概要
Infiniumアッセイテクノロジーによるillumina社のジェノタイピングアレイは、優れたデータ品質と高密度のゲノムカバレッジを実現します。
専門家が選定したコンテンツを搭載するReady-to-useなBeadChipや特定のアプリケーション向けにコンソーシアムで開発されたコンテンツアレイ、あるいはカスタムアレイなど、特定の研究ニーズに合わせたアレイをお選びいただけます。これらのBeadChipアレイは、大量サンプル研究用の高スループットマルチプレックス処理をサポートし、低コストで高品質のデータを提供します。
本サービスでは、各種ジェノタイピングアレイを用意し、高品質なデータを短期的かつハイコストパフォーマンスで提供します。
特長
・illumina社の各種ジェノタイピングアレイを用意
・大規模受託解析プロバイダー、DNA Link社によるハイコストパフォーマンスな解析サービス
・高品質かつ正確なデータを短納期で提供
- ヒトジェノタイピングアレイの利点
・サンプルあたりのコストを抑えた、再現性のある高品質のデータ
・迅速で高スループットなマルチプレックス処理
・専門家が選定した、又はコンソーシアムで開発されたコンテンツ
-世界中の多様な集団に対応
-一般的な疾患及び稀少疾患に対応
・カスタム及びセミカスタムフォーマット
・短縮されたラン実行時間
- ヒトジェノタイピング
illumina社のマイクロアレイは、高スループット、マルチプレックス処理をサポートし、大規模集団研究を行う研究者や全ゲノム関連解析及び全表現型関連解析（GWAS及びPheWAS）を実施するバイオバンクに適しています。また、コピー数多型（CNV）、ヘテロ接合性欠失（LOH）、及び挿入・欠失の検出に必要な高解像度も提供します。illumina社のマイクロアレイは、全ゲノム及びターゲットアレイ製品を含め、研究者のニーズを満たすため、継続的な連携及び拡張に対応する様設計されています。
- ヒト以外の生物のジェノタイピング
illumina社では、ヒト以外の生物のための包括的ジェノタイピングアレイ製品を提供しています。専門家が選択してコンソーシアムの開発したコンテンツを採用したReady-to-useのBeadChipが、作物、家畜及びモデル生物に利用可能です。遺伝学的に未だ調査されていない非ヒト生物では、既知又は疑わしいマーカーによるカスタムアレイの作製も可能です。
- Infiniumアッセイについて（fig.1）
世界でも実績の高いイルミナのInfiniumアッセイと強固なBeadChipアレイを組み合わせることで、高精度のデータ品質、優れたコールレート、そして一定した高い再現性をもたらします。
Infiniumアッセイは、PCRやライゲーションステップを含まず、1本のチューブ内で反応が終了する特徴を有しています。これにより、実験作業やサンプルのハンドリングエラーを低減することができます。
SNP検出には、2つの識別ステップを採用しています。まず、注意深く設計された50merのオリゴプローブにサンプルDNAをハイブリダイゼーションさせます。次に酵素による1塩基伸長反応を行い、蛍光標識されたヌクレオチドを取り込みます。
BeadChipのスキャンは、iScan（fig.2）で行います。ここでは、各色のシグナル強度を測定します。SNPジェノタイピングの場合、緑と赤の色が各アリルに使われ、ホモザイガスSNPの場合は、赤/赤あるいは、緑/緑で、ヘテロザイガスSNPの場合は、赤/緑、緑/赤から得られる黄色のシグナルが測定されます。
- ジェノタイピングアレイ
詳細はメーカーHPをご確認ください
サービス内容
送付して頂いたDNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）からジェノタイピングアレイのInfiniumアッセイ・スキャンニングまで実施いたします。これらの作業は、CLIA/CAP認定を受けたフィルジェン社海外提携先のラボにて実施されます。
【作業内容】
1. サンプルQCチェック
2. Infiniumアッセイ
3. スキャンニング
＊ サンプルQCチェックについて
QC結果が良好な場合、作業は継続されますが、そうでない場合、解析の進め方についてご相談の連絡をさせて頂きます。
通常、以下の中からご選択頂きます。
A. 追加の精製・濃縮を行う（本作業で問題の解決が見込まれる場合）。：別途作業費用を請求させて頂きます。
B. 代替サンプルをお送りいただく。：別途海外提携先へのサンプル輸送費が必要となります。
C. お客様の同意の上、作業を継続します。：結果の如何によらず、通常料金を請求させて頂きます。
サンプル条件
| サンプルタイプ |
輸送温度 |
サンプル量 |
| ゲノムDNA |
冷凍保存の場合：ドライアイス詰めで冷凍便 |
お問い合わせ |
| 4℃保存の場合： アイスパックと共に冷蔵便 |
1. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。）
2. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
＊ 長期保存の場合は、-20℃又は、-80℃で保存してください。
3. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。
納品物
- Raw data（idat files）
- GenomeStudioのprojectファイル
＊ CD-R等の記録メディアにて納品いたします。
＊ プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。
