受託オンライン
Commissioned Research Online

受託オンライン
株式会社薬研社

ID: J01384
ID: J01384
理研ジェネシス / 理研ジェネシス

Microbial Community Analysis

16S rRNAを対象としたマイクロバイオーム解析。解析データは、独自のウェブツールを使って自由に閲覧することが可能です。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)

サービスについて

概要

16S rRNA遺伝子の配列をシーケンスすることで、サンプル中に存在する微生物の種類と構成比を解析します。
微生物が存在するサンプルから直接DNAを抽出し、PCR増幅後シーケンス解析を行うことで、難培養性の微生物も解析することができます。マイクロバイオーム(微生物叢)と疾患の関連研究、動物や植物のマイクロバイオーム研究、水質・土壌調査など、様々な目的にご利用いただけます。

  • 解析フロー

    1. DNAサンプルの品質確認
    2. 16S rRNA遺伝子領域(*1)のPCR増幅およびライブラリー作製
    3. NGSを用いたシーケンシング
    4. EzBioCloud database(*2)を利用した取得配列の相同性検索と系統分類の推定および菌種組成の算出
    *1 V3-V4領域:MiSeqを用いてシーケンシングする場合
    *2 EzBioCloud databaseは、16S rRNA遺伝子の塩基配列を収載した独自のデータベースで、40,000種以上の細菌に由来する配列情報を
      収載しており、1,600以上の論文や出版物で引用されています。

特長

  • 16S rRNA遺伝子領域を対象としたマイクロバイオーム解析。
  • 経験豊富なChunLab社の微生物ゲノム受託解析サービスをご提供。
  • 解析データは、Chunlab社独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能。

解析結果

解析データは、オリジナルウェブツール EzBioCloud 16S rRNA gene-based Microbiome Taxonomic Profiling(MTP)(*1, 2)を利用して、下記の内容を閲覧・分析していただけます。

  • サンプルごとの分類学的構成および菌種組成比較
  • α多様性(サンプルごとの菌種の多様性)およびβ多様性(サンプル間の菌種組成の類似性)解析
  • サンプルセットごとの菌種組成比較
  • サンプルセット間での特定分類群の存在量比較および多様性解析
*1 ご使用になる際は、WebブラウザとしてGoogle Chromeの使用を推奨します。
*2 詳細はChunLab社ホームページのサイトをご参照ください。

解析例

解析対象領域 16S rRNA遺伝子V3-V4領域
機種 Miseq
リード数 / 検体 約20Kリード
リード長 250bp
シーケンス方法 Paired End / Multiplex
バイオインフォマティクス解析 取得配列の相同性検索と系統分類解析、
微生物組成の算出とサンプル間比較、
多様性解析(サンプルごとの微生物の多様性、サンプル間の微生物組成の類似性)、
サンプルセット間の比較解析(微生物組成の比較、特定分類群の存在量の比較など)
納期 品質評価通過後、約2.5ヶ月

納品物

  • 解析結果(EzBioCloud MTPを使用して、納品後1年間、閲覧または各種ファイル取得可能)
  • リード情報(FASTQ、データダウンロードサイトより納品後1年間取得可能)
  • 品質評価結果

サンプル条件

サンプルの種類 DNA濃度 溶液量 OD260/280 溶媒
メタゲノムDNA 40ng/μL以上 30μL以上 1.8以上 Low TEまたはNuclease-free水

●サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
Microbial Community Analysis お問い合わせ お問い合わせ

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。