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ID: E00113
タカラバイオ / タカラバイオ

SMART-Seq解析

シングルセル等から調製された微量RNAのRNA-seq解析


カテゴリ
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サービスについて

特長

  • 微量検体の遺伝子発現定量解析に最適
  • SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingを用いた高感度解析
  • スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出にも対応

概要

1~1,000細胞またはpgオーダのtotal RNAなどの微量検体からcDNAを調製することができるSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingを用いた遺伝子発現解析です。微量組織、ソーティング細胞、LCM検体などから調製されたtotal RNAをバイアス少なく増幅し、遺伝子発現解析を実施いたします。既知遺伝子の発現量定量だけでなく、スプライシングバリアントを区別したtranscript単位の定量や、新規遺伝子の検出定量も可能です。

サービス内容

微量組織、ソーティング細胞、LCM検体などから調製されたtotal RNAを提供いただき、SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingを用いて低バイアス・高感度にcDNAを増幅いたします。増幅cDNAを鋳型に、non-strandedライブラリーを作製し、HiSeq(イルミナ社)を用いてシーケンスいたします。シーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で既知遺伝子または新規遺伝子を含めて解析し、FPKM値で発現量を算出いたします。必要に応じて融合遺伝子の検出も可能です。

[オプションサービス]

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納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 発現情報、マッピング結果ファイル等
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受入サンプル

  • total RNAなど

    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230 28S/18S
    total RNA 50ng以上 別途ご相談 1.6以上 2.0以上
    cDNA 5ng以上 液量10 μL以上 - -
    組織・細胞(オプション) 別途ご相談(*1)

    *1 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。

    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・サンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
    ・cDNAサンプルは、 SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kitにて増幅したcDNAサンプルを送付ください。
    ・total RNAが50ng以下の場合でも受託実績ございます。ご相談ください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

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ご注文に関して

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参考価格・納期

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※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。