概要
Phase Genomics社のProximo
TM Genome Scaffoldingサービスは、多様な動植物ゲノムにおいて、染色体スケールのスキャフォールディングを行います。Chromosome Conformation Capture法の応用により、ホルムアルデヒド固定をした細胞・組織を用いて、クロスリンクしたクロマチンからDNAライブラリーを作製・シークエンスすることで、各染色体の連続性の情報を取得し、断片化しているコンティグから、染色体スケールのスキャホールドを導きます。
特長
- 動植物の新規ゲノムを染色体スケールでアセンブリ
- 高分子DNAの抽出が不要：ホルムアルデヒド固定した細胞 / 組織を用いて解析
- コンタミしたDNAのデータの除去
- あらゆるシークエンスプラットフォームのアセンブリに対応： illumina、PacBioなど
解析の流れ
- 核DNAの物理的プロキシミティは、ゲノム上の距離と反比例します。クロマチンのプロキシミティは、クロスリンクによって染色体全体に渡る近接情報を維持しながら、in vivoに取得されます。
- クロスリンクされたクロマチンは断片化され、抽出されます。これらの末端はライゲーションされ、ペアエンドシークエンスされます。得られたシークエンスデータは、染色体のプロキシミティー情報を有しています。
（fig.1）（fig.2）
- プロキシミティ情報により、ライゲーション部位間でコンティグを関連付けます。
- コンティグは、プロキシミティ情報に基づいて、染色体グループに分類されます。
- コンティグは、プロキシミティ情報によって、染色体スケールのスキャフォールドに並び替え及び方向づけられます。
（
fig.3）
