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株式会社薬研社

ID: J00120
ID: J00120
タカラバイオ / タカラバイオ

16S rRNA解析(細菌叢解析)

次世代シーケンサーによる菌叢解析


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)

サービスについて

特長

  • 多数のサンプルを一度にかつ大量に解析可能
  • 菌叢構造のグラフ化により視覚的な判断が容易
  • 菌叢比較解析にも対応
  • 腸内細菌叢の解析では核酸抽出からも対応可能

概要

16S rRNA領域を増幅したPCR産物等を対象に、次世代シーケンサーを用いて大量に配列解析を行います。得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析を実施いたします。対象とするサンプル中に、どのような微生物がどれくらい存在しているかを明らかにすることが可能です。

サービス内容

  • 核酸抽出
    ヒトやマウス糞便からの核酸抽出を行います。
    * 環境微生物や特殊な検体からの核酸抽出には対応できない場合があります。
  • 16S rRNA領域特異的ライブラリー作製
    高速シーケンス解析用アダプター配列を付加した16S rRNA領域特異的プライマー(V3-V4領域)を用いてPCR増幅、精製を行い、次世代シーケンサーに供するライブラリーを作製します。
  • 16S rRNA PCR産物の解析
    高速シーケンス解析用アダプター配列を付加しPCR産物を用いて、次世代シーケンサーによる配列取得を行います。
    ライブラリーは、PCRプライマーに数塩基のタグ配列を付加することにより、複数検体を混合して一度に解析することが可能です。(お客様でライブラリーを作製される場合、アダプター配列およびタグ配列については、事前にお問い合わせください。)
  • 菌叢解析(情報解析)
    得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析を実施し、相同性検索と系統分類解析結果の一覧、系統分類解析結果に基づき菌種組成を集計したグラフを納品いたします。 オプション解析として、検体間の菌叢の違いを容易に解釈できる菌叢比較解析もご用意しております。

解析の流れ(例)(fig.1
[オプション情報解析]

  • 菌叢統計比較解析
    菌種組成、多様性、細菌叢構造について統計検定による群間比較を実施します。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 系統分類結果等

受入サンプル

ご依頼いただく工程により異なります。

  • 糞便検体(ヒト、マウス)
    * 採便キット・説明書をご用意しています。事前にお問い合わせください。
  • DNA又はPCR産物
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

     サンプル量液量濃度純度
    OD260/OD280OD260/OD230
    DNA-(*)20μL以上10ng/μL以上1.6以上
    混合済みPCR産物(ライブラリー)50ng以上10μL以上5nmol/μL以上

    * 液量20μL以上でご送付ください。記載濃度は目安です。
      サンプル濃度が記載濃度以上であっても、提供サンプル中に含まれるバクテリア由来DNA量によっては、
      十分量のPCR産物が得られない場合がございます。
      また基準を満たしていない場合でも、PCR産物が得られる場合もございます。
    ・滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer(10mM Tris-HCl、0.1mM EDTA pH8.0)に溶解してください。
    ・PCR増幅は、指定の配列を付加したプライマーをご利用ください。
    ・ライブラリーは等量混合した状態でご送付ください。
    ・糞便以外の検体からのDNA抽出の可否については、お問い合わせください。


ご注文に関して

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製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
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※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。