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環境DNAの解析 ID: J01478

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生物技研の環境DNA解析は3通り！

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サービスについて

概要

野生生物の生態調査は捕獲や観察といった直接的手法を中心として行われており、多くの労力と費用が必要です。また、高度な専門知識と経験が必要であり、専門家以外では生態調査を行うことは不可能でした。
近年、水に含まれる生物の体液や鱗、糞便由来の「環境DNA」を解析することが可能になり注目を集めています。
生物技研では次世代シーケンサー、リアルタイムPCRおよびデジタルPCRを用いて高解像度での解析を行い、環境サンプルに含まれている生物の痕跡を見つけ出します。

特徴

水を汲んで送付するだけ！ろ過から承っています。
1サンプルからOK！
海水・淡水どちらもOK！
プライマーの設計もお任せください。
より正確なデータを得るためのオプションもあります。

環境DNA 網羅的解析（メタバーコーディング解析）

次世代シーケンサーを用いた解析です。環境中のDNAを網羅的なプライマーセットでPCR増幅した後、シーケンシングします。得られた塩基配列をデータベースと照らし合わせ、生物相を解析します。

価格（税抜）	￥27,000/サンプル底生動物の解析は、￥32,000/サンプル＜内訳＞ろ過：￥4,000/サンプル DNA抽出：￥3,000/サンプルメタバーコーディング解析：￥20,000/サンプル（底生動物の解析は￥25,000/サンプル）
納期	20営業日
納品物	以下のデータをダウンロード形式で納品いたします。・報告書・シーケンス生データ（fastq形式）・データ解析結果（エクセルファイル）・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
解析系がある生物種	動物（COI）魚類（cMiFish）＊1 哺乳類（MiMammal）＊2 節足動物（gInsect）＊3 鳥類（gBird）＊3･4 二枚貝（gClam）＊3 巻貝（gSnail）＊3 有尾目＜イモリ類とサンショウウオ類＞（gSalamander）＊3 無尾目（gFrog）＊3 環形動物（gWorm）＊3 線虫（Ecdysozoa）＊3 陸上植物（gPlant）＊3 光合成生物（psbA）＊3 褐藻（gKasso）＊3 紅藻（gKoso）＊3 真核生物（18S rRNA）底生動物（gBenthos）＊3・5 上記以外の生物種についてはご相談ください。（　）は使用するプライマーセット名または解析対象領域の名称です。
オプション	プライマー追加：+￥2,000/依頼（税抜） cMiFishにヤツメウナギ類用のプライマーを追加するオプションです。（＊6）
オプション	MiFish定量解析：+￥10,000/サンプル（税抜）納期＋5営業日 cDNAコピー数を算出するオプションです。

＊1 2020年5月よりプライマーセットの名称・混合内容が変わります。
　　旧）淡水用MiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R (Miya et al., 2015)を1:1で混合
　　海水用MiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R-v2、MiFish-U2-F/R (unpublished primer)を2:1:1で混合
　　新）cMiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R-v2、MiFish-U2-F/R 、MiFish-Ayu&Wakasagi(unpublished primer)を4:2:2:1で混合
＊2 生物技研でのテスト解析の結果、脊椎動物全般が検出されています。
＊3 生物技研で開発したプライマーセットでの解析です。
＊4 鳥類は環境DNAへの移行が少なく、検出が困難な傾向にあります。
＊5 節足動物、環形動物、貝(二枚貝・巻貝)、十脚甲殻類が解析対象です。
　　プライマー配列やPCR条件は開示していませんので、あらかじめご了承ください。
　　gBenthosの解析では、複数のプライマーをミックスして1stPCRを行います（マルチプレックスPCR）。
　　PCRの原理上、存在量の多い生物のDNAは増幅されやすく、存在量の少ない生物のDNAは、増幅されにくくなる可能性があります。
　　例）サンプル中に貝類のDNAが多数存在し、節足動物のDNAが少ない場合は、PCRを行っても貝類由来DNAばかり増幅され、
　　節足動物由来のDNAがほとんど得られません。
　　この場合、節足動物用プライマー（gInsect）のみでPCRを行うと節足動物由来DNAが増幅されたケースがございます。
＊6 環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き第１版に記載されているプライマーセットでの解析です。

環境DNA 種特異的解析（リアルタイムPCR解析・デジタルPCR解析）

環境中のDNAを種特異的なプライマーセットでPCR増幅しながら、特定生物の在・不在やDNAのコピー数を解析します。プライマーの設計・合成から承っています。

		リアルタイムPCR解析	デジタルPCR解析
価格（税抜）		3サンプル以上の場合（＊1）￥15,000/サンプル＜内訳＞・ろ過　￥4,000/サンプル・DNA抽出　￥3,000/サンプル・リアルタイムPCR解析　￥8,000/サンプル	3サンプル以上の場合（＊1）￥15,000/サンプル＜内訳＞・ろ過　￥4,000/サンプル・DNA抽出　￥3,000/サンプル・デジタルPCR解析　￥8,000/サンプル
解析系がある生物種		ブルーギル、オオクチバス、コクチバス、アユ、アユモドキ、オオサンショウウオ、チュウゴクサンショウウオ、ハクバサンショウウオ、ニホンウナギ、イワナ、ヤマメ、イシドジョウ、ゲンジボタル、ヘイケボタル、ニホンザリガニ、ウチダザリガニ、など＊記載のない生物種についてはご相談ください。対象の生物種やその近縁種、生息する生物種などの情報をご連絡下さい。プライマーやプローブは、in silicoで設計するため、対象の生物種のみを検出できる保証はできません。対象生物や近縁種の個体やDNAをお送り頂ければ、特異性の検証を行うことも可能です（3サンプルまで）。
納期		5営業日＊プライマーの設計・合成が必要な場合は、プライマー合成完了後5営業日です。＊ダウンロード納品の場合の納期です。記録媒体をご希望の場合、お手元に結果が届くのは5営業日＋1～2日（配達に要する日数）です。
納品物		以下のデータをダウンロード形式で納品します。・報告書・解析データ（＊データを確認するには専用のソフトウェアが必要です。ソフトウェアは無料です。）
オプション	定量解析（DNAコピー数の算出）	20サンプルごと：＋￥30,000/依頼・生物種	不要（デジタルPCRは定量が基本です）
オプション	解析の反復	8反復： +￥4,000/サンプルより正確なデータを得るため、リアルタイムPCRを標準の4反復から８反復へ増やすオプションです。	4反復： +￥4,000/サンプルより正確なデータを得るため、デジタルPCRを標準の2反復から4反復へ増やすオプションです。

＊1 1～2サンプルの場合、内訳のリアルタイムPCR解析またはデジタルPCR解析が一律￥24,000（3サンプル分）がかかります。

環境DNA 遺伝的多様性解析

同じ生物種で遺伝的に異なる（遺伝的多様性がある）集団が、日本各地に存在します。しかし、形態が同じため、外見では判断できず、これまで解析が困難でした。生物技研では、次世代シーケンサーを用いた環境DNA解析により、ハプロタイプを検出します。

価格（税抜）	解析	16反復の場合（生物技研標準）：￥77,000/サンプル 1stPCRを4反復、2ndPCRで4反復/反復（計16反復）
		8反復の場合：￥57,000/サンプル 1stPCRを4反復、2ndPCRで2反復/反復（計8反復）
		4反復の場合：￥42,000/サンプル 1stPCRを4反復、2ndPCRで1反復/反復（計4反復）
		＊上記は、生物技研で水サンプルのろ過から行う場合の料金です。抽出DNAを送付いただく場合は、-￥7,000/サンプル、ろ過済フィルターを送付いただく場合は、-￥4,000/サンプルです。
	プライマーの設計・合計	￥0/サンプル対象の生物種をご連絡ください。すでに、イワナとコイについては設計・合成済です。
納期	20営業日＊プライマーの設計・合成が必要な場合は、プライマー合成完了後20営業日です。
納品物	以下のデータをダウンロード形式で納品いたします。・報告書・シーケンス生データ（fastq形式）・データ解析結果（エクセルファイル）・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

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参考価格・納期

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