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株式会社薬研社

ID: J01372
ID: J01372
理研ジェネシス / 理研ジェネシス

Target DNA Sequencing

遺伝性疾患・がん関連遺伝子研究に最適なパネルをご利用頂けます。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > Amplicon Sequence解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > ゲノム変異解析

サービスについて

概要

ターゲットゲノム領域のみをSequence capture法またはPCR法により濃縮し、次世代シーケ ンサー(NGS)によりそれらの塩基配列を決定します。その後、参照配列と比較することで、目的 遺伝子の変異を解析します。また、Matched-Pair解析を行い、体細胞変異を同定することも可能です(一部対応できないパネルもございますので、別途ご相談ください)。

  • 解析フロー

    1. ゲノムDNAの品質評価
    2. ターゲット領域の濃縮 / ライブラリー作製
    3. NGSを用いたシーケンシング
    4. バイオインフォマティクス解析(変異検出)

特長

  • Coverage depthを厚くすることで、体細胞変異も検出することが可能。
  • 遺伝性疾患やがん関連遺伝子などをターゲットとした様々なパネルが利用可能。
  • カスタムパネルを用いた解析にも対応。

パネル一覧

ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。
リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談下さい。
がんパネル 網羅的変異解析
No. パネル名 遺伝子数 パネル
サイズ
ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
1 SureSelect NCC oncopanel 90 930kb がん関90遺伝子のエキソン領域およびFusion検出のための対象遺伝子(Driver;12、Partner;23)のイントロン領域 Capture
2 OncomineTM Tumor Mutation Load Assay 409 1,650kb Tumor mutation burden(TMB)を評価するためのパネル、がん関連409遺伝子のエクソン領域(1.2Mb)とイントロン領域(0.45Mb) PCR
3 Ion AmpliSeqTM Comprehensive Cancer Panel 409 1,290kb ヒトがん関連409遺伝子のコーディング領域 PCR
4 QIAseq Comprehensive Cancer Panel 275 837kb がんの発症と進行に関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
がんパネル Hotspot変異解析
No. パネル名 遺伝子数 パネル
サイズ
ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
5 Ion AmpliSeqTM Cancer HotSpot Panel v2 50 22kb 2,800以上のCOSMIC変異を含むHotSpot領域 PCR
6 Ion AmpliSeqTM Colon and Lung Research Panel v2 22 15kb 大腸がんおよび肺がんに関連する遺伝子のHotSpot領域 PCR
7 QIAseq Actionable Solid Tumor Panel 22 15kb がん関連19遺伝子の主要な領域およびがん抑制3遺伝子の全エクソン領域 PCR
がんパネル がん種別変異解析
No. パネル名 遺伝子数 パネル
サイズ
ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
8 QIAseq BRCA1and BRCA2 Panel 2 16kb BRCA1、BRCA2のコーディング領域 PCR
9 QIAseq BRCA1and BRCA2 Plus Panel 6 26kb 乳がんおよび卵巣がんに関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
10 QIAseq Breast Cancer Panel 93 371kb 乳がんに関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
11 QIAseq Colorectal Cancer Panel 71 215kb 大腸がんに関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
12 QIAseq Lung Cancer Panel 72 318kb 肺がんに関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
13 QIAseq Myeloid Neoplasms Panel 141 437kb 骨髄性悪性腫瘍に関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
遺伝性疾患パネル
No. パネル名 遺伝子数 パネル
サイズ
ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
14 QIAseq Pharmacogenomics Panel 31 3kb 薬物代謝に関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
15 QIAseq Inherited Disease Panel 298 839kb 遺伝性疾患の原因またはがんの素因となる遺伝子のコーディング領域 PCR
カスタムパネル
No. パネル名 パネル
サイズ
ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
16 SureSelect DNA Capture Custom 1~24,000kb ヒトおよびマウス(*)任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域 Capture
17 Ion AmpiSerTM Custom Panel 1~1,000kb ヒトおよびマウス(*)任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域 PCR
18 QIAseq Targeted DNA Custom Panel - ヒト任意遺伝子のコーディング領域をターゲット PCR

* その他の生物に関しましては、別途ご相談ください。


サンプル条件

パネルNo. 1, 16 2~4, 7~15, 17, 18 5, 6
サンプルの種類 ゲノムDNA ゲノムDNA ゲノムDNA
DNA量 3μg 0.5μg 0.2μg
濃度 50ng/μL以上 10ng/μL以上 10ng/μL以上
溶媒 1x TEまたはキット添付のElution Buffer Low TEまたはキット添付のElution Buffer Low TEまたはキット添付のElution Buffer

・サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
・FFPE由来DNAの場合は別途ご相談ください。


ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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関連サイト



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※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。