概要

ゲノムからエクソン領域を濃縮し、次世代シーケンサー（NGS）により塩基配列を決定します。
得られたリード配列を参照配列にマッピングした後、SNVを検出し、アノテーションの付与を行います。
複数サンプルの場合はサンプル間比較用のリストを作成します。この他に、体細胞変異検出を目的としたMatched-Pair解析やヒト腫瘍細胞をマウスに移植したXenograftサンプルの変異解析も実施可能です。

• 解析フロー
  
  
  1. ゲノムDNAの品質評価
  2. DNAの断片化
  3. エクソン領域の濃縮 / ライブラリー作製
  4. NGSを用いたシーケンシング
  5. バイオインフォマティクス解析（変異検出）

特長

• ゲノムのエクソン領域のみを濃縮してシーケンシングするため、シーケンスコストを大幅に低減。
• Single Nucleotide Variation（SNV）、Short Insertion/Deletion(InDel)の探索と理研ジェネシス社が独自開発したシステムによるアノテーション付与。
• 遺伝性疾患から体細胞疾患のがんまで候補遺伝子の同定に有用。
• 新たにTwist Bioscience社の試薬を使用したエクソーム解析サービスを開始致しました。

サービス内容

• エクソン領域濃縮キット
  
  

  SureSelect All Exon
  実績のあるAgilent technologies社のSureSelectを使用しております。

  パネル名	対応生物種	対象領域	デザインサイズ
  SureSelect Human All Exon v6	ヒト	コーディング領域、miRNA、snoRNA、tRNA	60Mb
  SureSelect Human All Exon v6 + UTR	ヒト	V6の全対象領域、体質性疾患研究向けUTR領域	91Mb
  SureSelect Human All Exon V7	ヒト	コーディング領域	48Mb
  SureSelect Mouse All Exon	マウス	コーディング領域	50Mb

  ＊上記以外の濃縮キットについてはご相談ください。

  Twist Exome
  Twist Bioscience社のエクソーム用パネルを使用したサービスです。最適化された高品質の二本鎖DNAプローブを使用することで、より均一なカバレッジを持つデータが取得でき、シーケンス効率の向上とコストの削減が可能になりました。

  パネル名	対応生物種	対象領域	デザインサイズ
  Human Core Exome	ヒト	コーディング領域（CCDSのコーディング領域を99%以上カバー）	33.2 Mb
  Human Core Exome + RefSeq またはComprehensive Exome	ヒト	コーディング領域（CCDS、RefSeq、GENCODEのコーディング領域を99%以上カバー）	36.8 Mb

  ＊ 上記以外のパネルおよび既成パネルのカスタマイズについてはご相談ください。

• 解析結果
  リード配列を参照配列に対してマッピング（＊1）し、変異箇所（SNV(＊1)）を検出します。
  検出されたSNVは、各種アノテーション（＊2）をつけてエクセル・マクロファイル（＊3）とテキストファイルでご提出します。エクセル・マクロファイル上で、Compound Heterozygote（複合ヘテロ接合体）変異候補を抽出することも可能です（この機能をご使用いただくためには、トリオサンプルのデータが必要です）。（fig.1）
  
  
  fig.1 解析結果
  ＊1 マッピング結果、SNV、DepthはIntegrative Genomics Viewer(IGV)で閲覧することが可能です。
  ＊2 検出されたSNVには次のようなアノテーションがつきます(Humanの場合)。：
  　　変異箇所、塩基、新規/既知、影響を与える遺伝子、遺伝子への影響、dbSNP ID、RefSeq ID、CCDS ID、日本人アレル頻度
  　（1000 Genomes、HGVD、HapMap、iJGVD)、Conserved Elements、SIFT、Depth、クオリティ値、サンプルごとのジェノタイプデータ
  ＊3 アノテーションは理研ジェネシスオリジナルのエクセル・マクロ（AnnotationViewer）で観覧でき、
  　　IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。
• 解析例
  

  機種	NovaSeq 6000
  Exon Capture方法	SureSelect Human All Exon V6
  平均データ量/サンプル	約10Gb
  リード長	150bp
  シーケンス方法	Paired End / Multiplex
  バイオインフォマティクス解析	SNV同定、一部のShort InDel、各種アノテーション付与
  納期	品質評価通過後、約2.5ヶ月（＊）

  ＊ 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。

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納品物

• 解析報告書
• データHDD：リード情報（FASTQ）、マッピングデータ（BAM）、SNV/InDel検出データ（VCF）、SNV/InDelのアノテーションデータ（エクセル・マクロファイルとテキストファイル）

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サンプル条件

エクソン領域濃縮キット	サンプルの種類	DNA量	濃度	OD260/280	溶媒
SureSelect All Exon	精製ゲノムDNA	3μg	50ng/μL以上	1.8以上	1×TE
Twist Exome	精製ゲノムDNA	0.3μg	10ng/μL以上	1.8以上	10mM Tris-HCl（pH 8.0） またはNuclease-free水（＊）

＊ EDTAを含まないバッファーを溶媒としてご使用ください。
・サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
・サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
・FFPE由来DNAの場合は別途ご相談ください。
・Xenograftに由来するサンプルの場合は、その旨ご連絡下さい。

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関連サービス

• Human Whole Genome Sequencing
• Target DNA Sequencing
• Oncomine Target Sequencing
• Oncology Panel Sequencing (TST170/TSO500)
• Microarray Genotyping Analysis –Illumina-
• 核酸抽出サービス