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株式会社薬研社

ID: J01378
ID: J01378
理研ジェネシス / 理研ジェネシス

Target Fusion Sequencing

ターゲット融合遺伝子解析。既知の融合遺伝子だけでなく、パートナー未知の融合遺伝子も同定可能です。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > Amplicon Sequence解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > FusionGene解析

サービスについて

概要

Total RNAを用いて、ターゲット領域を含む配列をPCR増幅し、次世代シーケンサー(NGS)により塩基配列を決定します。その後、得られたリード配列をターゲット配列や参照ゲノム配列にマッピングし、融合遺伝子を同定します。

  • 解析フロー

    1. Total RNAの品質評価
    2. ランダムプライマーを用いたcDNA合成
    3. 対象領域の増幅 / ライブラリー作製
    4. NGSを用いたシーケンシング
    5. バイオインフォマティクス解析(融合遺伝子の同定)

特長

  • FusionPlex PanelまたはIon AmpliSeqRNA Panelを用い、対象遺伝子を絞って融合遺伝子を感度良く検出。
  • 既知の融合遺伝子だけでなく、パートナーが未知の融合遺伝子も同定可能(*)。
  • がん種ごとに重要な融合遺伝子に絞った解析が可能。
* FusionPlex Panelを使用した解析の場合のみ。

サービス内容

  • 解析内容

    [FusionPlex Panel]
    ・既知の融合遺伝子だけでなく、パートナーが未知の融合遺伝子も同定可能なパネルです。
    ・分子バーコードを使用することで、PCR由来のリード重複を除去します。
    ・IlluminaとIon Torrent 両プラットフォームに対応しています。
    ・下記のパネルを用いてターゲット領域を含む配列を増幅します。

    対象遺伝子などの詳細情報は、Invitae社のホームページをご参照下さい。

    パネル名 特徴 遺伝子数
    Lung v2 肺癌に関連した融合遺伝子およびエキソンスキッピングをターゲット。
    新規知見を踏まえてパネルデザインを更新。
    16
    (17*)
    Sarcoma v2 肉腫に関連した融合遺伝子をターゲット。対象遺伝子を大幅に増加。 61
    (63*)
    Pan Solid Tumor v2 固形腫瘍と肉腫に関連した融合遺伝子をターゲット。 130
    (137*)
    Heme v2 血液癌に関連した融合遺伝子をターゲット。 73
    (87*)
    Myeloid 骨髄性悪性腫瘍に関連した遺伝子をターゲット。 40
    (84*)
    Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) 急性リンパ性白血病に関連した遺伝子をターゲット。 44
    (81*)
    Lymphoma リンパ腫に関連した遺伝子をターゲット。 34
    (125*)

    * 発現レベル測定および点変異検出のためのターゲットも含む遺伝子数。


    [Ion AmpliSeq RNA Fusion Lung Cancer Research Panel]
    ・既知の融合遺伝子のみを同定可能なパネルです。
    ・Ion Torrent のみに対応しています。
    ・少量のTotal RNAから解析可能です。
    ・下記のパネルを用いてターゲット領域を増幅します。

    パネル名 対象がん種 ターゲット融合遺伝子(融合遺伝子数)
    RNA Fusion Lung Cancer Research Panel 肺癌 ALK、RET、ROS1、NTRK1を含む既知の融合遺伝子(61遺伝子)
  • 解析結果(fig.1
    基本的なシーケンス情報や検出された融合遺伝子の情報をレポートとして提出します。
  • 解析例

    検体数 8
    使用パネル FusionPlex Lung v2 Panel
    機種 MiSeq
    平均リード数 / 検体(*) 約1Mペアリード
    リード長 150bp
    シーケンス方法 Paired End / Multiplex
    バイオインフォマティクス解析 融合遺伝子の同定
    納期 品質評価通過後、約2ヶ月

    * 得られるリード数は検体品質等の影響により、上記値を下回る場合がございます。


納品物

  • 解析報告書
  • データHDD:リード情報(FASTQ) 、マッピングデータ(BAM)、融合遺伝子の検出結果

サンプル条件

サンプルの種類 RNA量 濃度 溶液量 溶媒
精製Total RNA 1μg 25ng/μL以上 20μL以上 10mM Tris-HCl (pH8.5)/Nuclease-free水
(EDTAを含むバッファーは不可)

* サンプルの定量はAgilent2100 バイオアナライザまたはAgilent2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
* サンプルのバイオアナライザなどによる電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
* 著しく分解が見られる検体の場合は、ライブラリー作製や解析結果に悪影響を及ぼす場合があります。
* 検体調整の際は、Invitae社の推奨に従い、DNase処理を実施しないで下さい。


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