受託オンライン
Commissioned Research Online

受託オンライン
株式会社薬研社

ID: J01379
ID: J01379
理研ジェネシス / 理研ジェネシス

Small RNA Sequencing

既知Small RNAの発現レベルを算出し、サンプル間で比較をします。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > miRNA-Seq(miRNAシーケンス解析・small RNA発現解析)

サービスについて

概要

次世代シーケンサー(NGS)によりmiRNAなどのSmall RNAの塩基配列を網羅的に決定します。得られたリード配列を参照配列にマッピングし、既知miRNAの発現レベルの算出および転写物へのアノテーション付与を行います。複数サンプルの場合にはサンプル間での発現レベルの比較を行います。

サービスフロー(fig.1

特長

  • Small RNAの塩基配列を網羅的に解析。
  • miRBaseなどに登録されている既知Small RNAの発現レベルを算出し、サンプル間で比較を実施。

解析結果(fig.2

リード配列を参照配列に対してマッピング(*1)した後、既知miRNAについて発現レベルの算出および比較解析を実施します。発現レベルの比較結果は、各種アノテーション(*2)をつけてエクセル・マクロファイル(*3)とテキストファイルでご提出します。また、反復実験のあるグループ間比較の場合は、クラスタリング解析を実施し、ヒートマップ作成を行います。
*1 マッピング結果はIntegrative Genomic Viewer (IGV)で閲覧することが可能です。
*2 発現レベル比較データには次のようなアノテーションがつきます(Humanの場合)。
  miRNA ID、miRBase (Mature ID)、miRBase (Pre mature ID)、ゲノム上の位置
*3 アノテーションは理研ジェネシス社オリジナルのエクセル・マクロ(AnnotationViewer)で観覧でき、
  IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。

解析例

機種 HiSeq 2500
リード数/レーン 約130M リード(*1)
リード長 50bp
シーケンス方法 Single End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析 正規化された発現レベルリスト
発現レベルのサンプル間比較用リスト
クラスタリング結果
納期 品質評価通過後、約3ヶ月(*2)

*1 1検体当たり5M以上のリード数を推奨いたします。
*2 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。


納品物

  • 解析報告書
  • データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、既知miRNAデータ(GTF)、発現レベル比較データ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)、クラスタリングおよびヒートマップデータ

サンプル条件

サンプルの種類(*1) Total RNA(Small RNA含む) Small RNA
RNA量 6μg 0.5μg
濃度(*2) 65ng/µL以上 20ng/µL以上
RIN値(*3) 7以上 -
対応生物種 ヒト(*4) ヒト(*4)

*1 RNA抽出の際は、small RNAを含むTotal RNAまたはsmall RNAを精製して下さい。
*2 サンプルの定量はAgilent2100バイオアナライザまたはAgilent2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
*3 サンプルの(バイオアナライザによる)電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
*4 その他の生物種についてはお問い合わせください。


関連サービス


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
Small RNA Sequencing お問い合わせ お問い合わせ

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。