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株式会社薬研社

ID: J01186
ID: J01186
タカラバイオ / Active Motif

ATAC-seq解析

網羅的オープンクロマチン領域解析


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 塩基配列解析(シーケンス解析)・ゲノム変異解析 > 各種メチル化解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【エピゲノムシーケンス】 > DNAメチル化解析

サービスについて

特長

  • Transposomeによる網羅的オープンクロマチン領域解析(Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing:ATAC-seq)
  • 実験ごとの抗体バリデーションは不要
  • 経験と実績が豊富なActive Motif社による作業

概要

オープンクロマチン領域の網羅的解析を行います。ATAC-seq法を採用することで、従来法のDNase-seq法やFAIRE-seq法に比べ、少ない細胞数の解析に対応し、安定した解析結果が期待できます。
実験ごとに特定の抗体のバリデーションも不要なため、ChIP-seq解析より低価格で対応可能です。

サービス内容

未固定の培養細胞をご提供いただきActive Motif社で解析を行います。Transposomeを用いてオープンクロマチン領域を特異的に濃縮したライブラリー作製を行い、シーケンスします。取得したシーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、リードの集中する箇所をエンリッチ領域として検出、アノテーション情報を付与してリスト化します。さらに、マッピングの様子はUCSCゲノムブラウザにて閲覧可能な形式で納品いたします。一般的に、1件の解析について2検体以上の解析(Duplicateでの解析)が推奨されます。

納品物

  • シーケンス配列情報(fastq)
  • マッピング情報(bam)
  • ピークコール結果一式(Excel)
  • UCSC閲覧ファイル(BED、bigWigURL)

受入サンプル

提供物 サンプル量 処理方法
培養細胞 5×104~1×105細胞以上 細胞ペレットを5%DMSO存在下で緩慢凍結してください。(凍結方法は別途ご連絡)
・固定化は必要ございません
・血球系の細胞も可能です
組織 20~50mg 液体窒素で凍結後、-80℃で保存してください。

上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。


ご注文に関して

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製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

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※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
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