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株式会社薬研社

ID: J01383
ID: J01383
理研ジェネシス / 理研ジェネシス

De novo Bacterial Sequencing

バクテリア全ゲノムシーケンス解析。ゲノムの機能解析、比較ゲノムや薬品開発などに応用していただけます。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > Whole Genome解析(全ゲノム解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > de Novoシーケンス解析

サービスについて

概要

ゲノム配列未知のバクテリアを対象として、全ゲノムの塩基配列を決定します。複数機種の次世代シーケンサー(NGS)をご用意していますので、研究目的に適したシーケンシング方法が選択可能です。ゲノムの機能解析、進化、比較ゲノムや薬品開発・エネルギー産業研究に応用していただけます。

  • 解析フロー

    1. DNAサンプルの品質確認
    2. DNAの断片化およびライブラリー作製
    3. NGSを用いたシーケンシング
    4. 得られたリード配列のアセンブルおよびcontig作成
    5. contig上のORF予測、予測されたORFのアノテーション付与など

特長

  • バクテリアを対象とした全ゲノムシーケンシング解析。
  • 経験豊富なChunLab社の微生物ゲノム受託解析サービスをご提供。
  • ゲノム配列の比較解析サービスもご提供可能。
  • 解析データは、ChunLab社独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能。

解析結果

解析データは、オリジナルウェブツール EzBioCloud Whole Genome Analysis (WG)(*1)およびComparative Genomics(CG)(*1, 2)を利用して、下記の内容を閲覧・分析していただけます。

  • Whole Genome Analysis:サンプルごとの全ゲノムシーケンシング解析
    ・de novoアセンブリングによるコンティグ作成
    ・予測されたCDSへのアノテーション付与
    ・予測されたCDSのゲノムブラウザおよびゲノムマップ表示
    ・BLASTを用いたホモログ探索
  • Comparative Genomics:お客様ご提供のゲノム配列及び公共データベース上のゲノム配列を用いた比較解析(*3)
    ・ゲノム配列間の類似性を基に作成された系統樹
    ・リファレンスと任意のゲノム配列間の遺伝子ごとの類似性
    ・複数ゲノム配列間で共通に存在する遺伝子の数
    ・遺伝子構成によるクラスタリング解析とヒートマップ作成(Gene presence/absence analysis)
*1 ご使用になる際は、WebブラウザとしてGoogle Chromeの使用を推奨します。
*2 詳細はChunLab社ホームページのサイトをご参照ください。
*3 お客様ご提供のゲノム配列または5つ以上のゲノム配列との比較をご希望の場合は追加費用が必要になります。

解析例

解析内容 5Mb以下ゲノムのドラフトシーケンシング
機種 Miseq
リード長 300bp
シーケンス方法 Paired End
バイオインフォマティクス解析 アセンブリングによるコンティグの作成、コンティグ上のORF予測、
予測されたORFへのアノテーション、ゲノム比較解析など

納品物

  • 解析結果(EzBioCloud WGおよびCGを使用して納品後1年間、閲覧または各種ファイル取得可能)
  • リード情報(FASTQ、データダウンロードサイトより納品後1年間取得可能)
  • 品質評価結果

サンプル条件

機種 MiSeq PacBio
サンプルの種類 精製ゲノムDNA 精製ゲノムDNA(*1)
DNA量 1μg 20μg
DNA濃度(*2) 50ng/μL以上 150ng/μL以上
溶液量 20μL以上 20μL以上
OD260/280 1.8以上 1.8以上
溶媒(*3) 10mM Tris-HCl (pH8.5)
またはNuclease-free水
10mM Tris-HCl (pH8.5)
またはNuclease-free水

*1 分解の見られないゲノムDNAをご提出ください。
*2 サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
*3 EDTAを含まないバッファーを溶媒としてご使用ください。


ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
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※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。