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株式会社薬研社

ID: J01381
ID: J01381
理研ジェネシス / 理研ジェネシス

ChIP Sequencing

網羅的な転写因子やクロマチン修飾の動態解析にご利用頂けます。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【エピゲノムシーケンス】 > ChIP-Seq解析(クロマチン免疫沈降サンプルの解析)

サービスについて

概要

次世代シーケンサー(NGS)を用いて、クロマチン免疫沈降(ChIP)により回収されたDNAの塩基配列を決定します。
得られたリード配列を参照配列にマッピングし、タンパク質の結合部位を予測します。
その後、アノテーションの付与およびGO解析、モチーフの検出を行います。

特長

  • 転写調節因子やヒストン修飾の研究で利用される網羅的なクロマチン免疫沈降サンプルのシーケンス解析。
  • 転写調節因子やクロマチン結合タンパク質がDNAと相互作用し、遺伝子発現を制御する機構の解明に有用。
  • 発現解析と組み合わせた解析もご提案可能。

サービス内容

  • 解析結果
    アノテーションは理研ジェネシスオリジナルのエクセル-マクロ(Annotation Viewer)で閲覧でき、Integrative Genomic Viewerおよび外部データベースと連携するようになっています。
  • 解析例

    機種 HiSeq 2500
    データ量 / レーン 約130M リード(*1)
    リード長 50bp
    シーケンス方法 Single End / Multiplex
    バイオインフォマティクス解析 コールされたピーク領域のリスト、ピークに近接する遺伝子のリスト、
    ピーク領域に見られるモチーフ配列、GO解析データ
    納期 品質評価通過後、約3ヶ月(*2)

    *1 1検体当たり20M以上のリード数を推奨いたします。
    *2 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上、決定いたします。


納品物

  • 解析報告書
  • データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、ピーク検出データ(BED)、
    ピークのアノテーションデータ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)、モチーフデータ

サンプル条件

サンプルの種類 ChIPed DNA / コントロールDNA(*1)
DNA量 40ng
濃度(*2) 1ng/μL以上
フラグメントサイズのピーク 700bp以下(推奨200~300bp)(*3)
溶媒 1x TE
解析対象の生物種
(*4)
ヒト、マウス

*1 input DNAや非特異的IgG抗体で免疫沈降したDNAをコントロールとしてご提出ください。
*2 サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
*3 免疫沈降前の電気泳動写真がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
*4 その他の生物種についてはお問い合わせください。


ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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関連サイト



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※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
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※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。