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株式会社薬研社

ID: J01127
ID: J01127
グライナー・ジャパン / ファスマック

次世代シーケンス解析

パッケージ化することによってリーズナブルにご利用できるサービスです。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

ターゲットアンプリコン解析(MiSeq)

【解析対象領域】
16S V4/18S V9/ITS(gITS7-ITS4)/COI(mlCOIintF-HCO2198)/MiFish(*)(12S V5)など
* R Soc Open Sci. 2015 Jul 22;2(7)

【解析概要】
  1. ファスマック:解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマー(*1)を無償提供いたします。ターゲット増幅用の1st PCR primer(F/R各1本)、およびサンプル識別用インデックスを含む2nd PCR primer set(F8本/R2本)をお送りします。複数ターゲットの1st PCR primerをご希望の場合には、別途プライマー合成費用(実費)をいただく場合がございます。
  2. お客様:サンプル調製用プライマーを用いてPCRによるライブラリ調製を行っていただきます。
    →プライマーの組み合わせによって1解析につき最大16サンプルを識別 / 増幅可能です。
  3. お客様:サンプル毎に精製・濃度測定し、等量混合したサンプル(*2)をお送りいただきます。
  4. ファスマック:受領サンプルのQC作業を行います。(*3)
  5. ファスマック:QCをパスしたサンプルについて、MiSeqで2×250 bpランを行います。
  6. ファスマック:QIIME等を使用し、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」としてデータを可視化します。
*1
・精製後に濃度測定した各サンプルの中で一番低いサンプルの濃度に他のサンプル濃度を合わせます。
・お送りいただく等量混合後のサンプルの濃度と液量は10ng/μL、20μL以上でお願いします。
*2
QC(quality control)について
サンプル受領後にMiSeqでのrunが可能であるかどうかを確認することを目的として、サンプルDNAの長さと量を測定する作業をQC作業として行なっております。
*3
QC作業の結果、サンプル調製に用いたプライマー除去の不徹底等MiSeqでのrunに問題があると判断した場合、ファスマックでビーズ精製を行います(有償:¥5,000(税抜))。また、この時点でrunを行ってもデータが得られないと判断した場合は解析を中止させていただきます(この場合のご請求は行いません)。

微生物ゲノム ドラフト解析(MiSeq)

【サンプル受入条件】
バクテリアとアーキア

【解析概要】
  1. お客様:抽出したゲノムDNAをファスマックにご送付していただきます。
  2. ファスマック:受領サンプルのQC作業を行います。
  3. ファスマック:QCをパスしたサンプルについて、MiSeq解析用のアダプターライブラリを調製します。
  4. ファスマック:MiSeqで2×300 bpランを行います。
  5. ファスマック:SPAdesを使用して、取得データのアセンブルおよびコンティグ作成を行います。
【オプション】
  • Prokka を用いたオートアノテーション
  • コンティグのBLAST解析
  • Sequence Typeのタイピング
【サンプル及びデータの保管期限】
ファスマックにお送りいただきましたサンプルは、お客様からの返却希望のお申し出がない場合、解析終了後3ヶ月で破棄させていただきます。返却をご希望のお客様は、ファスマックログインサイトからご注文される際に、その旨をご明記くださいますようお願い申し上げます。なお、サンプル返却はゲノムDNAのみが対象となります。
また、解析データに関しましては、保管期限を解析終了後1年間とさせていただきます。ファスマックでの保管期限後に「レアファクションカーブと主座標分析について納品後の解析」オプション等をご希望される場合、ファスマックから出荷した解析データ等をお送りいただければご対応いたします。

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
16SrRNAアンプリコン解析 ¥150,000 15営業日(オプションなしの場合)
微生物ゲノムドラフト解析 ¥250,000 20営業日(オプションなしの場合)

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。