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理研ジェネシス / 理研ジェネシス ID: J01383

微生物ゲノム解析 ID: J01383

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バクテリア全ゲノムシーケンス解析。ゲノムの機能解析、比較ゲノムや薬品開発などに応用していただけます。

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サービスについて

概要

ゲノム配列未知のバクテリアを対象として、全ゲノムの塩基配列を決定します。複数機種の次世代シーケンサー（NGS）をご用意していますので、研究目的に適したシーケンシング方法が選択可能です。ゲノムの機能解析、進化、比較ゲノムや薬品開発・エネルギー産業研究に応用していただけます。

  • 解析フロー

    1. DNAサンプルの品質確認
    2. DNAの断片化およびライブラリー作製
    3. NGSを用いたシーケンシング
    4. 得られたリード配列のアセンブルおよびcontig作成
    5. コンティグ上のORF予測、予測されたORFのアノテーション付与など
    6. ゲノム配列間の比較解析（オプション）

特長

  • バクテリアを対象とした全ゲノムシーケンシング解析。
  • 経験豊富なCJ Bioscience社の微生物ゲノム受託解析サービスをご提供。
  • ゲノム配列の比較解析サービスもご提供可能。
  • 解析データは、CJ Bioscience社独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能。

解析結果

解析データは、オリジナルウェブツール EzBioCloud Whole Genome Analysis （WG）（＊1）およびComparative Genomics（CG）（＊1, 2）を利用して、下記の内容を閲覧・分析していただけます。

  • Whole Genome Analysis：サンプルごとの全ゲノムシーケンシング解析
    ・de novoアセンブリングによるコンティグ作成
    ・予測されたCDSへのアノテーション付与
    ・予測されたCDSのゲノムブラウザおよびゲノムマップ表示
    ・BLASTを用いたホモログ探索

    • fig.1 Whole Genome Analysis
  • Comparative Genomics：お客様ご提供のゲノム配列及び公共データベース上のゲノム配列を用いた比較解析（オプション）
    ・ゲノム配列間の類似性を基に作成された系統樹
    ・リファレンスと任意のゲノム配列間の遺伝子ごとの類似性
    ・複数ゲノム配列間で共通に存在する遺伝子の数
    ・遺伝子構成によるクラスタリング解析とヒートマップ作成（Gene presence/absence analysis）

    • fig.2 Comparative Genomics
＊1 ご使用になる際は、WebブラウザとしてGoogle Chromeの使用を推奨します。
＊2 詳細はCJ Bioscience社ホームページのサイトをご参照ください。

解析例

解析内容 5Mb以下ゲノムのドラフトシーケンシング
機種 Miseq
リード長 300bp
シーケンス方法 Paired End
バイオインフォマティクス解析 アセンブリングによるコンティグの作成、コンティグ上のORF予測、
予測されたORFへのアノテーションなど

納品物

  • 解析結果（EzBioCloud WGおよびCGを使用して納品後1年間、閲覧または各種ファイル取得可能）
  • リード情報（FASTQ、EzBioCloudデータダウンロードサイトより納品後1年間取得可能）
  • 品質評価結果

サンプル条件

機種 MiSeq PacBio
サンプルの種類 精製ゲノムDNA 精製ゲノムDNA（＊1）
DNA量 1μg 20μg
DNA濃度（＊2） 50ng/μL以上 150ng/μL以上
溶液量 20μL以上 20μL以上
OD260/280 1.8以上 1.8以上
溶媒（＊3） 10mM Tris-HCl (pH8.5)
またはNuclease-free水		 10mM Tris-HCl (pH8.5)
またはNuclease-free水

＊1 分解の見られないゲノムDNAをご提出ください。
＊2 サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
＊3 EDTAを含まないバッファーを溶媒としてご使用ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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