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株式会社薬研社

ID: J01356
ID: J01356
日本ジェネティクス / 日本ジェネティクス

アンプリコンシーケンス

PCRで増幅した特定のゲノム領域をシーケンスして解析いたします。細菌・古細菌、真菌、真核生物でターゲットが異なります。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析

サービスについて

サービス仕様

  • シーケンシング:NovaSeq 6000 / PE250
  • 納品データ:fastqファイル形式
  • 納品方法:データダウンロード(100Gb未満)

ライブラリー調製方法

  • NEBNext® UltraTM DNA Library Prep Kit

プライマー

Target Region Fragment
Length
Primer sequence
Bacterial 16S V4 292bp 515F:GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
806R:GGACTACHVGGGTWTCTAAT
V3-V4 466bp 341F:CCTACGGGRBGCASCAG
806R:GGACTACNNGGGTATCTAAT
V4-V5 393bp 515F:GTGCCAGCMGCCGCGG
907R:CCGTCAATTCMTTTRAGTTT
Archaeal 16S V4-V5 396bp Arch519F:CAGCCGCCGCGGTAA
Arch915R:GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
V8 272bp 1106F:TTWAGTCAGGCAACGAGC
1378R:TGTGCAAGGAGCAGGGAC
Fungal 18S 18S V4 350bp 528F:GCGGTAATTCCAGCTCCAA
706R:AATCCRAGAATTTCACCTCT
18S V9 200bp 1380F:CCCTGCCHTTTGTACACAC
1510R:CCTTCYGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS ITS1
(ITS1-5F)
307bp ITS5-1737F:GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
ITS2-2043R:GCTGCGTTCTTCATCGATGC
ITS2 386bp ITS3-2024F:GCATCGATGAAGAACGCAGC
ITS4-2409R:TCCTCCGCTTATTGATATGC

データ解析(オプション)

アンプリコンシーケンス(データ解析あり) クリーンデータ
クリーンデータ(CatNo. NV-CLEAN)をご依頼いただくと、以下の作業を行います。

1)オーバラップやアダプターダイマー等により、読み取ったアダプター配列の除去。
2)低質リード(Qphred ≦ 5の塩基数が全体リードの50%以上を占めるリード)の除去。
* Qphred=-10log10(e)塩基配列識別の正確性を示す単位。
3)塩基配列不明(N)が10%を超えるリードの除去。

*クリーンデータ後のデータは、fastqファイル形式となります。
*クリーンデータ前後のデータ両方を納品させていただきます。

サンプル要件

土壌, 糞便由来サンプル
  • ITS1 の場合 60ng以上
    濃度 1.2 ng/µL以上
  • 16S/18S の場合 30ng以上
    濃度 0.6 ng/µL以上
液量:≥ 20µL
メインバンド/断片長> 2,000bp

*本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が、推奨量となります

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
アンプリコンシーケンス お問い合わせ サンプルQC合格後30営業日

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。