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株式会社薬研社

ID: J01477
ID: J01477
生物技研 / 生物技研

アンプリコンシーケンス解析

納期を大幅に短縮しました!


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)

サービスについて

特徴

  • 1サンプルでもご注文可能です。
  • データ解析までサービスに含まれています。
  • すべての工程を国内(生物技研社内)で行うから、納期が早い!
  • 腸内細菌相や土壌細菌相などの微生物相だけでなく、あらゆる生物相に対応。プライマー配列のご指定も可能です。

サービス内容

対象遺伝子領域については、生物技研社HPでご確認ください。

試料を送る 抽出DNAを送る 1stPCR産物を送る
価格(税抜) ¥137,000/8サンプル ¥105,000/8サンプル ¥80,000/8サンプル
納期 20営業日(*1) 15営業日(*1) 12営業日(*1)
作業内容 DNA抽出~データ解析 DNAの濃度測定~データ解析 1stPCR産物の精製~データ解析
ご提供サンプルと送付方法 試料(*2):生物技研社提供のチューブの半分程度 抽出DNA:濃度5ng/μL以上、液量20μL以上 1stPCR産物(精製前):液量15μL以上
必ず生物技研社提供の粉砕用1.5mLチューブをご使用ください。試料の種類(土壌、糞便など)と数をお知らせください。送料は生物技研社負担でお送りします。
<量の目安>
湿土壌:200~500mg程度
マウス糞便:米粒大2~3粒
濃度を5ng/μLに調製していただく必要はありません。また、基準濃度未満でも、受け入れています。 アダプター配列付きのプライマーを生物技研社からご提供します(¥1,500(税抜)*送料込)。ご希望の遺伝子領域をお知らせください。
=
1stPCR産物(未精製)の濃度測定は不要です。できれば電気泳動を行い、目的の増幅産物が得られていることをご確認ください。
冷凍便で送付ください。 冷蔵便 or 冷凍便で送付ください(保存時と同じ温度帯がベストです)。

サンプル数が多いとき(目安:16サンプル以上)は8連チューブやプレートで送付ください。
ご提供情報 1.サンプル情報提供用紙
2.オーダーシート(試料用・抽出DNA用・1stPCR産物用)
納品物 以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・系統解析結果
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

* 納品データのサンプルもございます。お問い合わせください。
データ量 サンプル数によって異なります。「参考価格」をご覧ください。

*1 納期は初回のPCRで良好な増幅が確認された場合です。再調製が必要な場合は追加日数をいただきます。2プレート(192サンプル)までは本納期で対応します。
*2 生物技研社からご提供させていただく専用チューブに入れて発送いただきます。サンプルの形状等により生物技研社で追加の作業が必要と判断した場合は別途料金をいただきます。また、サンプルの内容(例えば感染性の有無)によりお断りする場合がございます。
DNA抽出は、対象生物やサンプルの状況によって抽出方法を最適化する必要がございます。より良いデータを得るための非常に重要なステップであると位置づけております。この観点から生物技研社におけるDNA抽出ノウハウに乏しいサンプルについてはお断りさせていただく場合がございます。

サービスの流れ

  1. DNA抽出
    生物技研社は、糞便や土壌、水など様々なサンプルからの抽出実績があり、それぞれのサンプルに最適な抽出方法で行います。その後、DNA濃度を測定します。
    >生物技研社のDNA抽出方法について、詳しくはこちら
  2. ライブラリー作製
    PCR反応と精製を2回行い(2-step tailed PCR)、ライブラリーを作製します。その後、ライブラリーの濃度と品質を確認します。
  3. シーケンシング解析
    MiSeqシステムとMiSeq Reagent Kit v3(Illumina)を用いて、2×300bpの条件でシーケンシングを行います(他のお客様と相乗り)。
  4. 標準データ解析(系統解析)
    菌叢解析用パイプライン「Qiime」を用いて解析を行い、「菌相組成の棒グラフ」や「ヒートマップ」などの形でデータの可視化まで行います。一部の遺伝子領域(12S rRNAやCOIなど)は、「エクセルデータ」のみを提供いたします。

    ①QIIME2(DADA2モデル)が標準になりました。
    引き続きQIIME1ご希望の方は、ご依頼時にご指示ください。追加料金不要です。QIIME1とQIIME2の違いについてはこちら

    ②EzBioCloud 16S database 使用に変更可
    バクテリアのみ。種レベルまで推定したい方にお勧めです。追加料金¥10,000(税抜)。

【オプション解析】
群間比較解析
* 16S / ITS / 18Sのみ対応
LEfSEを使って比較する群間の違いと相関を示す微生物群の抽出やある現象の原因微生物の探索を行います。
多様性解析 レアファクション解析(chao1やshannonなど)と主座標分析(PCoA)の結果を提供いたします。サンプルのグループ分けをご指示いただくことで、グループ単位での比較が可能です。
多様性解析
PERMANOVA解析
* 多様性解析を行う必要があります
Qiimeのプラグインを用いて、グループ内類似度とグループ間類似度の差を検定します。
機能予測解析
* 16Sのみ対応
PICRUSt2を使って予測メタゲノム解析を行います。
機能予測解析データ
統計解析
* 16Sのみ対応
* 機能予測解析を行う必要があります
機能予測解析の結果から比較するグループ間で統計的に優位な差がみられるかを検定します。
コピー数の取得
* 16Sのみ対応
リアルタイムPCR解析を行い、サンプル中の16S rRNAのコピー数を測定します。アンプリコンシーケンス解析の結果を相対値から絶対値に変換したデータをお返しします。
生息環境の推測
* 16Sのみ対応
16S rRNA遺伝子配列と微生物の生息環境を網羅的に結びつけるデータベース「ProkAtlas」を用いて、生息環境を推測します。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

*表示価格はすべて税抜価格です。
サンプル数 試料を送る
抽出DNAを送る
1stPCR産物(精製前)を送る
ライブラリー(精製後・混合不要)を送る(*2)
1 ¥30,000 ¥20,000 ¥20,000+¥1,500(*1) 受け入れ可能ですが、価格は「1stPCR産物を送る」と同じです
8 ¥137,000 ¥105,000 ¥80,000+¥1,500(*1)
16 ¥274,000 ¥210,000 ¥160,000+¥1,500(*1)
24 ¥411,000 ¥315,000 ¥240,000+¥1,500(*1)
32 ¥548,000 ¥420,000 ¥320,000+¥1,500(*1)
40 ¥635,000 ¥475,000 ¥400,000+¥1,500(*1) ¥350,000+¥10,000(*1)
48 ¥692,000 ¥500,000 ¥440,000+¥1,500(*1) ¥350,000+¥10,000(*1)
56 ¥755,000 ¥531,000 ¥461,000+¥1,500(*1) ¥356,000+¥10,000(*1)
64 ¥820,000 ¥564,000 ¥484,000+¥1,500(*1) ¥364,000+¥10,000(*1)
72 ¥885,000 ¥597,000 ¥507,000+¥1,500(*1) ¥372,000+¥10,000(*1)
80 ¥950,000 ¥630,000 ¥530,000+¥1,500(*1) ¥380,000+¥10,000(*1)
88 ¥1,015,000 ¥663,000 ¥553,000+¥1,500(*1) ¥388,000+¥10,000(*1)
96 ¥1,080,000 ¥696,000 ¥576,000+¥1,500(*1) ¥396,000+¥10,000(*1)
97~ @¥11,250 @¥7,250 @¥6,000+¥1,500(*1) @¥4,125+¥20,000(*1)

*1 1stPCR用のプライマー送付料金は、¥1,500/依頼(税抜)です。2ndPCR用のプライマーも送付する場合は、¥10,000/プレート(税抜)となります。
*2 送付するライブラリーの濃度と液量は、10ng/μL以上、20μL以上でお願いします。

オプション料金表
*表示価格はすべて税抜価格です。
項目 価格
液体サンプルのフィルターろ過 ¥4,000/サンプル
PCR阻害物質の除去 ¥10,000/8サンプル
1stPCR 4反復 ¥16,000/8サンプル
ライブラリーのビーズ精製(*4) ¥5,000/8サンプル
ブロッキング こちらをご覧ください
残サンプルの返却 *送料込 ¥1,500/回
QIIME1に変更 ¥0
EzBioCloud 16S database使用(詳しくはこちら ¥10,000/解析
群間比較解析(16S / ITS / 18Sのみ可能) ¥50,000/解析
* グループ分けのパターンが複数ある場合は、追加1パターンごと¥20,000
多様性解析 ¥10,000/解析(*5)
PERMANOVA解析(多様性解析のオプション) ¥10,000/解析
機能予測解析(16Sのみ可能) ¥30,000/解析(*5)
統計解析(16Sのみ可能/機能予測解析のオプション) ¥30,000/解析
* グループ分けのパターンが複数ある場合は、追加1パターンごと¥10,000
機能予測解析と群間比較解析のセット割引 3割引
コピー数の取得(*5)
* 16Sのみ可能
<リアルタイムPCR解析を1反復実施する場合>
検量線作成 ¥20,000/80サンプル
+リアルタイムPCR解析 ¥5,000/サンプル
<リアルタイムPCR解析を4反復実施する場合>
検量線作成 ¥20,000/20サンプル
+リアルタイムPCR解析 ¥10,000/サンプル
生息環境の推測(16Sのみ可能) ¥20,000/解析

*4 送付いただいたライブラリーが精製不足の場合、生物技研社で再精製を行います。
*5 アンプリコンシーケンス解析と同時にご注文いただいた際の価格です。データ解析のみでご依頼の場合は、別途QIIME解析の費用がサンプル数に応じて必要となります。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。