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株式会社薬研社

ID: J01475
ID: J01475
生物技研 / 生物技研

メタトランスクリプトーム解析

ご要望に応じて、最適なプランをご提案いたします。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > メタゲノム解析・メタトランスクリプトーム解析

サービスについて

概要

データ量 3,000万リード/6Gb
作業内容 ・送付サンプル(トータルRNA)の品質確認
・原核生物のrRNA除去
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析(DNBSEQ-G400 200bpペアエンド解析)
納品物 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
* データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途¥10,000(税抜)がかかります。
  お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。
【HDD納品となる目安】生データ納品の場合は200Gb、データ解析ありの場合は100Gb
ご提供サンプル トータルRNA1μg以上 (>50ng/μL、>20μL)
*滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。
*1μg以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。
ご提供情報 ・サンプル情報提供用紙
・オーダーシート
お見積時にこれらのファイルをメール添付でお送りしますので、 ご記入の上、サンプル送付時に送信ください。

オプション

項目   備考 価格(税抜) 追加納期
RNA抽出   QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。
▼ ご提供サンプル量の目安
細菌 細胞数 1×10^9程度、湿重量 20 mg程度
酵母 細胞数 5×10^7程度、湿重量 25 mg程度
植物(葉) 湿重量 50 mg程度、直径1.5cm
動物細胞 細胞数 1×10^7程度、湿重量 20 mg程度
動物組織 湿重量 20 mg程度

▼サンプルの保管温度と送付方法
◇ RNAlaterなどの核酸保存液に浸す場合
採取後すぐにサンプルに核酸保存液を添加します。
一晩は冷蔵保管(4℃)し、翌日に冷凍(-20℃)保管にします。
送付時は、冷凍便を利用しドライアイスは同梱せずに送付してください。 (RNAlater は-20℃以下で凍結してしまうため)
◇ 核酸保存液を添加しない場合
採取後すぐにサンプルを-80℃保管します。
送付時は、冷凍便を利用し、必ずドライアイスを同梱してください。
20,000円/ サンプル 1週間
データ解析 アセンブル・マッピング Trinity によるアセンブルを行い、Contigを提供します。
同時に、各配列にマップされたリード数を提供します(下記参照)。
8サンプルまで一律
100,000円
9サンプル以上の場合、
1サンプルあたり+12,500円
2週間
アセンブル・マッピング・
遺伝子予測・機能解析
アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、
prokka(ソフトウ ェア)によるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、
予測されたタンパク質の機能的分類を行います(下記参照)。
8サンプルまで一律
200,000円
9サンプル以上の場合、
1サンプルあたり+25000円
4週間

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
メタトランスクリプト―ム解析サービス ¥65,000/サンプル 25営業日
■データ解析(オプション)
項目 価格(税抜) 納期
アセンブル・マッピング ¥100,000
*8サンプルまでの固定価格
9サンプル以降は追加料金¥12,500/1サンプル
+2週間~
アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析 ¥200,000
*8サンプルまでの固定価格
9サンプル以降は追加料金¥25,000/1サンプル
+4週間~

データ解析(オプション)の説明fig.1
生リードから低品質塩基の除去を行った後、アセンブルを行い、コンティグ(配列断片)を取得します。得られた配列断片に対し、高品質のリードをマッピングし、各配列断片とマップされたリード数の対応表を作成します。
さらに遺伝子予測・機能解析では、配列断片から細菌の遺伝子を予測します。その後、予測された遺伝子配列はKEGGデータベースの配列と比較し、機能的な注釈を付加します。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。