPCRを用いて高解像度での解析を行い、環境サンプルに含まれている生物の痕跡を見つけ出します。

特徴

  1. 水を汲んで送付するだけ!ろ過から承っています。
  2. 1サンプルからOK!
  3. 海水・淡水どちらもOK!
  4. プライマーの設計もお任せください。
  5. より正確なデータを得るためのオプションもあります。

環境DNA 網羅的解析(メタバーコーディング解析)

次世代シーケンサーを用いた解析です。環境中のDNAを網羅的なプライマーセットでPCR増幅した後、シーケンシングします。得られた塩基配列をデータベースと照らし合わせ、生物相を解析します。
価格(税抜) ¥27,000/サンプル
底生動物の解析は、¥32,000/サンプル
<内訳>
  • ろ過:¥4,000/サンプル
  • DNA抽出:¥3,000/サンプル
  • メタバーコーディング解析:¥20,000/サンプル(底生動物の解析は¥25,000/サンプル)
2022.05.09より1stPCRは8反復が標準になりました!
納期 20営業日
納品物 以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・データ解析結果(エクセルファイル)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
解析可能な生物種 動物(COI)
魚類(cMiFish)*1
哺乳類(MiMammal)*2
節足動物(gInsect)*3
鳥類(gBird)*3・4
二枚貝(gClam)*3
巻貝(gSnail)*3
有尾目<イモリ類とサンショウウオ類>(gSalamander)*3
無尾目(gFrog)*3
環形動物(gWorm)*3
線虫(Ecdysozoa)*3
陸上植物(gPlant)*3
光合成生物(psbA)*3
褐藻(gKasso)*3
紅藻(gKoso)*3
真核生物 (18S rRNA)
底生動物(gBenthos)*3・5
上記以外の生物種についてはご相談ください。
(  )は使用するプライマーセット名または解析対象領域の名称です。
オプション プライマー追加:+¥2,000/依頼(税抜)
cMiFishにヤツメウナギ類用のプライマーを追加するオプションです。(*6)

*1 2020年5月よりプライマーセットの名称・混合内容が変わります。
  旧)淡水用MiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R (Miya et al., 2015)を1:1で混合
  海水用MiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R-v2、MiFish-U2-F/R (unpublished primer)を2:1:1で混合
  新)cMiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R-v2、MiFish-U2-F/R 、MiFish-Ayu&Wakasagi(unpublished primer)を4:2:2:1で混合
*2 生物技研でのテスト解析の結果、脊椎動物全般が検出されています。
*3 生物技研で開発したプライマーセットでの解析です。
*4 鳥類は環境DNAへの移行が少なく、検出が困難な傾向にあります。
*5 節足動物、環形動物、貝(二枚貝・巻貝)、十脚甲殻類が解析対象です。
  gBenthosの解析では、複数のプライマーをミックスして1stPCRを行います(マルチプレックスPCR)。
  PCRの原理上、存在量の多い生物のDNAは増幅されやすく、存在量の少ない生物のDNAは、増幅されにくくなる可能性があります。
  例)サンプル中に貝類のDNAが多数存在し、節足動物のDNAが少ない場合は、PCRを行っても貝類由来DNAばかり増幅され、
  節足動物由来のDNAがほとんど得られません。
  この場合、節足動物用プライマー(gInsect)のみでPCRを行うと節足動物由来DNAが増幅されたケースがございます。
*6 環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き第1版に記載されているプライマーセットでの解析です。

環境DNA 種特異的解析(リアルタイムPCR解析)

リアルタイムPCRを用いた解析です。環境中のDNAを種特異的なプライマーセットでPCR増幅しながら、特定生物の在・不在を解析します。
プライマーの設計・合成から承っています。
価格(税抜) 解析 ¥15,000/サンプル
<内訳>
  • ろ過:¥4,000/サンプル
  • DNA抽出:¥3,000/サンプル
  • リアルタイムPCR解析:¥8,000/サンプル
プライマーの設計・合成 ¥100,000
対象の生物種やその近縁種、生息する生物種などの情報をご連絡下さい。プライマーやプローブは、in silicoで設計するため、対象の生物種のみを検出できる保証はできません。対象生物や近縁種の個体やDNAをお送り頂ければ、特異性の検証を行うことも可能です。(3サンプルまで)

★既に設計・合成済のもの(下記)は料金不要です。
ブルーギル、オオクチバス、アユ、オオサンショウウオ、ハクバサンショウウオ、ニホンウナギ、イワナ、ヤマメ、ニホンザリガニ、ウチダザリガニ、など
納期 5営業日
*プライマーの設計・合成が必要な場合は、プライマー合成完了後5営業日です。
納品物 以下のデータをダウンロード形式で納品します。
・報告書
・解析データ(* データを確認するには専用のソフトウェアが必要です。ソフトウェアは無料です。)
オプション 定量解析(DNAコピー数の算出) 2サンプルまで:+¥10,000/サンプル(税抜)
3~20サンプル:+¥30,000/依頼・生物種(税抜)
解析の反復 8反復:+¥4,000/サンプル(税抜)
より正確なデータを得るため、リアルタイムPCRを標準の4反復から8反復へ増やすオプションです。

環境DNA 遺伝的多様性解析

同じ生物種で遺伝的に異なる(遺伝的多様性がある)集団が、日本各地に存在します。しかし、形態が同じため、外見では判断できず、これまで解析が困難でした。生物技研では、次世代シーケンサーを用いた環境DNA解析により、ハプロタイプを検出します。
価格(税抜) 解析 16反復の場合(生物技研標準):¥77,000/サンプル
1stPCRを4反復、2ndPCRで4反復/反復(計16反復)
8反復の場合:¥60,000/サンプル
1stPCRを4反復、2ndPCRで2反復/反復(計8反復)
4反復の場合:¥45,000/サンプル
1stPCRを4反復、2ndPCRで1反復/反復(計4反復)
* 上記は、生物技研で水サンプルのろ過から行う場合の料金です。
抽出DNAを送付いただく場合は、-¥10,000/サンプル、ろ過済フィルターを送付いただく場合は、-¥4,000/サンプルです。
プライマーの設計・合計 ¥0/サンプル
対象の生物種をご連絡ください。すでに、イワナとコイについては設計・合成済です。
納期 20営業日* プライマーの設計・合成が必要な場合は、プライマー合成完了後20営業日です。
納品物 以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・データ解析結果(エクセルファイル)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
環境DNAの解析 上記サービス内容を参照 上記サービス内容を参照

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
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※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。